PDB-9t1m: Nuclear export protein/Non-structural protein 2 (NEP/NS2) in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9t1m

タイトル

Nuclear export protein/Non-structural protein 2 (NEP/NS2) in complex with artificial alpha Rep protein

要素

Alpha Rep E4
Nuclear export protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Nuclear export protein / non-structural protein 2 / influenza virus / synthetic protein

機能・相同性

Influenza nuclear export protein NS2 / Influenza non-structural protein (NS2) / Nuclear export protein

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Stelfox, A.J. / Ballandras-Colas, A. / Crepin, T.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Monomeric Structure of Influenza A Virus NEP/NS2 Obtained With an Artificial Protein Highlights Conformational Plasticity.
著者: Stelfox, A.J. / Bessonne, M. / Bourhis, J.M. / Erba, E.B. / Albanese, P. / Compte, D.P. / Nevers, Q. / Urvoas, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Minard, P. / Ruigrok, R.W.H. / Crepin, T. / Delmas, ...

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2025年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	9t1m_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha Rep E4

B: Nuclear export protein

C: Alpha Rep E4

E: Alpha Rep E4

71.1 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Size exclusion chromatography with multi angle light scattering shows a 1:1 complex of alphaRep E4 (C) and NEP (B)., mass spectrometry, Native mass spectrometry shows a 1:1 ...根拠: light scattering, Size exclusion chromatography with multi angle light scattering shows a 1:1 complex of alphaRep E4 (C) and NEP (B)., mass spectrometry, Native mass spectrometry shows a 1:1 complex of alphaRep E4 (C) and NEP (B)., cross-linking, UV cross linking followed by mass spectrometry shows a 1:1 complex of alphaRep E4 (C) and NEP (B). AlphaRep E4 binds the N-terminal alpha helices 1 and 2 of NEP, confirming that this assembly is the one that is relevant in solution.

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.809, 136.809, 71.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-202- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_3	ens_1	(chain "E" and (resid 15 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	15 - 16	15 - 16
d_1	2	MET	MET	ASP	ASP	A	A	18 - 32	18 - 32
d_1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	34 - 43	34 - 43
d_1	4	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	46 - 47	46 - 47
d_1	5	PRO	PRO	ILE	ILE	A	A	49 - 51	49 - 51
d_1	6	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	53 - 59	53 - 59
d_1	7	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	61 - 62	61 - 62
d_1	8	THR	THR	VAL	VAL	A	A	64 - 92	64 - 92
d_1	9	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	94 - 105	94 - 105
d_1	10	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	107 - 109	107 - 109
d_1	11	PRO	PRO	ASP	ASP	A	A	111 - 120	111 - 120
d_1	12	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	122 - 144	122 - 144
d_1	13	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	146 - 152	146 - 152
d_1	14	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	154 - 155	154 - 155
d_1	15	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	157 - 158	157 - 158
d_1	16	ASN	ASN	THR	THR	A	A	160 - 164	160 - 164
d_2	1	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	15 - 16	15 - 16
d_2	2	MET	MET	ASP	ASP	C	C	18 - 32	18 - 32
d_2	3	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	34 - 43	34 - 43
d_2	4	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	46 - 47	46 - 47
d_2	5	PRO	PRO	ILE	ILE	C	C	49 - 51	49 - 51
d_2	6	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	53 - 59	53 - 59
d_2	7	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	61 - 62	61 - 62
d_2	8	THR	THR	VAL	VAL	C	C	64 - 92	64 - 92
d_2	9	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	94 - 105	94 - 105
d_2	10	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	107 - 109	107 - 109
d_2	11	PRO	PRO	ASP	ASP	C	C	111 - 120	111 - 120
d_2	12	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	122 - 144	122 - 144
d_2	13	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	146 - 152	146 - 152
d_2	14	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	154 - 155	154 - 155
d_2	15	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	157 - 158	157 - 158
d_2	16	ASN	ASN	THR	THR	C	C	160 - 164	160 - 164
d_3	1	LYS	LYS	VAL	VAL	E	D	15 - 16	15 - 16
d_3	2	MET	MET	ASP	ASP	E	D	18 - 32	18 - 32
d_3	3	ALA	ALA	ASP	ASP	E	D	34 - 43	34 - 43
d_3	4	ALA	ALA	VAL	VAL	E	D	46 - 47	46 - 47
d_3	5	PRO	PRO	ILE	ILE	E	D	49 - 51	49 - 51
d_3	6	ALA	ALA	GLY	GLY	E	D	53 - 59	53 - 59
d_3	7	VAL	VAL	ARG	ARG	E	D	61 - 62	61 - 62
d_3	8	THR	THR	VAL	VAL	E	D	64 - 92	64 - 92
d_3	9	ALA	ALA	ASP	ASP	E	D	94 - 105	94 - 105
d_3	10	ARG	ARG	VAL	VAL	E	D	107 - 109	107 - 109
d_3	11	PRO	PRO	ASP	ASP	E	D	111 - 120	111 - 120
d_3	12	TYR	TYR	GLU	GLU	E	D	122 - 144	122 - 144
d_3	13	LEU	LEU	GLY	GLY	E	D	146 - 152	146 - 152
d_3	14	ALA	ALA	ARG	ARG	E	D	154 - 155	154 - 155
d_3	15	VAL	VAL	ALA	ALA	E	D	157 - 158	157 - 158
d_3	16	ASN	ASN	THR	THR	E	D	160 - 164	160 - 164

