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- PDB-9snd: Mus musculus acetylcholinesterase in complex with 2-(1H-indol-3-y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9snd
タイトルMus musculus acetylcholinesterase in complex with 2-(1H-indol-3-yl)-N-(2-methoxybenzyl)ethan-1-amine
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / Reversible / inhibitor / insecticide
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / cholinesterase activity / choline metabolic process / acetylcholine binding / osteoblast development / acetylcholine receptor signaling pathway ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / cholinesterase activity / choline metabolic process / acetylcholine binding / osteoblast development / acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / collagen binding / laminin binding / synapse assembly / neuromuscular junction / response to insulin / receptor internalization / nuclear envelope / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / cell adhesion / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / axon / hydrolase activity / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9YU / : / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ekstrom, F. / Forsgen, N.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-00664 スウェーデン
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2026
タイトル: Potent and selective indole-based inhibitors targeting disease-transmitting mosquitoes.
著者: Rajeshwari, R. / Duvauchelle, V. / Lindgren, C. / Stangner, K. / Knutsson, S. / Forsgren, N. / Ekstrom, F. / Kamau, L. / Linusson, A.
履歴
登録2025年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,79612
ポリマ－119,5292
非ポリマー2,26710
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.353, 111.104, 227.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 59764.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物
ChemComp-A1JOW / 2-(1~{H}-indol-3-yl)-~{N}-[(2-methoxyphenyl)methyl]ethanamine


分子量: 280.364 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-9YU / 2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol


分子量: 340.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32O8
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26-30 % PEG750 MME 0.1 M HEPES, pH 7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.68 Å / Num. obs: 168071 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48.63 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08845 / Rpim(I) all: 0.05486 / Rrim(I) all: 0.1043 / Net I/σ(I): 7.78
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.8472 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 11817 / CC1/2: 0.823 / % possible all: 99.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.68 Å / SU ML: 0.2792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.7596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1532 1.97 %
Rwork0.2088 76367 -
obs0.209 77899 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8336 0 163 253 8752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00228774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.542811962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.58073164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.2971150.30866866X-RAY DIFFRACTION99.08
2.48-2.570.31641410.2876818X-RAY DIFFRACTION98.91
2.57-2.670.2891600.27296813X-RAY DIFFRACTION98.87
2.67-2.790.31921350.26046873X-RAY DIFFRACTION99.14
2.79-2.940.27311350.25416848X-RAY DIFFRACTION99.32
2.94-3.120.27591560.25946854X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.360.22681260.23886941X-RAY DIFFRACTION99.65
3.36-3.70.23131440.21096963X-RAY DIFFRACTION99.52
3.7-4.230.18681350.18336995X-RAY DIFFRACTION99.87
4.23-5.330.16261390.16177083X-RAY DIFFRACTION99.9
5.33-29.680.20691460.18527313X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.962521757640.42125499869-0.1746302838790.861890686152-0.4352122278631.88474424801-0.0380831807638-0.1149350321080.007984349730120.06841053308970.0343448703447-0.02381417775190.1090497888160.1087899168810.005552176045730.5740474637310.0274895152345-0.01843457518130.480642060250.02436530213450.45873246038533.920356412711.230344174723.8740660423
