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万見
- PDB-9s3a: TaGST-10 in complex with deoxynivalenol-13-glutathione -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s3a
タイトルTaGST-10 in complex with deoxynivalenol-13-glutathione
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE / DEOXYNIVALENOL / DETOXIFICATION / WHEAT / FUSARIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / ACETATE ION / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Michlmayr, H. / Papageorgiou, A.C.
資金援助 オーストリア, European Union, 3件
組織認可番号国
Austrian Science FundJ-4598 オーストリア
Austrian Science FundF3702,F3708,F3715 オーストリア
iNEXT-Discovery871037European Union
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Detoxification of deoxynivalenol by pathogen-inducible tau-class glutathione transferases from wheat.
著者: Michlmayr, H. / Siller, M. / Kenjeric, L. / Doppler, M. / Malachova, A. / Hofer, M. / Hametner, C. / Schweiger, W. / Steiner, B. / Kugler, K.G. / Mayer, K.F.X. / Buerstmayr, H. / Schuhmacher, ...著者: Michlmayr, H. / Siller, M. / Kenjeric, L. / Doppler, M. / Malachova, A. / Hofer, M. / Hametner, C. / Schweiger, W. / Steiner, B. / Kugler, K.G. / Mayer, K.F.X. / Buerstmayr, H. / Schuhmacher, R. / Krska, R. / Labrou, N.E. / Papageorgiou, A.C. / Adam, G.
履歴
登録2025年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,21519
ポリマ－49,8932
非ポリマー2,32217
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass photometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area18690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.408, 61.859, 168.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-627-

HOH

21B-674-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase


分子量: 24946.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 遺伝子: LOC123049460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A3B5XZG4, glutathione transferase

-
非ポリマー , 7種, 334分子

#2: 化合物 ChemComp-A1I4U / Deoxynivalenol-13-glutathione


分子量: 603.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H37N3O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1I4T / Deoxynivalenol-13-cysteine


分子量: 417.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27NO8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % / 解説: needles
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.9 Å / Num. obs: 25016 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 302782
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Num. measured all: 27411 / Num. unique obs: 2407 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 1.021 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 15.506 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25762 1280 5.1 %RANDOM
Rwork0.20997 ---
obs0.21248 23653 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3131 0 152 317 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0123344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0163190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2811.844565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031.7417390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.303512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15910524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6771.4261677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5691.4141672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5352.5392083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5352.542084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9171.5981667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9181.61668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2052.8412483
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.14217.663859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.45715.923744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 82 -
Rwork0.225 1696 -
obs--98.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4715-0.4649-0.54722.27110.00571.941-0.0318-0.06220.15480.10260.043-0.0625-0.09130.0972-0.01130.0104-0.0019-0.02010.0062-0.00480.526111.1943-14.3988-37.5777
22.144-0.7748-0.832.04780.30212.6794-0.0098-0.36750.03940.31680.005-0.0824-0.03830.15160.00480.06270.0016-0.00380.18020.030.450811.8341-28.8801-16.1687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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