PDB-9shd: Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9shd

タイトル

Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with Fab 10M2146

要素

Anti-Fab VHH
Envelop protein OPG153
Heavy chain of Fab 10M2146
Light chain of Fab 10M2146

キーワード

VIRAL PROTEIN / complex antigen-antibody / vaccinia virus / A26

機能・相同性

Orthopoxvirus A26L/A30L / Orthopoxvirus A26L/A30L protein / Chordopoxvirus fusion protein/multifunctional envelope protein A27 / Chordopoxvirus multifunctional envelope protein A27 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelop protein OPG153

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Battini, L. / Guardado-Calvo, P.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with Fab 10M2146
著者: Battini, L. / Guardado-Calvo, P.

履歴

登録	2025年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9shd.cif.gz	475 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9shd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9shd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9shd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9shd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of Fab 10M2146

L: Light chain of Fab 10M2146

K: Anti-Fab VHH

H0Z0: Envelop protein OPG153

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.459, 157.821, 141.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-500- HOH
2	1	H-522- HOH
3	1	H0Z0-709- HOH
4	1	H0Z0-739- HOH

#1: 抗体	Heavy chain of Fab 10M2146 分子量: 24551.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain of Fab 10M2146 分子量: 23410.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Anti-Fab VHH 分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	Envelop protein OPG153 分子量: 52359.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス) 遺伝子: OPG153, VACWR149, A26L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24758
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 17% (w/v) PEG 20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.93 Å / Num. obs: 107567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.28 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 5260 / CC_1/2: 0.684

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→39.93 Å / SU ML: 0.1973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0491
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	5432	5.05 %
R_work	0.1577	102076	-
obs	0.1593	107508	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7148	0	0	1067	8215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	7424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9548	10090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0645	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8867	2705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3322	183	0.2739	3397	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.92-1.94	0.2915	176	0.2559	3371	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.94-1.97	0.2784	181	0.2439	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.99	0.26	172	0.2288	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2658	180	0.2132	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.02-2.05	0.248	176	0.2003	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.235	186	0.1828	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2277	163	0.1777	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2128	188	0.1703	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2203	185	0.1698	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.1956	189	0.1639	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2115	178	0.1632	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.2112	164	0.1606	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2126	188	0.16	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2009	182	0.1614	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.1807	168	0.1554	3404	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.45-2.51	0.1895	175	0.1469	3396	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.58	0.1966	189	0.1492	3368	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.58-2.65	0.1815	193	0.1531	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.1885	167	0.1544	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.1994	165	0.1555	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.1988	184	0.164	3402	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.95-3.09	0.2026	196	0.1589	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.184	166	0.1561	3430	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-3.45	0.1906	201	0.1534	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.1766	183	0.1462	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1388	181	0.1346	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1519	154	0.1195	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.9	0.1418	214	0.137	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-39.93	0.1846	205	0.1658	3582	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.545024479459	-0.333513085713	-0.274059750772	0.61609375199	0.394132652839	0.49624689674	-0.00378179082	0.0247391565861	-0.0122172781024	0.0550146152585	-0.0337354181796	0.0567623640892	0.0450280952706	-0.119935574997	0.0638259350028	0.163551890875	0.00146245106084	-0.00289942803921	0.203602146266	0.0127598933059	0.16236978593	6.00591933342	13.8136978478	-12.1148399684
2	0.363394990554	-0.196410910223	0.0468114468988	0.556981674895	0.379297741723	0.414239259991	0.0115406197657	-0.112178467923	-0.0305722166809	0.01850591697	-0.00742570627698	-0.0356756064772	0.0575898443782	-0.0462853510133	0.0168408835006	0.149095322462	-0.0103714213466	0.0052107202082	0.183521834722	0.0227774649231	0.165042384724	21.6211575244	22.2583589284	-8.6557945682
3	1.19462709314	0.221935829362	0.0649276686349	1.2618896047	0.0598313827087	1.03144881314	-0.0186708121945	-0.044243042517	0.0392204053154	0.0462169334263	-0.0367791543079	-0.166111514648	-0.0864056400332	0.158151910331	-0.0504482257082	0.154478107263	-0.0140519398128	-0.00224171168057	0.18852403047	0.0106085904668	0.222004506598	41.9617482622	38.4206299719	-4.94518321812
4	0.493951214585	-0.143114931443	-0.0550193500552	0.874708313516	0.323797591428	0.546928045183	-0.00453658294975	0.0364907156033	-0.0505777675807	0.0136994313622	-0.0129917564818	0.0359815720371	0.0476160707564	-0.040046998876	0.00421789214453	0.150112248541	0.00084585665907	0.00566534802684	0.127685457155	-0.00559639272696	0.130099655584	39.2404027689	-23.1817539836	-33.5153533088

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'H' )	H	A	20 - 247	1 - 224
2	2	(chain 'L' )	L	B	20 - 233	1 - 214
3	3	(chain 'K' )	K	D	2 - 113	1 - 120
4	4	(chain 'A' )	H0Z0	E	16 - 364	1 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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