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- PDB-9sop: Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sop
タイトルTissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1)
要素Metalloproteinase inhibitor 1
キーワードHYDROLASE / Hydrolase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of metallopeptidase activity / regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of catalytic activity / cellular response to UV-A ...negative regulation of metallopeptidase activity / regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of catalytic activity / cellular response to UV-A / cellular response to peptide / peptidase inhibitor activity / cartilage development / Activation of Matrix Metalloproteinases / Interleukin-10 signaling / basement membrane / response to hormone / response to cytokine / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / cytokine activity / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / response to peptide hormone / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Metalloproteinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shemy, A. / Voet, A.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S11123N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)1S11125N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1)
著者: Shemy, A. / Voet, A.
履歴
登録2025年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metalloproteinase inhibitor 1
B: Metalloproteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,77014
ポリマ－41,4662
非ポリマー1,30512
水1,47782
1
A: Metalloproteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3435
ポリマ－20,7331
非ポリマー6104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metalloproteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4289
ポリマ－20,7331
非ポリマー6958
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.229, 44.241, 90.53
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.06, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 179 / Label seq-ID: 1 - 179

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metalloproteinase inhibitor 1 / Erythroid-potentiating activity / EPA / Fibroblast collagenase inhibitor / Collagenase inhibitor / ...Erythroid-potentiating activity / EPA / Fibroblast collagenase inhibitor / Collagenase inhibitor / Tissue inhibitor of metalloproteinases 1 / TIMP-1


分子量: 20732.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMP1, CLGI, TIMP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01033

-
非ポリマー , 6種, 94分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350, 15% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92205 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92205 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.85 Å / Num. obs: 28422 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.94-45.855.60.03830.23290.9980.0250.0450.8899.1
1.95-250.2384.219980.980.1770.2980.71100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.8.2データスケーリング
DIALS3.dev.1285-g5310fec54データ削減
gemmi0.7.1データ抽出
REFMAC5.8.0431 (refmacat 0.4.105)精密化
Aimless0.8.2データスケーリング
DIALS3.dev.1285-g5310fec54データ削減
gemmi0.7.1データ抽出
REFMAC5.8.0431 (refmacat 0.4.105)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→44.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1396 4.914 %RANDOM
Rwork0.1914 27011 --
all0.193 ---
obs-28407 99.979 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 37.585 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.544 Å20 Å20.228 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----3.471 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 81 82 2956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0162727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1331.8193983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.891.7356296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1325353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.203518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03510469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.31210123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.22339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21550
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0940.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.153.3771421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1493.3771421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5036.051771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5036.0511772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2023.9821525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.23.9821526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2367.0162212
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2347.0162213
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.79837.9973004
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.79737.9983005
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1430.054958
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.142520.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.142520.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.95-2.0010.3421010.23119930.23620940.9370.9621000.208
2.001-2.0550.277930.21919250.22220190.9480.96699.95050.195
2.055-2.1150.268990.21418780.21719770.9490.9691000.194
2.115-2.180.261910.20318040.20618950.9550.9721000.183
2.18-2.2510.29800.19917940.20318740.9540.9731000.181
2.251-2.330.268770.20317190.20517960.9580.9741000.187
2.33-2.4180.248690.19216490.19417180.9590.9771000.179
2.418-2.5160.283950.18716030.19216980.960.9771000.174
2.516-2.6270.221850.19215000.19415850.9680.9771000.18
2.627-2.7550.232850.20414760.20615610.9620.9751000.196
2.755-2.9040.209740.18913920.1914660.9680.9771000.185
2.904-3.0790.225850.20413010.20513860.9640.9751000.205
3.079-3.290.289660.19412380.19913040.9530.9761000.201
3.29-3.5520.231590.18611500.18812090.9710.9791000.195
3.552-3.8890.204530.18810800.18911330.9710.981000.203
3.889-4.3440.158510.1649830.16410340.9870.9841000.185
4.344-5.0080.159440.1558630.1569070.9880.9871000.18
5.008-6.1150.219340.1867440.1887780.9740.9831000.213
6.115-8.5680.2330.2045730.2046060.9770.981000.232
8.568-44.740.353220.2413460.2463700.9320.96599.45950.541

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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