PDB-9ss9: Human angiotensin 1-converting enzyme N-domain in complex with ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ss9

タイトル

Human angiotensin 1-converting enzyme N-domain in complex with captopril

要素

Angiotensin-converting enzyme, soluble form

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / complex / metalloprotease

機能・相同性

機能・相同性情報

mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2026
タイトル: Kinetic and structural characterisation of domain-specific angiotensin I-converting enzyme inhibition by captopril, rentiapril and zofenoprilat.
著者: Gregory, K.S. / Ramasamy, V. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ss9.cif.gz	609.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ss9.ent.gz	412.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ss9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/9ss9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/9ss9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ss7C 9ss8C 9ssaC 9ssbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (3) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (3) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.043, 77.499, 80.628
Angle α, β, γ (deg.)	89.305, 65.326, 75.336
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 608 / Label seq-ID: 2 - 608

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme, soluble form 分子量: 72493.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P12821

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#9: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 10種, 87分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE 分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-X8Z / L-CAPTOPRIL 分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / コメント: 薬剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物	ChemComp-MCO / 1-(3-MERCAPTO-2-METHYL-PROPIONYL)-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID 分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.06 M Divalent cations, 30% PEG550MME/PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→74.55 Å / Num. obs: 52092 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4517 / CC_1/2: 0.645 / R_pim(I) all: 0.605

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0431 (refmacat 0.4.105)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→74.549 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 24.512 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.262 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	2569	4.932 %	RANDOM
R_work	0.1848	49519	-	-
all	0.187	-	-	-
obs	-	52088	98.803 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.367 Å²	0.035 Å²	3.003 Å²
2-	-	2.266 Å²	1.559 Å²
3-	-	-	0.674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→74.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9844	0	241	69	10154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.817	14150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.551	1.751	21637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.669	5	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.137	5.435	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.8	10	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.689	10	528
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	8952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	5130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	5368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.299	2.82	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.298	2.82	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.543	5.066	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.543	5.067	6017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.183	3.201	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.183	3.202	5592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.999	5.722	8134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.999	5.723	8135
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.308	28.654	11864
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.309	28.655	11859
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	21591

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07373	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07373	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.297	187	0.272	3582	0.273	3843	0.932	0.943	98.0744	0.276
2.565-2.635	0.301	188	0.274	3569	0.275	3823	0.939	0.943	98.2736	0.277
2.635-2.711	0.328	170	0.257	3458	0.26	3693	0.935	0.953	98.2399	0.255
2.711-2.795	0.284	169	0.252	3381	0.254	3609	0.947	0.957	98.3652	0.25
2.795-2.886	0.252	179	0.23	3259	0.231	3488	0.957	0.965	98.5665	0.223
2.886-2.987	0.32	144	0.226	3177	0.23	3369	0.941	0.968	98.5752	0.216
2.987-3.1	0.224	181	0.206	3022	0.207	3247	0.965	0.974	98.6449	0.195
3.1-3.226	0.255	167	0.195	2906	0.198	3114	0.958	0.977	98.6834	0.184
3.226-3.37	0.254	146	0.184	2827	0.187	3006	0.955	0.98	98.9022	0.171
3.37-3.534	0.229	145	0.175	2653	0.178	2830	0.965	0.982	98.8693	0.164
3.534-3.724	0.192	131	0.155	2577	0.157	2732	0.978	0.985	99.1215	0.146
3.724-3.95	0.179	131	0.147	2434	0.148	2588	0.978	0.988	99.1113	0.14
3.95-4.221	0.201	117	0.142	2288	0.145	2423	0.976	0.988	99.2571	0.137
4.221-4.558	0.18	111	0.138	2140	0.14	2268	0.98	0.989	99.2504	0.133
4.558-4.992	0.193	85	0.143	1965	0.145	2062	0.978	0.988	99.418	0.141
4.992-5.578	0.236	102	0.166	1769	0.17	1882	0.972	0.986	99.4155	0.163
5.578-6.435	0.232	77	0.203	1566	0.204	1649	0.973	0.981	99.6361	0.198
6.435-7.866	0.213	64	0.194	1325	0.195	1394	0.973	0.979	99.6413	0.194
7.866-11.063	0.163	52	0.156	1039	0.156	1094	0.984	0.986	99.7258	0.165
11.063-74.549	0.24	23	0.245	582	0.245	605	0.979	0.96	100	0.246

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2046	0.1994	0.1562	1.2689	0.0991	0.6424	0.0591	0.0234	-0.0975	-0.0723	-0.0015	-0.0295	-0.0024	0.0397	-0.0575	0.0887	0.0266	0.0513	0.0118	0.0108	0.0521	3.9581	-14.7941	-18.1853
2	0.8519	-0.2591	-0.1415	0.9118	-0.2434	1.5826	-0.0411	-0.0823	0.0077	0.0802	0.0654	0.0911	-0.0516	-0.124	-0.0244	0.1128	0.0058	0.07	0.0307	-0.0271	0.1229	-0.4732	15.348	18.4857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Bp	1 - 722
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	2 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)