PDB-9sr2: Catalytically active GH161A phosphorylase refined in C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9sr2

タイトル

Catalytically active GH161A phosphorylase refined in C1

要素

GH161A

キーワード

HYDROLASE / GH161 / phosphorylase

機能・相同性

beta-laminaribiose / beta-D-glucopyranose / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

gut metagenome (メタゲノム)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Cooper, N. / Cioci, G. / Ladeveze, S. / Potocki-Veronese, G. / Moulis, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Dissection of GH161 beta-Glucan Phosphorylases: Molecular Specificities and Dynamics of Catalysis of Dimeric GH-Q Enzymes
著者: Cooper, N.J. / Ladeveze, S. / Li, A. / Shayan, R. / Faure, R. / Ropartz, D. / Terrapon, N. / Lombard, V. / Henrissat, B. / Remaud-Simeon, M. / Potocki-Veronese, G. / Moulis, C. / Cioci, G.

履歴

登録	2025年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9sr2.cif.gz	482.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9sr2.ent.gz	335.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9sr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9sr2_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9sr2_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9sr2_validation.xml.gz	57.9 KB	表示
CIF形式データ	9sr2_validation.cif.gz	88.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/9sr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/9sr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	55127MC 51944C 53306C 9h8vC 9qqkC 51815 EMDB 未公開エントリ 9h2r PDB 未公開エントリ 9kkq C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH161A

B: GH161A

ヘテロ分子

241 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

GH161A

分子量: 119868.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) gut metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose

#3: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION

分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: GH161A Phosphorylase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: gut metagenome (メタゲノム)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 39.54 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	RELION	粒子像選択
7	UCSF ChimeraX	モデルフィッティング
12	cryoSPARC	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179478 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 9H2R

9h2r
PDB 未公開エントリ

Accession code: 9H2R / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.08 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0016	17155
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.3762	23175
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	2451
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0032	3015
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	9.2045	6370

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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