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.426385362184, 0.836150172426, -0.345033928864), (-0.589629987763, -0.0323406840998, -0.807025747844), (-0.685953351509, 0.54754631704, 0.479229621632)	8.04976922887, 44.169274864, 56.494458828
2	given	(-0.408419445715, -0.845910532303, 0.34297073884), (-0.91242698534, 0.367681424914, -0.179686855938), (0.025895033994, -0.386323363404, -0.92199984062)	64.4604163707, 61.8218243726, 17.3928671918

#1: タンパク質	Alpha Rep E4 分子量: 18903.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Nuclear export protein / NEP / Non-structural protein 2 / NS2 分子量: 14343.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/WSN/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NEP, NS, NS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0ABF7SXM9
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 13 mg.mL-1 protein consisting of 1:1 molar ratio NEP and alpha-Rep E4 0.2 M sodium acetate pH 5.0, 12-16 % PEG 6K, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→68.42 Å / Num. obs: 25648 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.66 Å² / CC_1/2: 0.96 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.62→2.84 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 924 / CC_1/2: 0.96 / R_pim(I) all: 0.44 / % possible all: 61.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419+SVN	精密化
DIALS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.33→68.4 Å / SU ML: 0.2998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3801
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	1218	4.77 %
R_work	0.2172	24315	-
obs	0.2188	25533	77.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→68.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4552	0	0	117	4669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	4609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4024	6189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0336	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3483	1785

