PDB-9srj: Prenylated FMN oxidative maturase PhdC, PEG-bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9srj

タイトル

Prenylated FMN oxidative maturase PhdC, PEG-bound

要素

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein

キーワード

FLAVOPROTEIN / prFMN / oxidative maturation / PhdC

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Box, H.G. / Leys, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2026
タイトル: Structure and Mechanism of PhdC, a Prenylated-Flavin Maturase.
著者: Whittall, D.R. / Box, H.G. / Payne, K.A.P. / Marshall, S.A. / Leys, D.

履歴

登録	2025年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9srj.cif.gz	139.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9srj.ent.gz	109.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9srj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/9srj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/9srj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9srgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein

B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.253, 121.253, 121.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH
2	1	B-360- HOH

#1: タンパク質	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein 分子量: 18291.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal polyhistidine tag 由来: (組換発現) Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア) 遺伝子: XA26_16660 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9XAG5
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6, 8 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→49.5 Å / Num. obs: 55801 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 16.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2807 / CC_1/2: 0.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
Coot		モデル構築
AutoProcess		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→38.34 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	2022	3.63 %
R_work	0.1811	-	-
obs	0.1819	55721	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→38.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	28	187	2517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	3295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.773	902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.46	0.3928	142	0.386	3732	X-RAY DIFFRACTION	98
1.46-1.49	0.3656	125	0.3471	3820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.54	0.2975	149	0.2745	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.24	145	0.2269	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.65	0.2248	122	0.2137	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.71	0.214	183	0.1968	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.79	0.2188	151	0.1903	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.88	0.2367	141	0.2149	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2	0.2196	150	0.1748	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.15	0.1908	144	0.1782	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.37	0.2053	139	0.1878	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.72	0.2089	140	0.1809	3880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.42	0.2084	134	0.1806	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-38.34	0.1733	157	0.1512	3973	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9396	-1.2682	1.9371	2.0759	-1.1278	1.201	-0.0308	0.527	-0.1823	-0.3252	-0.1129	-0.0757	0.1735	0.155	0.1448	0.2841	0.0141	0.0861	0.1946	0.018	0.1766	5.1856	-37.8635	-53.4996
2	1.7049	0.5279	-0.4482	1.4178	-0.283	0.5114	-0.0526	-0.0258	-0.1071	-0.1487	-0.094	-0.1095	0.1962	0.1264	0.1218	0.231	-0.0167	0.0701	0.1642	0.0317	0.194	1.7635	-40.1557	-43.6182
3	1.4238	1.2487	-0.591	2.6837	-0.9165	2.1153	0.0457	-0.0693	0.0531	0.0636	-0.142	0.0737	0.0967	0.0031	0.114	0.1989	-0.02	0.0643	0.1614	0.0074	0.1936	-3.128	-37.5149	-40.466
4	3.125	1.8156	-0.1081	1.9787	-0.627	1.7864	-0.0613	-0.0463	0.1654	-0.2018	-0.0309	0.0562	0.0288	-0.0082	0.0924	0.2305	0.0075	0.048	0.1751	0.0015	0.1834	-0.9613	-36.1258	-45.0774
5	2.1307	-0.1752	-0.1155	2.662	-0.2148	1.0029	-0.0195	0.167	-0.3874	-0.1684	-0.1483	0.0562	0.5142	0.1152	0.1368	0.4168	0.0295	0.1477	0.2042	0.0303	0.3284	7.6976	-49.7614	-47.8534
6	2.0967	0.9417	-0.9051	4.2988	-2.0884	3.8475	0.1541	-0.2781	-0.0785	0.1935	-0.0883	-0.0121	-0.6648	0.8396	0.086	0.3906	-0.2219	-0.1021	0.5405	0.0436	0.2916	12.5398	-21.5285	-26.6742
7	2.873	1.0088	0.2695	2.6385	0.1452	2.7085	-0.0502	-0.1225	0.0849	0.1946	-0.1317	-0.0383	-0.3915	0.1884	0.1364	0.2427	-0.068	-0.0077	0.2207	0.0067	0.1828	1.8702	-23.6005	-30.234
8	2.9957	-0.6414	-0.3275	2.6262	0.3866	3.254	0.0538	-0.0399	0.1491	0.1534	-0.1963	0.1279	-0.1972	-0.2082	0.2059	0.2143	-0.04	0.024	0.1978	-0.0306	0.2175	-4.301	-26.4509	-30.8576
9	2.8723	-0.7442	0.7047	2.4704	-0.438	1.4739	0.1298	0.0291	-0.1027	0.2958	-0.3531	0.1116	-0.0902	0.1377	0.1571	0.273	-0.0834	-0.0039	0.2827	0.0539	0.2388	5.1759	-32.5817	-27.5052
10	2.5763	0.4891	-0.0913	3.4659	-0.4665	2.8324	0.0967	-0.0485	0.0385	0.455	-0.422	0.0551	-0.26	0.0879	0.2596	0.3054	-0.0785	-0.0202	0.3048	0.0049	0.1685	0.9815	-26.3126	-24.5475
11	2.3898	-0.7997	-1.2838	4.2494	1.608	5.3197	0.2342	0.0718	0.0224	-0.4468	-0.2609	0.5009	-1.2203	0.2156	0.1352	0.44	-0.1021	-0.001	0.29	0.0376	0.2714	10.9674	-19.9912	-39.152
12	4.3642	0.0713	-1.6068	3.773	-1.6894	5.4885	-0.0339	-0.8316	1.473	0.4491	-0.1093	0.0457	-1.6157	0.7944	0.2181	0.8312	-0.0648	-0.043	0.4422	-0.2007	0.5428	2.0446	-11.2519	-22.6259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 124 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 22 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 23 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 83 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 137 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 138 through 153 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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