PDB-9u3d: Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u3d

タイトル

Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed with D-Proline

要素

Monomeric sarcosine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Sarcosine oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. B-0618 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2025
タイトル: Structural and functional analysis of Bacillus sarcosine oxidase and its activity toward cyclic imino acids.
著者: Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u3d.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u3d.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u3d_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u3d_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9u3d_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	9u3d_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9u3bC 9u3cC 9u3eC 9u3fC 1el5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monomeric sarcosine oxidase

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

90.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.367, 69.687, 73.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.096, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Monomeric sarcosine oxidase / MSOX 分子量: 44074.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. B-0618 (バクテリア) 遺伝子: soxA, sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)

-
非ポリマー , 6種, 472分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DPR / D-PROLINE タイプ: D-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl buffer pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→41.67 Å / Num. obs: 151911 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7404 / CC_1/2: 0.614

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EL5

1el5

解像度: 1.35→41.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 0.998 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	8068	5.312 %
R_work	0.1579	143820	-
all	0.159	-	-
obs	-	151888	96.833 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5940	0	168	458	6566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.952	1.839	8860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.658	1.757	13834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.162	5	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.167	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	27.856	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.113	10	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.946	10	304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.026	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	7626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.63	1.739	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.618	1.739	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.221	3.123	3904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.222	3.124	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.017	2.073	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.978	2.044	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.562	3.657	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.497	3.605	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.837	19.446	6973
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.837	19.448	6974

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.3	632	0.289	10390	0.29	11535	0.945	0.949	95.5527	0.289
1.385-1.423	0.264	528	0.264	10345	0.264	11293	0.957	0.958	96.2809	0.256
1.423-1.464	0.237	604	0.23	9867	0.23	10918	0.965	0.967	95.9058	0.217
1.464-1.509	0.225	573	0.202	9532	0.203	10625	0.97	0.974	95.1059	0.186
1.509-1.559	0.218	561	0.186	9385	0.188	10321	0.97	0.978	96.3666	0.17
1.559-1.613	0.198	501	0.171	9134	0.172	9942	0.974	0.982	96.9121	0.156
1.613-1.674	0.208	503	0.166	8868	0.169	9676	0.974	0.983	96.8479	0.153
1.674-1.742	0.2	475	0.157	8571	0.16	9312	0.975	0.985	97.1435	0.148
1.742-1.82	0.19	465	0.155	8139	0.157	8853	0.978	0.985	97.1874	0.148
1.82-1.908	0.184	442	0.152	7823	0.154	8499	0.98	0.986	97.2467	0.148
1.908-2.011	0.181	430	0.151	7389	0.152	8098	0.98	0.987	96.5547	0.151
2.011-2.133	0.179	358	0.154	7004	0.155	7670	0.981	0.986	95.9844	0.159
2.133-2.28	0.164	351	0.141	6687	0.142	7211	0.985	0.988	97.6009	0.15
2.28-2.462	0.178	282	0.147	6379	0.149	6734	0.981	0.987	98.9159	0.16
2.462-2.696	0.179	350	0.15	5769	0.152	6185	0.979	0.986	98.9329	0.168
2.696-3.012	0.164	340	0.154	5213	0.155	5608	0.983	0.985	99.0193	0.177
3.012-3.475	0.17	205	0.147	4705	0.148	4990	0.982	0.987	98.3968	0.174
3.475-4.249	0.153	127	0.134	3972	0.134	4201	0.984	0.989	97.572	0.167
4.249-5.978	0.156	209	0.145	2993	0.145	3294	0.99	0.99	97.207	0.185
5.978-41.67	0.198	132	0.181	1655	0.182	1885	0.978	0.982	94.8011	0.237

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