PDB-9u3b: Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u3b

タイトル

Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) complexed with L-Thioproline

要素

Monomeric sarcosine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Sarcosine oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. B-0618 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2025
タイトル: Structural and functional analysis of Bacillus sarcosine oxidase and its activity toward cyclic imino acids.
著者: Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u3b.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u3b.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u3b_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u3b_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9u3b_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	9u3b_validation.cif.gz	58.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9u3cC 9u3dC 9u3eC 9u3fC 1el5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monomeric sarcosine oxidase

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

90.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.876, 69.401, 73.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.722, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Monomeric sarcosine oxidase / MSOX 分子量: 44074.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. B-0618 (バクテリア) 遺伝子: soxA, sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)

-
非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PRS / THIOPROLINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.169 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl buffer pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→42.24 Å / Num. obs: 165675 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7948 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EL5

1el5

解像度: 1.3→40.505 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.872 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1753	8108	4.894 %
R_work	0.1529	157563	-
all	0.154	-	-
obs	-	165671	92.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.505 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5991	0	169	622	6782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	6551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.921	1.839	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.65	1.755	13946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.189	5	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.827	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.912	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.511	10	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.452	10	305
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.064	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	7673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.297	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.344	1.365	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.344	1.365	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.996	2.453	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.996	2.453	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.527	1.625	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.526	1.625	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.838	2.864	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.838	2.865	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.709	15.324	7113
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.709	15.326	7114

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.298	529	0.288	11311	0.288	13179	0.941	0.942	89.8399	0.265
1.334-1.37	0.275	549	0.262	10701	0.263	12736	0.946	0.951	88.3323	0.237
1.37-1.41	0.254	591	0.248	10695	0.248	12453	0.956	0.957	90.6288	0.217
1.41-1.453	0.226	617	0.216	10507	0.217	12085	0.965	0.968	92.048	0.189
1.453-1.501	0.205	595	0.18	10260	0.182	11710	0.972	0.978	92.6985	0.159
1.501-1.553	0.205	567	0.17	9933	0.172	11363	0.972	0.981	92.4052	0.153
1.553-1.612	0.182	495	0.153	9598	0.155	10918	0.979	0.985	92.4437	0.14
1.612-1.678	0.168	478	0.147	9252	0.148	10500	0.982	0.986	92.6667	0.139
1.678-1.752	0.164	450	0.14	8900	0.142	10094	0.983	0.988	92.6293	0.139
1.752-1.838	0.174	460	0.141	8488	0.143	9722	0.981	0.988	92.0387	0.142
1.838-1.937	0.165	445	0.138	8098	0.139	9202	0.983	0.988	92.8385	0.143
1.937-2.054	0.17	374	0.139	7862	0.141	8689	0.984	0.989	94.7865	0.148
2.054-2.195	0.17	352	0.139	7502	0.14	8184	0.983	0.989	95.9677	0.152
2.195-2.371	0.164	327	0.134	7036	0.135	7643	0.984	0.99	96.3365	0.15
2.371-2.596	0.152	365	0.132	6427	0.133	7036	0.986	0.989	96.5321	0.154
2.596-2.901	0.154	265	0.138	5888	0.139	6368	0.985	0.988	96.6237	0.166
2.901-3.347	0.157	229	0.146	5178	0.147	5653	0.984	0.987	95.6483	0.179
3.347-4.092	0.15	178	0.133	4465	0.134	4773	0.987	0.989	97.2763	0.168
4.092-5.758	0.159	168	0.14	3478	0.141	3724	0.988	0.991	97.9055	0.182
5.758-40.505	0.203	74	0.178	1984	0.179	2146	0.976	0.983	95.8994	0.232

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