PDB-9s1v: Crystal structure of human IDO1 in complex with iDeg-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s1v

タイトル

Crystal structure of human IDO1 in complex with iDeg-6

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IDO1 / heme-binding protein / pseudo-natural product

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to L-kynurenine / quinolinate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lucas, B. / Cheng, X. / Lucas, M. / Ziegler, S. / Waldmann, H. / Gasper, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Design, Synthesis, and Structural Evolution of Pseudo-Natural Product IDO1 Inhibitors and Degraders.
著者: Cheng, X.F. / Lucas, B. / Lampe, P. / Ugel, S. / Chen, S. / Unger, A. / Bischoff, M. / Adariani, S.R. / Naredla, K.R. / Kumar, K. / Schmidt, A. / Strohmann, C. / Janning, P. / Gasper, R. / ...

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s1v.cif.gz	245.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s1v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9s1v_validation.pdf.gz	769.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9s1v_full_validation.pdf.gz	772.9 KB	表示
XML形式データ	9s1v_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	9s1v_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/9s1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/9s1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9s1uC 9s1wC 9s1xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.780, 109.910, 36.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45367.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-A1JLD / [(1~{R},2~{S},6~{S},8~{R})-4-(4-~{tert}-butyl-2-methyl-phenyl)sulfonyl-9,9-dimethyl-4-azatricyclo[6.1.1.0^{2,6}]decan-2-yl]methyl ~{N}-(4-ethynylphenyl)carbamate 分子量: 548.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₀N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.05 M MES, 42.57 % v/v PEG200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→36.15 Å / Num. obs: 37274 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.225 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 9.23

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.85-1.9	4.008	2762	0.337	4.166	1
1.9-1.95	3.876	2598	0.401	4.029	1
1.95-2.01	2.877	2604	0.558	2.988	1
2.01-2.07	2.47	2494	0.694	2.565	1
2.07-2.14	1.984	2436	0.808	2.061	1
2.14-2.21	1.586	2333	0.864	1.647	1
2.21-2.29	1.377	2279	0.904	1.43	1
2.29-2.39	1.09	2204	0.933	1.133	1
2.39-2.49	0.92	2078	0.941	0.956	1
2.49-2.62	0.68	2026	0.963	0.707	1
2.62-2.76	0.493	1923	0.985	0.513	1
2.76-2.93	0.366	1806	0.985	0.381	1
2.93-3.13	0.274	1722	0.991	0.286	1
3.13-3.38	0.189	1612	0.993	0.198	1
3.38-3.7	0.129	1486	0.996	0.134	1
3.7-4.14	0.093	1370	0.996	0.097	1
4.14-4.78	0.082	1200	0.996	0.086	1
4.78-5.85	0.076	1045	0.996	0.079	1
5.85-8.27	0.069	820	0.999	0.072	1
8.27-36.15	0.06	476	0.999	0.063	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→36.15 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1996	5.36 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.1866	37269	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3022	0	76	122	3220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	4384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.804	1222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3796	147	0.364	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.3488	134	0.3426	2458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.3035	150	0.2894	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.07	0.2672	130	0.2493	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.14	0.2531	146	0.2355	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.23	0.2525	138	0.2097	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.33	0.2396	139	0.2013	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.45	0.2237	144	0.1886	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.61	0.1916	145	0.1776	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.81	0.1997	141	0.1722	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.09	0.238	141	0.1794	2495	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.54	0.1992	145	0.1731	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.46	0.1883	147	0.1523	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-36.15	0.219	149	0.1641	2704	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.6284 Å / Origin y: 26.0043 Å / Origin z: 6.2802 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2411 Å²	0.0179 Å²	0.0017 Å²	-	0.2353 Å²	-0.0155 Å²	-	-	0.1964 Å²
L	1.5514 °²	-1.1834 °²	0.054 °²	-	2.4669 °²	0.1207 °²	-	-	0.7268 °²
S	0.0402 Å °	-0.0138 Å °	0.0073 Å °	0.0498 Å °	-0.0147 Å °	0.109 Å °	0.0107 Å °	-0.0129 Å °	-0.024 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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