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万見
- PDB-9t0e: Structure of Crimean Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) L prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t0e
タイトルStructure of Crimean Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) L protein bound to 5' vRNA and nanobody 20096.
要素
  • Nanobody 20096
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase / CCHF / CCHFV / CCHFV-L / Crimean Congo hemorrhagic fever virus / Bunyavirales
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type deubiquitinase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus ...RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Keown, J.R. / Carrique, L. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF)BDR00281 英国
Royal Society242315 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Crimean Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) L protein bound to 5' vRNA and nanobody 20096.
著者: Keown, J.R. / Carrique, L. / Grimes, J.M.
履歴
登録2025年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Nanobody 20096
R: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
A: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,9377
ポリマ－472,7583
非ポリマー1794
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 / RNA鎖 / タンパク質 , 3種, 3分子 CRA

#1: 抗体 Nanobody 20096


分子量: 14180.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量: 5090.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
#3: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 453487.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 297分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCHFV-L protein bound to 5' vRNA and nanobody 20096.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.466 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
2500 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMdithiothreitolDTT1
45 %GlycerolGlycerol1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2Topaz1.5粒子像選択
3EPU3.7画像取得
5cryoSPARC4CTF補正
8UCSF ChimeraX1.1モデルフィッティング
9Coot0.9.8.95モデルフィッティング
11cryoSPARC4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4分類
14cryoSPARC4３次元再構成
15PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 52.7 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 60.36 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005314803
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.548420021
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04132307
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00452495
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.13442082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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