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- PDB-9t0h: NCS-1 bound to a FDA-approved drug -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t0h
タイトルNCS-1 bound to a FDA-approved drug
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Complex / modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Chem-H9F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Miro-Rodriguez, C. / Sanchez-Barrena, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2022-137331OB-C31 スペイン
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2026
タイトル: An AI-based approach accelerates the discovery of protein-protein interaction modulators targeting NCS-1.
著者: Gonzalez-Garcia, E. / Miro-Rodriguez, C. / Ulzurrun, E. / Toledano, O. / Perez-Suarez, S. / Aguado, L. / Sanchez-Barrena, M.J. / Mansilla, A. / Naveiro, R. / Campillo, N.E.
履歴
登録2025年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,00711
ポリマ－19,8551
非ポリマー1,15110
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area10110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.327, 103.021, 76.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

HOH

21B-441-

HOH

31B-449-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 19855.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62166

-
非ポリマー , 7種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-H9F / 2-[[2-[bis(2-hydroxyethyl)amino]-4,8-di(piperidin-1-yl)pyrimido[5,4-d]pyrimidin-6-yl]-(2-hydroxyethyl)amino]ethanol


分子量: 504.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.748→51.511 Å / Num. obs: 12143 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 32.68 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.748→1.967 Å / Num. unique obs: 607 / CC1/2: 0.587

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→38.15 Å / SU ML: 0.2381 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.0556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 580 4.9 %
Rwork0.2104 11251 -
obs0.2127 11831 83.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1369 0 73 149 1591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67862023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0377204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5386614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-2.10.3061600.27491333X-RAY DIFFRACTION39.96
2.1-2.410.29471580.23333218X-RAY DIFFRACTION96.1
2.41-3.030.28011950.24393281X-RAY DIFFRACTION97.7
3.03-38.150.23151670.18843419X-RAY DIFFRACTION97.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.25910229178-1.96752848661-1.575601668035.100517527620.8867444888252.6842745007-0.141184615638-0.1397341016460.811678334331.038110687670.339143857394-0.379205043879-0.4761260851470.142109625873-0.264117449250.5546906944820.04066815895880.01900124994340.290009021245-0.1110243114040.307048204997-8.08666753878-2.3176861544811.0914078925
23.13720273446-0.707807925659-1.332886854683.46817495102-0.001178026244083.692722762550.0597518459680.05585712821990.1132817391190.487969496330.0449599140233-0.0352839464567-0.3453859556920.0615797224976-0.07187381316490.1680306267-0.0108756558108-0.007077484435120.122996491608-0.0251698798250.132191943901-3.27807629212-12.55088033747.60285933664
36.97022654904-2.24119177331-0.2554619196137.037153032471.505604027272.865706316360.4327809411460.675296316618-0.233223079179-0.557043441114-0.390201847458-0.0619698609482-0.108131346857-0.1833841015670.1599392555580.1880571156080.01931828641960.04502427987880.22815631595-0.0126458034250.175140557425-9.80599834617-23.45004854383.35737146686
48.40386612179-0.08663994328270.8569727224817.807180802733.084999266687.18957918942-0.0380668842497-0.101941597695-0.7869496672940.439127424149-0.143664423767-0.7545114343470.405893622971-0.06626712212680.02824808877450.3026674195870.009284045606630.05719259608360.2007716638960.07565031769060.3016081244632.64928572333-28.8964030288.55793787097
52.99362359998-2.739684579191.668390546823.59076990394-0.8986224737992.22300850137-1.278603915750.200646543060.689869432705-3.211880210041.382047307621.84301323970.348407109678-0.41129383713-0.6682667658561.62925221604-0.1787556941210.04957369679621.03205463010.4085244152360.9005026217926.33044550867-36.747208790318.9060211626
68.13240701391-0.0456896598641.368294210335.21406178740.9231070070797.11821965774-0.4067584745080.00718719195539-1.343211535370.529615251207-0.3198174030580.3421019928471.41415024678-0.4240766585230.1997068574990.358413904915-0.05038287863840.06297817774430.22668402308-0.1478385889680.480477508242-9.22996756303-35.50380462424.74680566731
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: D

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 5 through 55 )5 - 551 - 51
22chain 'B' and (resid 56 through 94 )56 - 9452 - 90
33chain 'B' and (resid 95 through 117 )95 - 11791 - 113
44chain 'B' and (resid 118 through 132 )118 - 132114 - 128
55chain 'B' and (resid 133 through 144 )133 - 144129 - 136
66chain 'B' and (resid 145 through 174 )145 - 174137 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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