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.739883365588
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.11391685526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.43	0.3269	10	0.3368	264	X-RAY DIFFRACTION	7.62
2.43-2.54	0.423	45	0.3267	1004	X-RAY DIFFRACTION	28.9
2.54-2.67	0.3679	123	0.3105	2199	X-RAY DIFFRACTION	63.95
2.67-2.84	0.3241	164	0.2773	3357	X-RAY DIFFRACTION	97.1
2.84-3.06	0.2823	149	0.2653	3498	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.06-3.37	0.309	173	0.2707	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.85	0.307	167	0.2276	3408	X-RAY DIFFRACTION	97.28
3.85-4.85	0.196	191	0.1722	3502	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.86-68.4	0.1883	196	0.1796	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.37115358341	2.40842890005	-4.47458143123	2.74154521446	-1.93768111272	3.70620195382	0.263742415352	1.11180939487	0.946354916032	-0.0862866901966	0.422421002599	0.279959633523	-2.09391518893	-0.721408376664	-0.666726955853	0.915821012948	0.159886051881	0.0926988105592	0.736054818385	0.173080577632	0.741600711243	24.3939922342	3.68021366319	-15.001035617
2	6.09976082404	-5.77689312357	2.48609939082	9.00931022988	0.330474384089	3.55965332057	-0.515640812143	-0.525661521838	-0.0493367162464	0.33693141285	0.650341636493	-0.164975157924	0.116983529711	0.101066695666	-0.0224042647031	1.01271069335	0.0122610426432	0.129866586669	0.524195626653	0.177471893656	0.732011044729	25.80956331	-4.33049061732	-19.5176946319
3	3.98823815297	2.07775004182	5.03395274792	9.10553264979	-0.828576707935	8.05866806846	-0.424277094792	2.29536938468	0.0381815087347	0.0526853942126	0.0164570604814	-1.28960016712	-0.813687553655	1.68860541177	0.635026506556	0.678623192184	-0.217057258974	0.0470686444218	0.914383975628	0.0885050361666	0.438944751675	55.1540229454	-13.2473808445	-6.47358561821
4	6.09220336748	-1.96373123739	-0.527880075719	2.51417678275	0.67070799742	6.29737163672	0.00252252505487	0.392721262626	0.338377188818	0.111969995201	-0.107976112386	-0.436412573402	-0.629081121814	0.400193009978	0.0907940943785	0.550106918177	-0.176711192376	0.0109927891598	0.464177932581	0.104693607207	0.316693024132	51.8269900328	-14.6138019373	3.18268477946
5	6.44626953444	0.511609321928	-2.6692555856	5.15580007369	-1.30036561664	4.31364814699	-0.274104451137	-0.544506507824	0.536119896535	0.0446551880428	0.388211994706	-0.495258477693	-0.858045653907	0.721336993166	-0.0174452769302	0.589411992468	-0.207384023889	-0.00104332131681	0.600022986634	-0.0479356581045	0.347372116233	48.8738349536	-13.0124665662	14.6520086845
6	2.28358367298	0.153401266818	0.269084508771	5.48410598	-2.02845895856	5.26980092877	-0.241486605374	-0.604382470093	-0.0369022260717	0.401113808618	0.093482110835	-0.355091703585	-0.503413773663	0.536390608735	0.15457348905	0.548768902481	-0.0889750835706	-0.000608011190145	0.867161430087	-0.0184077239834	0.258107059851	48.2716620855	-20.3753345378	28.5522073706
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14	2.90306720652	-0.7295002885	3.14515487782	4.10985470571	-1.25372373721	3.09003090493	-0.074321005601	0.0734309814636	0.0377653688169	0.236622412168	-0.167717682634	-0.238382497118	0.0889089123114	0.81816975511	0.141304391514	0.304507039239	0.0936663237858	0.00180452098266	0.336043367046	-0.0269543072559	0.218455826668	34.31342601	-32.4574361927	-5.94307099188
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16	7.30131389811	-2.45256282064	4.15961375198	6.45278347388	-3.16166675288	4.7974689662	0.875708628758	0.500081741504	0.680941280751	-0.517770711958	-0.488544812301	0.671557201931	0.481484385114	-0.857552120347	-0.450861728506	0.481332201299	0.00771377880789	0.0195204741536	0.617820022678	0.0230873311855	0.259564218133	22.2097303185	-23.6674488641	10.0297101446
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19	7.11175170246	-5.4170318249	4.09377608888	9.23750094897	-2.1805030508	4.64238846268	-0.456454506695	0.807924936052	-0.547130736821	0.00162423396889	0.473922374957	0.0242087661599	-1.91805478957	0.366521169109	0.0676911068826	0.924111356246	0.0774924888676	-0.0354365458815	0.341938123873	0.11637552361	0.282152855238	29.3303381739	-8.20097346473	-7.8860741645

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 135 through 149 )	C	C	135 - 149	124 - 138
2	2	chain 'C' and (resid 150 through 166 )	C	C	150 - 166	139 - 155
3	3	chain 'E' and (resid 13 through 27 )	E	D	13 - 27	1 - 15
4	4	chain 'E' and (resid 28 through 72 )	E	D	28 - 72	16 - 60
5	5	chain 'E' and (resid 73 through 103 )	E	D	73 - 103	61 - 91
6	6	chain 'E' and (resid 104 through 167 )	E	D	104 - 167	92 - 155
7	7	chain 'A' and (resid 12 through 72 )	A	A	12 - 72	1 - 61
8	8	chain 'A' and (resid 73 through 103 )	A	A	73 - 103	62 - 92
9	9	chain 'A' and (resid 104 through 149 )	A	A	104 - 149	93 - 138
10	10	chain 'A' and (resid 150 through 166 )	A	A	150 - 166	139 - 155
11	11	chain 'B' and (resid 6 through 51 )	B	B	6 - 51	1 - 46
12	12	chain 'B' and (resid 52 through 63 )	B	B	52 - 63	47 - 55
13	13	chain 'B' and (resid 64 through 92 )	B	B	64 - 92	56 - 84
14	14	chain 'B' and (resid 93 through 121 )	B	B	93 - 121	85 - 113
15	15	chain 'C' and (resid 12 through 27 )	C	C	12 - 27	1 - 16
16	16	chain 'C' and (resid 28 through 41 )	C	C	28 - 41	17 - 30
17	17	chain 'C' and (resid 42 through 55 )	C	C	42 - 55	31 - 44
18	18	chain 'C' and (resid 56 through 117 )	C	C	56 - 117	45 - 106
19	19	chain 'C' and (resid 118 through 134 )	C	C	118 - 134	107 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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