PDB-9u3c: Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u3c

タイトル

Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed with L-Proline

要素

Monomeric sarcosine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Sarcosine oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. B-0618 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2025
タイトル: Structural and functional analysis of Bacillus sarcosine oxidase and its activity toward cyclic imino acids.
著者: Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u3c.cif.gz	183 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u3c.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u3c_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u3c_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9u3c_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	9u3c_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9u3bC 9u3dC 9u3eC 9u3fC 1el5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monomeric sarcosine oxidase

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

91.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.674, 69.049, 73.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.972, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Monomeric sarcosine oxidase / MSOX 分子量: 44074.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. B-0618 (バクテリア) 遺伝子: soxA, sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)

-
非ポリマー , 7種, 409分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl buffer pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→42.34 Å / Num. obs: 107719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / R_merge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5287 / CC_1/2: 0.713

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EL5

1el5

解像度: 1.54→40.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.974 / Average fsc work: 0.9801 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1761	5227	4.853 %
R_work	0.1493	102470	-
all	0.151	-	-
obs	-	107697	99.786 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0.001 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→40.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5952	0	191	392	6535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.788	1.825	8759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.622	1.739	13427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.176	5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.035	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	11.645	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.721	10	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.513	10	297
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.066	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.869	2.115	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.869	2.115	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.639	3.795	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.639	3.795	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.201	2.409	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.189	2.403	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.822	4.281	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.801	4.268	4818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.376	21.732	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.347	21.621	6847

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.54-1.58	0.282	354	0.255	7562	0.256	7938	0.935	0.95	99.7228	0.211
1.58-1.623	0.249	407	0.23	7259	0.231	7684	0.955	0.96	99.7657	0.191
1.623-1.67	0.235	382	0.211	7133	0.212	7539	0.964	0.967	99.6817	0.179
1.67-1.721	0.22	374	0.191	6991	0.192	7378	0.967	0.974	99.8238	0.166
1.721-1.778	0.197	365	0.17	6664	0.171	7045	0.975	0.98	99.7729	0.151
1.778-1.84	0.173	350	0.157	6506	0.158	6866	0.98	0.984	99.8544	0.142
1.84-1.909	0.187	342	0.145	6280	0.147	6637	0.978	0.986	99.774	0.136
1.909-1.987	0.171	343	0.138	6009	0.14	6365	0.984	0.988	99.7958	0.135
1.987-2.075	0.182	299	0.141	5804	0.143	6114	0.979	0.987	99.8201	0.14
2.075-2.176	0.161	238	0.135	5621	0.136	5871	0.984	0.989	99.7956	0.139
2.176-2.294	0.176	271	0.134	5292	0.136	5570	0.982	0.989	99.8743	0.144
2.294-2.432	0.155	216	0.131	5045	0.132	5270	0.985	0.99	99.8292	0.141
2.432-2.6	0.173	167	0.136	4780	0.137	4954	0.983	0.989	99.8587	0.152
2.6-2.807	0.175	196	0.148	4421	0.15	4626	0.981	0.987	99.8055	0.172
2.807-3.073	0.175	231	0.15	4024	0.151	4259	0.98	0.986	99.9061	0.178
3.073-3.434	0.16	216	0.143	3641	0.144	3865	0.984	0.988	99.793	0.174
3.434-3.96	0.159	198	0.135	3222	0.137	3427	0.985	0.989	99.7957	0.171
3.96-4.839	0.16	161	0.123	2752	0.125	2922	0.987	0.992	99.692	0.158
4.839-6.794	0.169	69	0.162	2202	0.162	2276	0.988	0.988	99.7803	0.213
6.794-40.504	0.177	48	0.169	1262	0.169	1315	0.984	0.983	99.6198	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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