21.192863600550.224239166903-0.3395331980421.19827282569-0.6592712538473.10915971839-0.0108633475710.09517951200160.0259795524099-0.09712827533020.01177314548580.0740079593355-0.0777880455346-0.298321704242-0.03568237947590.475856746532-0.0251681082442-0.03161444682220.4968656527610.01276006030260.45592844286318.455319880415.84645954336.76918622879
34.031130944340.3871318577452.443162501417.46496359573-1.484565201524.92127831780.01933016846310.0153477232416-0.6384126144720.08126630714910.1986571114870.5656080015570.458531087461-1.24696519534-0.1622260940860.588601347638-0.193567894674-0.0143914378790.6723786007220.06696044383220.5995215310546.457056978651.2452456494914.141494448
43.43044819791-1.5332468089-3.12825947992.142530515682.51864380818.149001097560.1623330956790.0756348142881-0.171877933612-0.291117855558-0.09373854043420.08295877579190.04879171758980.0158400085457-0.02334899242330.665696271943-0.0665581736768-0.1163630502770.658847258008-0.02057589950320.54758612882917.29006953046.14304561684-1.14424617001
53.05279206554-0.385594647395-2.06492944931.253681467420.5483677916643.39807922937-0.09694873570330.3324997417470.127858892278-0.324407450498-0.08911564779820.216744147714-0.0909309793958-0.4203930891180.2191648788690.7622208291790.0505555342963-0.08114934419550.788471914135-0.1485574888920.581294395478-3.607179807576.37200086927-61.9546347237
60.631004009310.0343781667201-0.003902975703931.398760401520.205529427442.057468034490.1005363505420.257454340389-0.127238779993-0.204533180933-0.210361953350.160739387330.393358922425-0.3058239232890.07876461008710.648713576138-0.0094232074727-0.06636061740260.666938304887-0.1023974303840.4697582148211.521982721730.992728188184-51.7975674714
71.15753161294-0.5515221478820.01667023772011.397201067030.3582400006022.369916821930.1782573379640.197896082618-0.0387221125315-0.0794148201113-0.087600675397-0.124463473970.1874887180620.303873754041-0.08710863510490.5933746980430.0287057212167-0.03065736599110.632279706804-0.07156059004850.4561803647716.512287365.19856186372-46.6730834659
82.807025654950.4867023768990.4241637152913.1616999781-0.06274039523071.860513926030.438339847563-0.0919999082668-0.2081017714380.427173708808-0.202728998427-0.02399662270950.7891107015380.0645312941991-0.2732900624680.985344688067-0.0336075758617-0.07893635051620.5713154772450.009238235422040.49145313270213.610440064-6.24123679455-22.0055462619
91.220259556110.108217695030.04681052220462.13846047659-0.4369727167512.664997867580.152130734489-0.176864128575-0.02257821687540.245286101397-0.1823034565340.1713730429340.153452581711-0.354794222762-0.0009735659385670.58856866963-0.1038841793420.04815647514370.54679535935-0.1019471118580.4442128015410.4797850485225.90245166275-29.2706815833
100.7447453957860.008885643735091.0590159874.53536573679-0.8321347881075.625167683430.142859727425-0.4770070883360.340817338172-0.0478841368966-0.1591496537480.456782681448-0.225045621079-0.721946475211-0.02170458642290.7188040961910.03010782160170.01289114045230.713384224008-0.0787224819540.509627080385-1.3986633927122.434875165-28.9327926148
113.47888212669-0.05647362310181.750962664351.011390785890.2200660722912.869547294420.0514327498035-0.544188272194-0.1174865418120.2276366066380.0137402557771-0.04171509963580.1024427546290.333650720483-0.06517816174310.794745884945-0.0609056852824-0.01174655515820.623451935527-0.02451749950080.47052341543313.105655551311.346431492-21.6902158768
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 318 )AA1 - 3181 - 311
22chain 'A' and (resid 319 through 486 )AA319 - 486312 - 479
33chain 'A' and (resid 487 through 513 )AA487 - 513480 - 506
44chain 'A' and (resid 514 through 542 )AA514 - 542507 - 535
55chain 'B' and (resid 4 through 45 )BG4 - 451 - 42
66chain 'B' and (resid 46 through 142 )BG46 - 14243 - 139
77chain 'B' and (resid 143 through 331 )BG143 - 331140 - 321
88chain 'B' and (resid 332 through 382 )BG332 - 382322 - 372
99chain 'B' and (resid 383 through 486 )BG383 - 486373 - 476
1010chain 'B' and (resid 487 through 513 )BG487 - 513477 - 503
1111chain 'B' and (resid 514 through 543 )BG514 - 543504 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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