PDB-9sa1: The RING domain of IDOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9sa1

タイトル

The RING domain of IDOL

要素

E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP

キーワード

LIGASE / E3 / ubiquitin / RING / Zinc finger

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / cytoskeletal protein binding / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.056 Å

データ登録者

Bradshaw, W.J. / He, L. / Guenther, F. / Murphy, E.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The RING domain of IDOL
著者: Bradshaw, W.J. / He, L. / Guenther, F. / Murphy, E.J.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9sa1.cif.gz	93.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9sa1.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9sa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9sa1_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9sa1_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	9sa1_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	9sa1_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/9sa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/9sa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9sa2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (8)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP

B: E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.534, 51.958, 55.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 368 - 445 / Label seq-ID: 1 - 78

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP / Inducible degrader of the LDL-receptor / Idol / Myosin regulatory light chain interacting protein / ...Inducible degrader of the LDL-receptor / Idol / Myosin regulatory light chain interacting protein / MIR / RING-type E3 ubiquitin transferase MYLIP 分子量: 8820.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYLIP, BZF1, IDOL, BM-023, PP5242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WY64, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM Magnesium chloride hexahydrate, 100 mM Bis-tris, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9406 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.056→37.887 Å / Num. obs: 42186 / % possible obs: 72.5 % / 冗長度: 22.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.056→1.179 Å / 冗長度: 16.3 % / R_merge(I) obs: 3.971 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2132 / CC_1/2: 0.569 / R_pim(I) all: 0.984 / R_rim(I) all: 4.095 / % possible all: 13.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
DIALS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.056→37.875 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	1959	4.644 %
R_work	0.13	40227	-
all	0.132	-	-
obs	-	42186	72.417 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.649 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.148 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.348 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.056→37.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1211	0	4	187	1402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.865	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	1.765	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.742	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.896	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.825	10	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.202	10	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.109	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.309	1.684	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.238	1.683	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.782	3.012	844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.801	3.021	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.81	2.021	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.805	2.025	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.219	3.589	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.214	3.592	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.619	27.345	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.153	23.32	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.684	3	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.188	0.05	2276

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18783	0.05006
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18783	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
1.056-1.083	0.077	1	0.307	69	0.304	4259	0.947	1.6436	0.31
1.083-1.113	0.308	6	0.279	272	0.279	4122	0.949	6.7443	0.278	0.897
1.113-1.145	0.215	21	0.233	565	0.233	4036	0.964	14.5193	0.226	0.963
1.145-1.181	0.243	58	0.233	1189	0.233	3936	0.964	31.6819	0.219	0.968
1.181-1.219	0.221	118	0.218	2417	0.219	3767	0.969	67.2949	0.209	0.973
1.219-1.262	0.255	126	0.207	3040	0.208	3685	0.972	85.9159	0.195	0.955
1.262-1.31	0.223	191	0.195	3257	0.197	3563	0.975	96.7724	0.18	0.966
1.31-1.363	0.197	162	0.165	3260	0.166	3437	0.982	99.5636	0.149	0.975
1.363-1.424	0.187	149	0.145	3120	0.147	3270	0.986	99.9694	0.126	0.978
1.424-1.493	0.185	143	0.117	3035	0.119	3178	0.991	100	0.101	0.977
1.493-1.574	0.143	129	0.103	2868	0.105	2997	0.993	100	0.09	0.988
1.574-1.669	0.146	149	0.087	2706	0.09	2855	0.995	100	0.079	0.987
1.669-1.784	0.137	120	0.088	2579	0.091	2699	0.995	100	0.081	0.988
1.784-1.926	0.113	115	0.099	2384	0.099	2499	0.994	100	0.092	0.993
1.926-2.11	0.167	112	0.109	2203	0.112	2315	0.993	100	0.104	0.982
2.11-2.358	0.186	80	0.11	2038	0.113	2118	0.992	100	0.108	0.981
2.358-2.721	0.154	97	0.126	1783	0.127	1880	0.99	100	0.127	0.985
2.721-3.328	0.188	71	0.134	1525	0.136	1596	0.989	100	0.14	0.975
3.328-4.688	0.198	73	0.131	1195	0.135	1275	0.988	99.451	0.145	0.971
4.688-37.875	0.205	38	0.184	721	0.185	759	0.976	100	0.21	0.962

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関連情報:EMDBヘッダ

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