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- PDB-9sfx: Secukinumab Fv in complex with human IL-17A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sfx
タイトルSecukinumab Fv in complex with human IL-17A
要素
  • (Secukinumab Fv ...) x 2
  • Heavy-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 Fv (crystallization aid)
  • Interleukin-17A
  • Light-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 (crystallization aid)
キーワードCYTOKINE / MONOCLONAL ANTIBODY / THERAPEUTIC ANTIBODY / FV FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rondeau, J.-M. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: IL-17A complexes with therapeutic antibodies exhibit distinct size distributions, potentially contributing to clinically observed immunogenicity.
著者: Ungan, D. / Be, C. / Baczyk, P. / Mittermeier, S. / Lehmann, S. / Wiesmann, C. / Huber, T. / Kolbinger, F. / Rondeau, J.M.
履歴
登録2025年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secukinumab Fv light-chain
B: Secukinumab Fv heavy-chain
C: Interleukin-17A
H: Heavy-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 Fv (crystallization aid)
L: Light-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 (crystallization aid)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4299
ポリマ－70,0605
非ポリマー3684
水63135
1
A: Secukinumab Fv light-chain
B: Secukinumab Fv heavy-chain
C: Interleukin-17A
H: Heavy-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 Fv (crystallization aid)
L: Light-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 (crystallization aid)
ヘテロ分子

A: Secukinumab Fv light-chain
B: Secukinumab Fv heavy-chain
C: Interleukin-17A
H: Heavy-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 Fv (crystallization aid)
L: Light-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 (crystallization aid)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,85718
ポリマ－140,12010
非ポリマー7378
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)186.350, 186.350, 107.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 15712.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct included amino acids 20 to 155 of human IL-17A with a N-terminal His6 tag followed by a PreScission cleavage site. The tag was cleaved with PreScission protease before ...詳細: The construct included amino acids 20 to 155 of human IL-17A with a N-terminal His6 tag followed by a PreScission cleavage site. The tag was cleaved with PreScission protease before crystallisation of the complex with the secukinumab Fv
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q16552

-
抗体 , 4種, 4分子 ABHL

#1: 抗体 Secukinumab Fv light-chain


分子量: 12688.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct included a Strep tag (WSHPQFEK) fused with the carboxyterminus of the light-chain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#2: 抗体 Secukinumab Fv heavy-chain


分子量: 15297.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct included a C-terminal His6 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#4: 抗体 Heavy-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 Fv (crystallization aid)


分子量: 13723.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct included a C-terminal His6 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#5: 抗体 Light-chain of anti-IL-17A antibody XAB5 (crystallization aid)


分子量: 12639.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct included a C-terminal Strep tag (WSHPQFEK)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1

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非ポリマー , 2種, 39分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 1.8M ammonium citrate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99996 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→27.68 Å / Num. obs: 34093 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 23.46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.67212.8881.7324580.7022.95898.6
2.67-2.7420.982.2572.224050.7972.31298.7
2.74-2.8220.821.6383.0623380.8841.67898.6
2.82-2.9120.561.2114.0422800.9291.24198.7
2.91-320.070.9265.0722030.9460.9598.6
3-3.1119.340.6446.9121560.970.66199.1
3.11-3.2219.670.449.7120770.9870.45299.2
3.22-3.3620.850.32313.2419960.9930.33199.2
3.36-3.5120.690.2217.9919180.9970.22698.9
3.51-3.6820.440.15523.7818480.9980.15999.4
3.68-3.8819.90.1228.3517600.9980.12498.9
3.88-4.1119.130.08935.316740.9990.09299.5
4.11-4.3919.770.06645.315850.9990.06899.2
4.39-4.7520.410.05355.78147310.05599.2
4.75-5.220.080.05157.8136910.05299.5
5.2-5.8118.690.05452.9912530.9990.05599.5
5.81-6.7118.810.05352.3111190.9990.05599.5
6.71-8.2219.720.04263.2795010.04399.5
8.22-11.6317.70.0377.876410.03199.5
11.63-27.6815.940.0377.8146710.03198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→27.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9171 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 1702 5 %RANDOM
Rwork0.1765 ---
obs0.1783 34046 99.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.7709 Å20 Å20 Å2
2---9.7709 Å20 Å2
3---19.5417 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.383 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→27.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4385 0 24 35 4444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1502SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes659HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4521HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4782SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 144 5.01 %
Rwork0.2346 2728 -
all0.2359 2872 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54571.0715-0.05146.1087-0.7850.55810.0442-0.1074-0.05420.59780.03840.12360.29650.0013-0.08260.0233-0.154-0.0207-0.0591-0.0237-0.136733.6382-108.0025-6.3034
22.90750.3527-0.82624.28640.66264.9826-0.22750.47620.0851-0.19940.12940.6070.2834-0.57050.0981-0.1984-0.2058-0.07280.06910.0577-0.065928.5051-95.8443-24.3653
31.5758-0.9626-0.50660.99640.3681.94850.16640.0690.20090.10330.022-0.1055-0.5638-0.1945-0.1884-0.0368-0.05350.1364-0.04030.0662-0.089238.3932-63.4582-12.236
42.58120.8702-1.14723.9211-0.43775.60970.1903-0.26730.42710.6848-0.0539-0.0432-0.8652-0.1106-0.13640.0043-0.02860.1095-0.1058-0.0337-0.185830.2421-55.879516.1775
53.87860.2333-1.74145.7085-0.29484.00010.15520.50420.1666-0.3556-0.01610.9758-0.3003-1.4302-0.1391-0.3110.070.03810.27810.1005-0.237314.8096-60.56580.5728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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