PDB-9s2t: Carbamoyl transferase NovN involved in Novobiocin biosynthesis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s2t

タイトル

Carbamoyl transferase NovN involved in Novobiocin biosynthesis

要素

Decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / carbamoylation / homodimer / novobiocin

機能・相同性

機能・相同性情報

decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase / novobiocin biosynthetic process / carboxyl- or carbamoyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces niveus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Gomez Garcia, I. / Lawson, D.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carbamoyl transferase NovN involved in Novobiocin biosynthesis
著者: Gomez Garcia, I. / Lawson, D.M.

履歴

登録	2025年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s2t.cif.gz	337.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s2t.ent.gz	225 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9s2t_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9s2t_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	9s2t_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	9s2t_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/9s2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/9s2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase

ヘテロ分子

76.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase

ヘテロ分子

A: Decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
153 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.5, 113.26, 166.71
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase / Novobiocin biosynthesis protein N 分子量: 75773.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces niveus (バクテリア) 遺伝子: novN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L9F4, decarbamoylnovobiocin carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9507 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9507 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→46.95 Å / Num. obs: 46701 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.96-46.95	6	0.033	33.3	836	0.998	0.021	0.04	0.56	97
2.24-2.31	3.3	0.223	4.2	3124	0.909	0.165	0.279	0.85	69.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
Aimless	0.8.2	データスケーリング
MOSFLM		データ削減
gemmi	0.7.1	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.24→39.173 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.489 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	2364	5.062 %
R_work	0.1599	44335	-
all	0.162	-	-
obs	-	46699	94.032 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.583 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.055 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→39.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5194	0	31	434	5659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.83	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.757	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.331	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.044	10	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.652	10	259
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.85	2.48	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.008	4.455	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.605	2.713	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.07	4.879	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.758	26.51	8310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.24-2.298	0.27	132	0.263	2321	0.263	3614	0.952	0.96	67.8749	0.238
2.298-2.361	0.249	183	0.2	2492	0.203	3534	0.964	0.975	75.6933	0.173
2.361-2.429	0.217	140	0.178	2746	0.18	3447	0.973	0.98	83.725	0.155
2.429-2.503	0.247	158	0.187	2887	0.19	3300	0.96	0.978	92.2727	0.162
2.503-2.585	0.247	174	0.18	3061	0.184	3256	0.962	0.98	99.355	0.157
2.585-2.675	0.217	152	0.167	2973	0.17	3130	0.969	0.982	99.8403	0.147
2.675-2.776	0.231	168	0.178	2876	0.18	3049	0.971	0.981	99.836	0.159
2.776-2.889	0.224	156	0.177	2744	0.18	2904	0.965	0.98	99.8623	0.16
2.889-3.016	0.241	162	0.17	2659	0.174	2823	0.966	0.981	99.9292	0.157
3.016-3.163	0.196	125	0.174	2545	0.175	2671	0.976	0.981	99.9626	0.161
3.163-3.333	0.216	108	0.178	2456	0.18	2564	0.971	0.98	100	0.171
3.333-3.533	0.228	106	0.163	2314	0.165	2421	0.97	0.984	99.9587	0.159
3.533-3.775	0.187	101	0.15	2173	0.151	2277	0.976	0.987	99.8682	0.15
3.775-4.074	0.156	100	0.132	2049	0.133	2149	0.988	0.99	100	0.137
4.074-4.458	0.164	91	0.127	1882	0.129	1973	0.984	0.991	100	0.134
4.458-4.976	0.141	86	0.112	1709	0.113	1805	0.989	0.993	99.446	0.123
4.976-5.731	0.167	79	0.132	1507	0.133	1594	0.984	0.99	99.4981	0.141
5.731-6.982	0.193	53	0.164	1298	0.165	1361	0.978	0.986	99.2653	0.174
6.982-9.72	0.163	48	0.149	1030	0.15	1099	0.981	0.987	98.0892	0.168
9.72-39.173	0.175	42	0.182	612	0.181	677	0.98	0.978	96.6027	0.208

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.2537 Å / Origin y: 23.478 Å / Origin z: 33.5549 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.048 Å²	0.0045 Å²	-0.013 Å²	-	0.0288 Å²	-0.0022 Å²	-	-	0.0131 Å²
L	0.6177 °²	0.1171 °²	-0.067 °²	-	0.5216 °²	-0.0251 °²	-	-	0.8138 °²
S	0.0035 Å °	-0.1117 Å °	-0.0354 Å °	0.1425 Å °	-0.0233 Å °	-0.0358 Å °	0.0548 Å °	0.0157 Å °	0.0198 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)