PDB-9s5l: ADC-30 class C beta-lactamase in complex with benzoxaborole AK-412

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s5l

タイトル

ADC-30 class C beta-lactamase in complex with benzoxaborole AK-412

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / complex / boronate / covalent / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ADC-30 class C beta-lactamase in complex with benzoxaborole AK-412
著者: Hinchliffe, P. / Spencer, J.

履歴

登録	2025年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	9s5l_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/9s5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/9s5l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81.9 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, none
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.560, 176.460, 49.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40569.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC, adc30, FPK63_09015, FPK87_18695, FQZ18_06125 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: A7XM81, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-XQN / 4-chloranyl-N-[[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1$l^{4}-benzoxaborol-3-yl]methyl]benzenesulfonamide 分子量: 337.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃BClNO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: cocrsytallisation: ADC-30 (5 mg/mL), 0.1M bis tris pH 6.5, 25% PEG3350, 2 mM AK-412

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7289 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7289 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.25 Å / Num. obs: 94291 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4747 / CC_1/2: 0.309 / R_pim(I) all: 0.815

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→42.25 Å / SU ML: 0.2347 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1217
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	4695	4.99 %
R_work	0.169	89487	-
obs	0.1707	94182	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5689	0	48	752	6489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	5984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7959	8134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524	880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2031	2294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3832	146	0.3707	3003	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.62-1.64	0.4159	178	0.3508	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.64-1.66	0.3459	172	0.3291	2992	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.66-1.68	0.3181	176	0.309	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.68-1.7	0.3118	155	0.287	2995	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.72	0.3158	138	0.2848	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.75	0.3208	158	0.2704	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.75-1.77	0.3117	127	0.2486	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.77-1.8	0.2513	159	0.2398	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.83	0.2744	143	0.2386	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2849	152	0.2403	2911	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.9	0.2859	144	0.2342	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.9-1.93	0.2648	143	0.2427	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.93-1.97	0.2433	150	0.2036	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.97-2.02	0.2043	168	0.1891	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.02-2.06	0.2349	144	0.1786	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.06-2.11	0.2168	157	0.1682	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.11-2.17	0.2072	169	0.1651	3003	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.17-2.24	0.2157	157	0.1599	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.24-2.31	0.225	163	0.1646	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.31-2.39	0.2083	145	0.1674	2972	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.39-2.49	0.2037	171	0.165	2926	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.49-2.6	0.2065	162	0.1577	2893	X-RAY DIFFRACTION	96.98
2.6-2.74	0.2004	140	0.1676	2819	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.74-2.91	0.188	151	0.1568	2948	X-RAY DIFFRACTION	97.88
