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- PDB-9t2z: Spindlin 1 with crystallization epitope mutations H127D:L128D:T131R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t2z
タイトルSpindlin 1 with crystallization epitope mutations H127D:L128D:T131R
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / Crystal epitopes
機能・相同性
機能・相同性情報


transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / gamete generation / histone H3K4me3 reader activity / : / histone reader activity / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein localization to chromatin / meiotic cell cycle / spindle ...transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / gamete generation / histone H3K4me3 reader activity / : / histone reader activity / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein localization to chromatin / meiotic cell cycle / spindle / Wnt signaling pathway / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Bowesman-Jones, H. / Damerell, D. / Krojer, T. ...Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Bowesman-Jones, H. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants.
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Bowesman-Jones, H. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / ...著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Bowesman-Jones, H. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
履歴
登録2025年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7214
ポリマ－25,5351
非ポリマー1863
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area11980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.88, 99.91, 45.46
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25534.742 Da / 分子数: 1 / 変異: H127D:L128D:T131R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M ammonium sulfate 25% PEG3350 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→56.28 Å / Num. obs: 24861 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.808 / Num. unique obs: 1814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→49.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2879 1342 -RANDOM
Rwork0.2585 ---
obs0.2599 26082 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8675 Å20 Å20 Å2
2---15.5037 Å20 Å2
3---14.6363 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→49.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 12 136 1789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091732HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952350HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d586SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes297HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1732HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion216SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1172SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.65
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3122 22 -
Rwork0.3466 --
obs0.3453 522 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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