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- PDB-9rvp: Protein 2A from Theiler's murine encephalomyelitis virus (TMEV) b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rvp
タイトルProtein 2A from Theiler's murine encephalomyelitis virus (TMEV) bound to RNA pseudoknot
要素
  • Genome polyprotein
  • RNA pseudoknot
キーワードRNA / pseudoknot / RNA-protein complex / frameshifting / cardiovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...host cell nucleolus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Betts, J.K. / Jeffries, C.M. / Passchier, T.C. / Kung, H.C.Y. / Graham, S.P. / Abdelhamid, M.A.S. / Howard, J.A.L. / Craggs, T.D. / Graham, S.C. / Brierley, I. ...Betts, J.K. / Jeffries, C.M. / Passchier, T.C. / Kung, H.C.Y. / Graham, S.P. / Abdelhamid, M.A.S. / Howard, J.A.L. / Craggs, T.D. / Graham, S.C. / Brierley, I. / Leake, M.C. / Quinn, S.D. / Hill, C.H.
資金援助 英国, European Union, 11件
組織認可番号国
Wellcome Trust221818/Z/20/Z 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V000306/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/W006944/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T017805/1 英国
Wellcome Trust098406/Z/12/B 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/X525856/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/V034030/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/T518025/1 英国
iNEXT-Discovery871037European Union
Alzheimers Research UK (ARUK)RF2019A-001 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A new protein-dependent riboswitch activates ribosomal frameshifting
著者: Betts, J.K. / Jeffries, C.M. / Passchier, T.C. / Kung, H.C.Y. / Graham, S.P. / Abdelhamid, M.A. / Howard, J.A.L. / Craggs, T.D. / Graham, S.C. / Brierley, I. / Leake, M.C. / Quinn, S.D. / Hill, C.H.
履歴
登録2025年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: RNA pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8012
ポリマ－26,8012
非ポリマー00
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.191, 45.931, 65.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-327-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 15967.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal extension GSHM... is due to TEV cleavage of an N-terminal His6-MBP tag. C-terminal ...VEMNPG residues were disordered and could not be modelled.
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q88595
#2: RNA鎖 RNA pseudoknot


分子量: 10833.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: UAA in pseudoknot loop 2 is disordered and could not be modelled. Density for the 3' C was insufficient for modelling.
由来: (合成) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
参照: GenBank: M20301.1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 % / 解説: needles, required dissection
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 150 nL 2A-RNA complex (7.5 mg/mL, 693 uM) in 10 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT was mixed with 150 nL 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.9, 19% (w/v) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→52.25 Å / Num. obs: 19441 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.15 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.792 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→52.25 Å / SU ML: 0.3061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8933
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 894 4.61 %
Rwork0.1931 18516 -
obs0.1948 19410 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 635 0 249 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00941771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83132533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3552739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.020.34091640.32423011X-RAY DIFFRACTION97.78
2.02-2.170.32391540.29123050X-RAY DIFFRACTION97.8
2.18-2.390.28821550.24633033X-RAY DIFFRACTION98.46
2.39-2.740.26131450.19643086X-RAY DIFFRACTION98.75
2.74-3.450.2021510.16053125X-RAY DIFFRACTION99.39
3.45-52.250.15421250.14253211X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.77543303158-1.3432683180.2481773450553.857468376790.789425692592.743560726520.09468697714370.0399827579810.0883598356561-0.0511985500459-0.2245607441840.230609289104-0.190156109179-0.1694244063240.1180221663040.154158744387-0.0325511498952-0.008268808248960.07727212688790.01333808925120.1281381318164.061512511755.1540865523812.0678291214
22.53196600791-0.9818124126130.4818071088694.98650074602-1.920463607542.4856950699-0.0752847620397-0.2711032704030.08693544591410.6224066554290.0193838631241-0.118319399896-0.265415544010.1025757214220.01802787136530.196879533126-0.00165859961398-0.008481848556440.12656851829-0.01924229551420.12712828291112.02864829626.5069297456723.4986407235
34.04126914073-0.198343762642.557270128391.32294118053-0.5290174494786.073882759970.21425098846-0.0133176385209-0.225738285113-0.18940302273-0.0690124192822-0.02298047666620.680733998157-0.104486079635-0.1092966232740.1971657104680.00536058530225-0.003005670673340.09341179638570.01262899735750.1360346617425.75862264389-6.4526413157413.8221836418
44.737628473550.419315458379-0.7006280128664.225511356532.169184469687.39030523574-0.0103255911212-0.3105799816660.480153736255-0.232053338568-0.1441135592720.177697964509-0.754034880813-0.290576772320.02989955262770.394711411717-0.03412487349480.07161293848670.2044203315460.02831881320010.32761432604715.076616036622.915996547514.2018558667
55.16736727390.481533257278-6.051715793530.0477085615659-0.5537470140417.15084253018-0.3098562669070.808440245267-0.425707165095-0.0174500472540.01801068364110.08221444118560.355629996546-0.7990789708740.3168355357380.2596747612370.00975612266205-0.01285545555120.2141507514570.009440239484760.25499228711528.53791810077.98283702844-3.85439745098
64.434300538153.80027335162-2.413554711293.40415320541-1.770282065761.886355280350.516897076816-0.3917263409380.8227468437880.360459296854-0.4653951772410.379422795935-1.231835305662.079590472680.09028585206660.499824124808-0.382411048898-0.08408224051960.7493648116870.10389632510.4169503192830.263539864314.108089593211.9979970066
73.164233188240.407656188696-2.611574335022.58420753511-2.143363952913.42260854019-0.011743560540.239313848685-0.40089192473-0.3876775438380.01277092265780.2623220811140.251409632525-0.299225407661-0.09399106926550.195476668592-0.07163474421680.005757993040640.184471004858-0.02458675393380.39145272283327.905965248511.0458487141-5.45727099623
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 63 )AA5 - 631 - 59
22chain 'A' and (resid 64 through 104 )AA64 - 10460 - 100
33chain 'A' and (resid 105 through 127 )AA105 - 127101 - 123
44chain 'B' and (resid 14 through 18 )BB14 - 18
55chain 'B' and (resid 19 through 28 )BB19 - 28
66chain 'B' and (resid 29 through 36 )BB29 - 36
77chain 'B' and (resid 37 through 46 )BB37 - 46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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