PDB-9tho: Crystal structure of the adduct formed upon reaction of [V(IV)O(a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9tho

タイトル

Crystal structure of the adduct formed upon reaction of [V(IV)O(acetylacetonate)2] with human serum transferrin with Fe(III) bound at the C-lobe only

要素

Serotransferrin

キーワード

METAL TRANSPORT / protein metalation / vanadium compounds

機能・相同性

機能・相同性情報

iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / Post-translational protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Banneville, A.S. / Cornaciu, I. / Pica, A. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2026
タイトル: First crystal structure of an adduct formed upon reaction of a vanadium compound with human serum transferrin.
著者: Banneville, A.S. / Lucignano, R. / Paolillo, M. / Cuomo, V. / Chino, M. / Ferraro, G. / Picone, D. / Garribba, E. / Cornaciu-Hoffmann, I. / Pica, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2025年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年2月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9tho.cif.gz	158.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9tho.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9tho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/9tho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/9tho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9thqC 9thrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (10) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (9) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (9) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (11)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (10)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (9)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (9)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Serotransferrin

ヘテロ分子

76.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.130, 157.693, 107.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Serotransferrin / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin 分子量: 75284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02787

-
非ポリマー , 6種, 203分子

#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION 分子量: 61.017 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-A1JJT / bis(oxidanyl)-oxidanylidene-(oxidanyl(oxidanylidene)vanadio)oxy-vanadium / [V(IV)O(acetylacetonate)2] 分子量: 200.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₆V₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 16% (v/v) glycerol, 8 mM disodium malonate, 150 mM Na-PIPES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→78.85 Å / Num. obs: 36575 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.61 Å / Num. unique obs: 1829 / CC_1/2: 0.947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→78.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 8.171 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	1828	5.008 %
R_work	0.1975	34673	-
all	0.2	-	-
obs	-	36501	96.192 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.127 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.086 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.041 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→78.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5201	0	72	187	5460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.693	1.646	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.296	1.587	11575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.624	5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.652	23.091	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.637	15	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.336	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.881	3.187	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.881	3.187	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.673	4.765	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.673	4.766	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.172	3.528	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.139	3.531	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.053	5.149	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.034	5.15	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.499	36.568	6050
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.497	36.586	6038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.616	0.381	105	0.259	1914	X-RAY DIFFRACTION	73.0992
2.616-2.688	0.295	105	0.252	2194	X-RAY DIFFRACTION	85.0536
2.688-2.766	0.281	130	0.237	2272	X-RAY DIFFRACTION	91.4003
2.766-2.851	0.243	125	0.222	2339	X-RAY DIFFRACTION	97.5069
2.851-2.944	0.301	123	0.209	2363	X-RAY DIFFRACTION	99.9598
2.944-3.047	0.242	122	0.199	2299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.047-3.162	0.276	113	0.189	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.291	0.219	110	0.198	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
3.291-3.437	0.248	107	0.198	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.437-3.604	0.235	102	0.204	1967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.799	0.252	100	0.201	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.799-4.029	0.255	96	0.199	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.029-4.306	0.179	84	0.161	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.306-4.65	0.199	81	0.154	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.092	0.231	78	0.164	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
5.092-5.69	0.275	66	0.196	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
5.69-6.565	0.346	62	0.201	1154	X-RAY DIFFRACTION	100
6.565-8.026	0.231	52	0.164	998	X-RAY DIFFRACTION	100
8-11.292	0.196	42	0.172	789	X-RAY DIFFRACTION	100
11.292-78.85	0.298	25	0.301	470	X-RAY DIFFRACTION	99.7984

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