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Yorodumi- PDB-9sa4: Inhibition by ATP regulates the activity of a CBASS antiphage nuc... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9sa4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Inhibition by ATP regulates the activity of a CBASS antiphage nucleotide cyclase | ||||||
Components | CD-NTase | ||||||
Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN / CRISPR CBASS Anti-viral immune anti-phage | ||||||
| Function / homology | ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23 Å | ||||||
Authors | McMahon, S.A. / Gaskell-Mew, L. / Wotherspoon, P. / McQuarrie, S. / Graham, S. / Gloster, T.M. / White, M.F. | ||||||
| Funding support | European Union, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2026Title: Inhibition by ATP regulates the activity of a CBASS anti-phage nucleotide cyclase. Authors: Gaskell-Mew, L. / McQuarrie, S. / McMahon, S.A. / Wotherspoon, P. / Graham, S. / Gloster, T.M. / White, M.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9sa4.cif.gz | 604.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9sa4.ent.gz | 419.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9sa4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/9sa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/9sa4 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9sa5C ![]() 9saxC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38384.262 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M BisTris pH5.5 1.6M Ammonium sulphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97623 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97623 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.12→100 Å / Num. obs: 90060 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 58.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.12→2.15 Å / Num. unique obs: 4369 / CC1/2: 0.323 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23→78.23 Å / SU ML: 0.4264 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.3389 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 68.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→78.23 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation

PDBj








