PDB-9ryg: Bifunctional Non-haem Iron Oxygenase NovR Involved in Novobiocin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ryg

タイトル

Bifunctional Non-haem Iron Oxygenase NovR Involved in Novobiocin Biosynthesis with product bound

要素

Decarboxylase NovR

キーワード

LYASE / homotetramer / C4 symmetry / 3-dimethylallyl-4-hydroxybenzoate

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ / antibiotic biosynthetic process / actin filament binding / cytoskeleton / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces niveus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.791 Å

データ登録者

Keller, S. / Lawson, D.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bifunctional Non-haem Iron Oxygenase NovR Involved in Novobiocin Biosynthesis with product bound
著者: Keller, S. / Lawson, D.M.

履歴

登録	2025年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ryg.cif.gz	533.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ryg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ryg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ryg_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ryg_full_validation.pdf.gz	509.7 KB	表示
XML形式データ	9ryg_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	9ryg_validation.cif.gz	78.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/9ryg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/9ryg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Decarboxylase NovR

B: Decarboxylase NovR

C: Decarboxylase NovR

D: Decarboxylase NovR

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.508, 138.968, 100.615
Angle α, β, γ (deg.)	90, 101.444, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-441- HOH
2	1	D-601- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	13 - 265	18 - 270
2	1	1	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	13 - 265	18 - 270
3	2	2	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	6 - 266	11 - 271
4	2	2	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	6 - 266	11 - 271
5	3	3	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	12 - 265	17 - 270
6	3	3	ASP	ASP	GLU	GLU	D	D	12 - 265	17 - 270
7	4	4	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	13 - 266	18 - 271
8	4	4	TYR	TYR	PRO	PRO	C	C	13 - 266	18 - 271
9	5	5	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	13 - 266	18 - 271
10	5	5	TYR	TYR	PRO	PRO	D	D	13 - 266	18 - 271
11	6	6	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	12 - 266	17 - 271
12	6	6	ASP	ASP	PRO	PRO	D	D	12 - 266	17 - 271

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Decarboxylase NovR / Novobiocin biosynthesis protein R 分子量: 30562.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces niveus (バクテリア) 遺伝子: novR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L9F0, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 912分子

#2: 化合物	ChemComp-A1JKI / 3-(3-methylbut-2-enyl)-4-oxidanyl-benzoic acid 分子量: 206.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→56.89 Å / Num. obs: 106383 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 13436 / R_rim(I) all: 0.627 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
MOSFLM	6.2.6	データ削減
SCALA	6	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.791→49.356 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 5.531 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	5347	5.031 %
R_work	0.1608	100929	-
all	0.162	-	-
obs	-	106276	97.406 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	1.331 Å²
2-	-	-0.397 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.791→49.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8113	0	154	883	9150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	8581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	1.827	11680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.08	5	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.488	5	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.092	10	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.484	10	431
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	5849
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.708	1.505	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.626	2.69	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.909	1.839	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.425	3.206	6465
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.931	17.719	13789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	8428
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.074	0.05	8625
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.082	0.05	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.08	0.05	8647
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.069	0.05	8729
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.079	0.05	8580

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07534	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07534	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07401	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07401	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08161	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08161	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08002	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08002	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06917	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06917	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07878	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07878	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.791-1.837	0.289	317	0.294	6043	0.294	8030	0.934	0.933	79.203	0.28
1.837-1.888	0.265	388	0.265	6647	0.265	7860	0.948	0.944	89.5038	0.243
1.888-1.942	0.274	355	0.247	6976	0.248	7606	0.944	0.951	96.3844	0.22
1.942-2.002	0.241	344	0.213	7051	0.214	7401	0.96	0.967	99.9189	0.184
2.002-2.068	0.208	356	0.182	6822	0.184	7179	0.971	0.977	99.9861	0.157
2.068-2.14	0.215	345	0.174	6586	0.176	6933	0.966	0.98	99.9712	0.151
2.14-2.221	0.192	328	0.164	6379	0.165	6709	0.976	0.982	99.9702	0.145
2.221-2.311	0.192	315	0.154	6136	0.156	6454	0.976	0.985	99.9535	0.139
2.311-2.414	0.191	323	0.151	5887	0.154	6211	0.977	0.986	99.9839	0.138
2.414-2.531	0.17	328	0.147	5571	0.148	5901	0.981	0.986	99.9661	0.137
2.531-2.668	0.173	286	0.146	5349	0.147	5637	0.981	0.987	99.9645	0.14
2.668-2.829	0.167	236	0.15	5101	0.151	5339	0.982	0.987	99.9625	0.148
2.829-3.024	0.195	257	0.156	4759	0.158	5019	0.976	0.985	99.9402	0.158
3.024-3.265	0.196	240	0.151	4429	0.153	4672	0.977	0.986	99.9358	0.157
3.265-3.575	0.171	257	0.144	4052	0.145	4311	0.982	0.988	99.9536	0.156
3.575-3.994	0.168	192	0.13	3690	0.132	3884	0.984	0.99	99.9485	0.146
3.994-4.607	0.149	157	0.125	3282	0.126	3441	0.988	0.991	99.9419	0.146
4.607-5.63	0.162	152	0.143	2773	0.144	2928	0.986	0.988	99.8975	0.177
5.63-7.911	0.197	113	0.172	2161	0.173	2277	0.98	0.985	99.8682	0.214
7.911-49.356	0.176	58	0.171	1235	0.171	1308	0.984	0.983	98.8532	0.249

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2062	0.1822	0.088	1.9121	1.2023	2.261	-0.0128	-0.0406	-0.1298	-0.0623	-0.0073	-0.1648	0.0087	0.1329	0.0202	0.0786	0.0335	-0.0164	0.0535	0.0461	0.1017	26.2961	118.2639	22.0241
2	1.5662	-0.1145	0.3501	1.1177	-0.6824	2.1664	0.0604	0.0623	0.0682	-0.0077	-0.0308	0.0035	-0.0272	0.0654	-0.0296	0.0122	0.0017	0.0088	0.0057	-0.0104	0.0882	29.6897	147.4185	7.3797
3	2.4939	-0.3637	0.5859	0.8767	-0.1544	1.0893	0.0416	-0.203	0.1627	0.1472	0.0344	0.1114	-0.1137	-0.1252	-0.076	0.1526	0.0212	0.0454	0.0412	-0.0441	0.1454	5.3545	158.2905	24.5372
4	1.8427	0.7248	0.0957	1.457	0.0818	1.1324	0.0494	-0.1844	-0.0619	0.0822	-0.0262	0.0904	0.0167	-0.1037	-0.0232	0.1332	0.0197	0.0297	0.1638	-0.0024	0.0242	2.1616	129.3869	39.0745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	6 - 601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	13 - 601
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Cp	6 - 600
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Dp	12 - 603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

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非ポリマー , 5種, 912分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)