2.91-3.13	0.1802	162	0.1525	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.2011	167	0.1454	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.45-3.94	0.1463	181	0.1298	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1329	171	0.1164	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-42.25	0.1698	146	0.1414	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6512118587	0.64911733631	0.208327032709	1.14027010136	0.555527780626	1.40943811927	0.028275941339	-0.17150765031	0.330893372994	0.0713958169079	-0.0537769382374	0.175147238004	-0.152534305755	-0.0863068637746	0.0130876963704	0.132665007558	0.00891884058394	0.00591938277458	0.141267015609	-0.00599957537558	0.204304589414	21.9230765312	32.3346605077	12.6099745058
2	2.01189725416	-0.245479120786	-0.68950681985	1.69940749076	0.179951074296	2.42528261369	-0.124658963808	0.304456940362	-0.147340354251	-0.133394120205	0.0370253960034	0.101950464319	0.281011335642	-0.15646478563	0.0839225375692	0.201511539801	-0.0360642562917	-0.00612051995198	0.191209196226	-0.025172755188	0.136534860467	19.6286260962	7.77295178785	-8.90647760599
3	2.43825034632	0.378748564966	0.200369753651	0.64197711533	0.17236433473	1.10335095439	0.00417357016704	0.169744830356	0.229011256389	-0.0957526086927	0.0313218685178	0.0859684037863	-0.0892938245322	-0.0486185517135	-0.0387698487823	0.149806448282	0.00266606740031	-0.0131230576893	0.140699757311	0.0403412371521	0.177991492551	20.1320875803	28.5334637464	-1.43031271558
4	1.64541465674	-0.676170036041	-0.0987436879703	2.79213076402	0.134021415469	3.15176141152	-0.0562399406753	-0.052211152925	-0.163893926164	0.0505266261424	-0.0259102941698	0.170766660231	0.325763039851	-0.18215439726	-0.00851372062126	0.143900184159	-0.0327741624012	0.0228566753793	0.153736305164	0.0170529602606	0.163341477765	11.4362449026	10.4705117208	11.313128531
5	1.46436792311	0.626223657984	-0.109735784028	1.3127972107	0.120592454823	1.26764189131	-0.00542934354133	-0.127034770897	0.0478721609488	0.15831848799	-0.0141857318516	0.036851701167	0.0249569223637	-0.0245816073973	0.0343683945752	0.145407630791	-0.000957809796264	-0.00361806238554	0.174929491806	0.00619743776015	0.156503104181	17.9478639523	23.899019547	14.8480320907
6	0.891094686278	-0.967026816881	-0.0384368081643	3.19786145133	-1.83663819485	1.82935300745	-0.124615445956	-0.241356738391	-0.011800692956	0.69581813399	-0.0485158568231	-0.358035764383	-0.324121753444	0.190939368565	0.065034351071	0.268918834842	-0.0172770819329	-0.081295654608	0.203396212445	-0.00241643466008	0.180645608961	36.9308759923	-33.564560899	32.3542718581
7	2.43379360207	-0.341092704375	-0.0534440279461	3.24885095589	-1.35357905538	2.73387596251	0.119624533063	0.176821001657	0.138393314765	-0.257307381761	-0.0607925368862	-0.0899309738344	-0.126264290428	0.00469632290835	-0.0679709349858	0.2456468497	0.0119606934952	0.0277942153624	0.14174609775	0.000494876501664	0.144382305377	28.5077232671	-13.3074831986	8.1525152892
8	0.707625290911	-0.544695734783	0.0196353175378	3.94618288404	-1.63214465004	2.32456745322	0.0364204055084	-0.0195823583591	0.0499492582274	-0.154667994505	-0.266156971563	-0.570912668296	0.0462323648326	0.334975294433	0.164739400243	0.140072619297	0.000577873093702	0.00620099397615	0.212094509671	0.020262052217	0.243599289623	40.6779282665	-29.7903125828	18.7509831671
9	1.7678020685	-0.732220201748	0.0900758394474	2.88084252799	-1.36945420979	2.28900512523	-0.111781644866	-0.197951416431	0.304520446128	0.815068997611	0.117050024306	-0.101277178394	-0.709037783931	-0.00672041023286	0.0338763762505	0.498521853433	0.0157975416543	-0.0123437902633	0.192532502294	-0.048695776948	0.203811663587	28.1787568585	-13.6233183886	29.0752313513
10	1.97387517744	-0.776188363683	-0.0356229171927	3.37230557014	-0.210490813209	2.12447548572	-0.111583356881	-0.286736491578	0.121294064206	0.641704134906	0.0633931720423	0.0836154459515	-0.452565161687	-0.0526048628194	0.095364617186	0.310708622674	0.0134798613311	-0.000663291809416	0.167743660056	-0.00541215644355	0.154285037719	29.6626942765	-27.435856889	32.3800139205

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 79 )	B	A	1 - 79	1 - 79
2	2	chain 'B' and (resid 80 through 166 )	B	A	80 - 166	80 - 166
3	3	chain 'B' and (resid 167 through 256 )	B	A	167 - 256	167 - 256
4	4	chain 'B' and (resid 257 through 307 )	B	A	257 - 307	257 - 307
5	5	chain 'B' and (resid 308 through 359 )	B	A	308 - 359	308 - 359
6	6	chain 'A' and (resid 1 through 79 )	A	C	1 - 79	1 - 79
7	7	chain 'A' and (resid 80 through 166 )	A	C	80 - 166	80 - 166
8	8	chain 'A' and (resid 167 through 239 )	A	C	167 - 239	167 - 239
9	9	chain 'A' and (resid 240 through 307 )	A	C	240 - 307	240 - 307
10	10	chain 'A' and (resid 308 through 357 )	A	C	308 - 357	308 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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