PDB-9sh8: Thermus thermophilus asparaginyl-tRNA synthetase with bound sulph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9sh8

タイトル

Thermus thermophilus asparaginyl-tRNA synthetase with bound sulphamoyl-analogue of asparaginyl-adenylate (AsnAMS)

要素

Asparagine--tRNA ligase

キーワード

TRANSLATION / RNA binding protein Enzyme / synthetises asparaginyl-adenylate from asparagine and ATP

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Cusack, S. / Seignovert, L. / Leberman, R. / Berthet-Colominas, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of asparaginyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus and its complexes with ATP and asparaginyl-adenylate: the mechanism of discrimination between asparagine and aspartic acid.
著者: Berthet-Colominas, C. / Seignovert, L. / Haertlein, M. / Grotli, M. / Cusack, S. / Leberman, R.

履歴

登録	2025年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9sh8.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9sh8.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9sh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9sh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/9sh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9sh9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

A: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.183, 125.183, 126.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Asparagine--tRNA ligase / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS 分子量: 50858.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: asnS, TTHA0708 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54263, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NSS / 5'-O-[N-(L-ASPARAGINYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / ASN-SA 分子量: 461.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₈O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Native crystals grown with protein 5 mg ml- l, 12-15 % PEG 6000, 0.3M KCI at pH 8.4. Soaked for 15 h in mother liquor containing 100 mM AsnAMS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.89 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→14.84 Å / Num. obs: 16965 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.54
反射シェル	解像度: 2.62→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.257 / Num. unique obs: 1073

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→14.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 11.486 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.525 / ESU R Free: 0.372
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	1717	10.123 %
R_work	0.209	15245	-
all	0.215	-	-
obs	-	16962	93.352 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.168 Å²	-0.584 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.168 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→14.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3593	0	32	42	3667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.061	1.878	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.941	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.576	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.893	10	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.604	10	201
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.056	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.09	5.623	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.553	10.119	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.358	5.819	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.006	10.598	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.843	61.377	5183

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.62-2.686	0.419	142	0.295	977	0.31	1261	0.919	0.952	88.7391	0.251
2.686-2.757	0.354	116	0.252	1079	0.26	1241	0.928	0.963	96.2933	0.216
2.757-2.834	0.387	122	0.278	1044	0.29	1207	0.921	0.954	96.6031	0.241
2.834-2.918	0.341	108	0.279	1036	0.285	1186	0.933	0.95	96.4587	0.244
2.918-3.01	0.355	107	0.29	986	0.297	1140	0.912	0.95	95.8772	0.254
3.01-3.111	0.325	103	0.27	962	0.275	1106	0.933	0.952	96.2929	0.248
3.111-3.223	0.353	114	0.265	927	0.274	1082	0.921	0.956	96.2107	0.242
3.223-3.348	0.327	103	0.241	880	0.249	1031	0.932	0.963	95.3443	0.228
3.348-3.489	0.301	103	0.256	862	0.261	1007	0.94	0.957	95.8292	0.246
3.489-3.649	0.283	81	0.223	826	0.228	961	0.936	0.968	94.3809	0.218
3.649-3.834	0.241	84	0.213	788	0.216	919	0.959	0.969	94.8857	0.215
3.834-4.049	0.25	85	0.201	749	0.206	885	0.96	0.973	94.2373	0.208
4.049-4.306	0.249	81	0.189	678	0.196	830	0.961	0.977	91.4458	0.208
4.306-4.619	0.226	64	0.176	647	0.18	785	0.965	0.981	90.5732	0.201
4.619-5.011	0.237	67	0.154	596	0.162	731	0.969	0.985	90.6977	0.186
5.011-5.525	0.25	56	0.163	566	0.17	674	0.962	0.982	92.2849	0.198
5.525-6.237	0.23	64	0.163	511	0.17	619	0.968	0.982	92.8918	0.192
6.237-7.322	0.223	47	0.164	456	0.169	543	0.964	0.982	92.6335	0.195
7.322-9.286	0.223	46	0.161	375	0.168	463	0.968	0.984	90.9287	0.205
9.286-14.84	0.161	24	0.185	300	0.183	357	0.989	0.979	90.7563	0.203

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)