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- PDB-9sfg: Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-742 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sfg
タイトルCrystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-742
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRP3 / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity ...detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of acute inflammatory response / microtubule organizing center / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / defense response / Cytoprotection by HMOX1 / ADP binding / protein homooligomerization / cellular response to virus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of inflammatory response / Metalloprotease DUBs / positive regulation of inflammatory response / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Srinivas, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Other private スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of NP3-742: A Structurally Diverse NLRP3 Inhibitor Identified through an Unusual Phenol Replacement.
著者: Velcicky, J. / Langlois, J.B. / Wright, M. / Janser, P. / Angst, D. / Arnold, C. / Beltz, K. / Brenneisen, S. / Dubois, C. / Dawson, J. / Fischer, C. / Gommermann, N. / Heizmann, A. / Ilic, S. ...著者: Velcicky, J. / Langlois, J.B. / Wright, M. / Janser, P. / Angst, D. / Arnold, C. / Beltz, K. / Brenneisen, S. / Dubois, C. / Dawson, J. / Fischer, C. / Gommermann, N. / Heizmann, A. / Ilic, S. / Machauer, R. / Maschlej, M. / Monnerat, S. / Pflieger, D. / Ristov, J. / Rubert, J. / Schwalm, G. / Smith, D.R. / Srinivas, H. / Steiner, R. / Stojanovic, A. / Troxler, T. / Unterreiner, A. / Vangrevelinghe, E. / von Burg, N. / Wunderlich, J. / Farady, C.J. / Mackay, A.
履歴
登録2025年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9203
ポリマ－64,1561
非ポリマー7642
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.150, 96.150, 260.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced ...Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced autoinflammatory syndrome 1 protein / Cryopyrin / PYRIN-containing APAF1-like protein 1


分子量: 64156.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96P20, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-A1JNK / 5-methyl-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]-6-(2-methyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl)pyridazin-3-amine


分子量: 336.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 12355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 60.62 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.268 Å / Num. unique obs: 586 / CC1/2: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419+SVN精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→48.07 Å / SU ML: 0.3948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.0951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 431 4.6 %
Rwork0.2112 8948 -
obs0.2143 9379 75.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3874 0 52 21 3947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47195436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1006602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.62681444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.660.3226680.2521411X-RAY DIFFRACTION36.79
3.66-4.610.28421480.21093396X-RAY DIFFRACTION86.19
4.61-48.070.26782150.20414141X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.6430104606 Å / Origin y: -33.4883647508 Å / Origin z: 2.53098395893 Å
111213212223313233
T0.484517982356 Å20.0107938598009 Å2-0.0669768187973 Å2-0.466938173045 Å20.0436045784378 Å2--0.328486929481 Å2
L2.99978847412 °2-1.12429326691 °22.24105748482 °2-2.14702765275 °2-2.59420291561 °2--4.97646714186 °2
S-0.223624586827 Å °-0.0666978117148 Å °0.177073675417 Å °0.288935676142 Å °0.0863569001845 Å °0.0270534176829 Å °-0.752681456198 Å °-0.276799867993 Å °0.121556358131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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