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- PDB-9t2d: Jumonji domain-containing protein 2B with crystallization epitope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t2d
タイトルJumonji domain-containing protein 2B with crystallization epitope mutations L916G:R917A:A918D
要素Lysine-specific demethylase 4B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Crystal epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / brain development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / Estrogen-dependent gene expression ...histone H3K36 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / brain development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. ...: / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lysine-specific demethylase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. ...著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
履歴
登録2025年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,32710
ポリマ－14,7241
非ポリマー6039
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area8860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.85, 88.85, 143.86
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4B / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3B / Jumonji domain-containing protein 2B / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3B / Jumonji domain-containing protein 2B / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4B


分子量: 14724.405 Da / 分子数: 1 / 変異: L916G:R917A:A918D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4B, JHDM3B, JMJD2B, KIAA0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94953, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate 2% PEG400 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→47.96 Å / Num. obs: 20481 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 1.593 / Num. unique obs: 580

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→18.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1035 -RANDOM
Rwork0.2368 ---
obs0.2377 20481 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8185 Å20 Å20 Å2
2---0.8185 Å20 Å2
3---1.6369 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1011 0 39 75 1125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.911434HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d385SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes181HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1072HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact757SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.73
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3424 29 -
Rwork0.3072 --
obs0.3096 410 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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