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- PDB-9rur: Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rur
タイトルStructure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d
要素Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
キーワードHYDROLASE / DNA Damage Repair / Inhibitor / Complex / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hydrolase activity / 3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation ...positive regulation of hydrolase activity / 3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA geometric change / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / bubble DNA binding / MutLalpha complex binding / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / protein localization to nucleolus / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to UV-C / exonuclease activity / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / mismatch repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / DNA helicase activity / cellular response to starvation / replication fork / determination of adult lifespan / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / base-excision repair / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular senescence / double-strand break repair / manganese ion binding / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / response to oxidative stress / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear speck / DNA damage response / centrosome / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain ...Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.296 Å
データ登録者Fletcher, C.T. / Rucktooa, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: AI-assisted delivery of novel covalent WRN inhibitors from a non-covalent fragment screen.
著者: Smith, G.M.T. / Aithani, L. / Barrett, C.E. / Bucher, A.O. / Cooper, C.D.O. / Degorce, S.L. / Dore, A.S. / Fletcher, C.T. / Huber, S. / Huckvale, R. / Kennedy, A.J. / Mornement, A.A. / ...著者: Smith, G.M.T. / Aithani, L. / Barrett, C.E. / Bucher, A.O. / Cooper, C.D.O. / Degorce, S.L. / Dore, A.S. / Fletcher, C.T. / Huber, S. / Huckvale, R. / Kennedy, A.J. / Mornement, A.A. / Pickworth, M. / Rucktooa, P. / Scully, C.C.G. / Skerratt, S.E.
履歴
登録2025年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
B: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,05422
ポリマ－97,1942
非ポリマー2,85920
水3,279182
1
A: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,43912
ポリマ－48,5971
非ポリマー1,84211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,61510
ポリマ－48,5971
非ポリマー1,0179
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.98, 89.98, 241.352
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN / DNA helicase / RecQ-like type 3 / RecQ protein-like 2 / Werner syndrome protein


分子量: 48597.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WRN, RECQ3, RECQL2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14191, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA 3'-5' helicase

-
非ポリマー , 8種, 202分子

#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-A1JJK / 2-ethylsulfanyl-~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]indazol-3-yl]ethanamide


分子量: 343.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18FN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500 and 20 %v/v EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→84.311 Å / Num. obs: 32627 / % possible obs: 72 % / 冗長度: 26.76 % / Biso Wilson estimate: 60.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1671 / Rpim(I) all: 0.0328 / Rrim(I) all: 0.1703 / Net I/σ(I): 15.55
反射 シェル解像度: 2.296→2.543 Å / 冗長度: 26.9 % / Rmerge(I) obs: 2.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.579 / Rrim(I) all: 2.217 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROC1.0.5 20230726data processing
XDSJun 30, 2023データ削減
Aimless0.7.13データスケーリング
STARANISO2.3.94データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.296→84.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.773 / SU Rfree Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.324
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2806 1599 -RANDOM
Rwork0.2504 ---
obs0.2519 32627 72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9652 Å20 Å20 Å2
2--1.9652 Å20 Å2
3----3.9304 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.296→84.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6321 0 165 182 6668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0076660HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.958994HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1106HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6496HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion866SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5093SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.27
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 33 -
Rwork0.3231 --
obs0.3231 653 8.8 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5704-0.53830.44491.217-0.76481.33380.0198-0.08450.032-0.08450.00090.12170.0320.1217-0.0207-0.1075-0.0356-0.0040.0927-0.0278-0.0608-9.771-23.4733-28.1514
20.4765-0.89980.20591.1593-0.28522.4730.1746-0.1032-0.5429-0.1032-0.1762-0.2769-0.5429-0.27690.00160.24340.1477-0.0423-0.1146-0.0392-0.1445-31.19214.3837-11.0786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A529 - 941
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1001 - 1014
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B530 - 941
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1001 - 1007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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