PDB-9shc: Structure of Streptococcus pneumoniae methionyl-tRNA synthetase b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9shc

タイトル

Structure of Streptococcus pneumoniae methionyl-tRNA synthetase bound to the sulphamoyl analogue of methionyl-adenylate

要素

Methionine--tRNA ligase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / aminoacyl-tRNA synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cusack, S. / Fridd, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Streptococcus pneumoniae methionyl-tRNA synthetase bound to the sulphamoyl analogue of methionine-adenylate
著者: Cusack, S.

履歴

登録	2025年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9shc.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9shc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9shc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9shc_validation.pdf.gz	680.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9shc_full_validation.pdf.gz	684.5 KB	表示
XML形式データ	9shc_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	9shc_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9shc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9shc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

76.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.365, 72.888, 78.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.420, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS 分子量: 75733.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: C-terminal dimerisation domain not visible in the electron density 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: metG, metS, SP_0788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67580, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-A1MAL / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[(2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoyl]sulfamate / sulfamate analog of methionyl adenylate (Met-AMS) 分子量: 477.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₇S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Don't know.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 31310 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Num. unique obs: 1421

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 7.101 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	1561	4.986 %
R_work	0.2083	29749	-
all	0.21	-	-
obs	-	31310	93.09 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.998 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.847 Å²	0 Å²	-0.929 Å²
2-	-	4.181 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.241 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4032	0	31	48	4111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.033	1.823	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.407	1.749	8926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.066	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.541	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.004	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.245	10	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.93	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.095	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.851	3.986	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.849	3.984	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.17	7.149	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.17	7.151	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.035	4.176	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.035	4.175	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.556	7.576	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.556	7.575	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.231	37.51	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.229	37.518	4631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.359	0.34	51	0.301	1061	X-RAY DIFFRACTION	49.0733
2.359-2.423	0.308	94	0.284	1835	X-RAY DIFFRACTION	80.0747
2.423-2.493	0.28	117	0.265	1988	X-RAY DIFFRACTION	89.9188
2.493-2.569	0.285	101	0.253	2080	X-RAY DIFFRACTION	95.826
2.569-2.652	0.287	118	0.228	2015	X-RAY DIFFRACTION	97.6201
2.652-2.744	0.336	103	0.234	2024	X-RAY DIFFRACTION	99.0685
2.744-2.846	0.311	97	0.227	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-2.961	0.254	119	0.218	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.961-3.091	0.248	92	0.222	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.239	0.266	84	0.216	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.239-3.411	0.221	92	0.208	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.411-3.614	0.254	75	0.212	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.614-3.857	0.218	81	0.197	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.9358
3.857-4.158	0.276	72	0.193	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
4.158-4.542	0.224	77	0.175	1247	X-RAY DIFFRACTION	99.9245
4.542-5.058	0.177	62	0.162	1158	X-RAY DIFFRACTION	99.4295
5.058-5.8	0.151	41	0.17	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.446
5.8-7.01	0.23	42	0.185	893	X-RAY DIFFRACTION	99.574
7.01-9.543	0.232	30	0.195	652	X-RAY DIFFRACTION	91.6667
9.543-20	0.339	13	0.299	288	X-RAY DIFFRACTION	63.3684

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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