PDB-9s6c: B12 Binding protein - BtuK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s6c

タイトル

B12 Binding protein - BtuK1

要素

(Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Lipoprotein / B12 binding

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / CYANOCOBALAMIN / Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.817 Å

データ登録者

Clarke, C. / Banasik, M. / Pickersgill, R.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: B12 Binding protein - BtuK1
著者: Clarke, C. / Banasik, M. / Pickersgill, R.W.

履歴

登録	2025年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s6c.cif.gz	944.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s6c.ent.gz	652.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9s6c_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9s6c_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9s6c_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	9s6c_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/9s6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/9s6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

A: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

B: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes in complex with B12 during size exclusion chromatography
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.739, 129.984, 164.66
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
3	2	C
4	2	B
5	3	A
6	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	PHE	PHE	C	A	16 - 350	2 - 336
2	1	1	LYS	LYS	PHE	PHE	A	B	16 - 350	4 - 338
3	2	2	GLY	GLY	ASN	ASN	C	A	15 - 351	1 - 337
4	2	2	MET	MET	ASN	ASN	B	C	15 - 351	3 - 339
5	3	3	MET	MET	PHE	PHE	A	B	15 - 350	3 - 338
6	3	3	MET	MET	PHE	PHE	B	C	15 - 350	3 - 338

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein 分子量: 37401.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_1486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A7N8
#2: タンパク質	Quinoprotein amine dehydrogenase-like protein 分子量: 37671.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_1486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A7N8
#3: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2mM Lanthanides, 0.1M Buffer systems 4 (MOPSO, Bis-Tris) (pH 6.5), 32.5% v/v Precipitant Mix 6 (25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6 Hexanetriol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.85 Å / Num. obs: 131196 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 131196 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.8.2	データスケーリング
gemmi	0.7.1	データ抽出
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.817→14.287 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 4.756 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	4991	5.034 %
R_work	0.1625	94163	-
all	0.164	-	-
obs	-	99154	96.307 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.527 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.598 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.817→14.287 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7939	0	279	642	8860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	8444
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	7584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.15	1.831	11538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.743	17470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.362	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.173	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	12.241	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.669	10	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.9	10	382
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	9953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.138	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.112	0.2	6906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.058	0.2	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.112	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.552	1.819	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.55	1.819	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.107	3.28	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.107	3.28	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.536	2.071	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.534	2.071	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.933	3.696	6482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.932	3.696	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.779	19.493	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.638	18.969	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	10824
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.077	0.05	10932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.08	0.05	10851

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08263	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08263	0.05009
2	3	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0769	0.05009
2	4	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0769	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08006	0.05009
3	6	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08006	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.817-1.863	0.252	373	0.217	6962	0.219	7389	0.961	0.971	99.2692	0.191
1.863-1.913	0.238	363	0.201	6794	0.203	7214	0.966	0.975	99.2099	0.175
1.913-1.968	0.222	357	0.182	6596	0.184	7047	0.97	0.979	98.6661	0.157
1.968-2.027	0.208	326	0.177	6416	0.178	6835	0.973	0.98	98.6394	0.154
2.027-2.092	0.2	317	0.17	6200	0.171	6617	0.975	0.982	98.4887	0.15
2.092-2.164	0.199	327	0.166	5960	0.167	6407	0.976	0.983	98.1271	0.148
2.164-2.243	0.191	307	0.159	5762	0.16	6211	0.978	0.985	97.7137	0.143
2.243-2.333	0.195	264	0.156	5578	0.158	6006	0.976	0.985	97.2694	0.144
2.333-2.433	0.184	274	0.155	5291	0.157	5757	0.979	0.985	96.6649	0.145
2.433-2.549	0.198	250	0.159	5107	0.161	5538	0.976	0.984	96.7317	0.152
2.549-2.682	0.207	253	0.156	4794	0.159	5257	0.976	0.985	96.0053	0.152
2.682-2.838	0.199	252	0.158	4548	0.16	5015	0.976	0.984	95.7129	0.155
2.838-3.025	0.195	231	0.155	4275	0.157	4720	0.977	0.985	95.4661	0.157
3.025-3.256	0.202	210	0.169	3982	0.17	4444	0.976	0.983	94.3294	0.176
3.256-3.548	0.196	200	0.17	3643	0.171	4122	0.976	0.984	93.2314	0.182
3.548-3.937	0.172	174	0.166	3341	0.166	3749	0.987	0.984	93.7583	0.183
3.937-4.489	0.151	164	0.139	2929	0.14	3365	0.987	0.989	91.9168	0.162
4.489-5.367	0.179	167	0.142	2490	0.144	2927	0.987	0.99	90.7755	0.168
5.367-7.106	0.193	106	0.177	2075	0.178	2381	0.981	0.983	91.6002	0.207
7.106-14.287	0.19	73	0.168	1395	0.169	1658	0.982	0.986	88.5404	0.201

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6488	0.3542	-0.1809	2.0382	-0.0415	1.2272	0.0098	-0.1284	-0.1109	0.3141	-0.0371	-0.1363	0.1493	0.1297	0.0273	0.1237	0.0126	-0.0184	0.0469	0.0239	0.05	-21.6726	-44.3461	58.1875
2	1.8873	0.1142	0.0449	1.4765	0.5644	1.8567	0.0392	0.0253	-0.1277	0.0417	-0.0206	0.0216	0.0828	-0.045	-0.0185	0.0061	0.0084	-0.0058	0.0654	-0.02	0.015	-13.4107	-29.8136	19.8878
3	1.374	-0.1183	-0.3071	1.3995	0.1604	1.4784	0.0368	0.1549	0.1023	-0.2338	0.0188	-0.1047	-0.1569	-0.0275	-0.0556	0.1381	0.0037	0.0328	0.0296	0.0308	0.0926	-31.309	-71.7994	22.9698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	15 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	15 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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