PDB-9rsv: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rsv

タイトル

Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-Pia with the HMA domain of OsHPP09 from rice (Oryza sativa)

要素

AVR-Pia protein
Os03g0111400 protein

キーワード

PLANT PROTEIN / Effector / HMA

機能・相同性

: / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / metal ion binding / Os03g0111400 protein / AVR-Pia protein

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa (イネ)

Pyricularia oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Maidment, J.H.R. / Bocquet, A. / Gelin, M. / De Guillen, K. / Cesari, S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: The Magnaporthe oryzae MAX effector AVR-Pia binds a novel group of rice HMA domain-containing proteins
著者: Maidment, J.H. / Saile, S.C. / Bocquet, A. / Thivolle, C. / Bourcet, L. / Planel, L.F. / Gelin, M. / Kroj, T. / Padilla, A. / de Guillen, K. / Cesari, S.

履歴

登録	2025年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rsv.cif.gz	73.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rsv.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rsv_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rsv_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	9rsv_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	9rsv_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/9rsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/9rsv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-2199982133 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Os03g0111400 protein

B: AVR-Pia protein

ヘテロ分子

16.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.665, 93.665, 72.873
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-101- SO4
2	1	B-218- HOH
3	1	B-257- HOH

#1: タンパク質	Os03g0111400 protein / cDNA / clone: J100050C22 / full insert sequence 分子量: 8080.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HMA domain / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: Os03g0111400, OSNPB_030111400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3ADD6
#2: タンパク質	AVR-Pia protein 分子量: 7788.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: No signal peptide. / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (菌類) / 遺伝子: AVR-Pia / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9WZW9
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.911 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulphate, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.83 Å / Num. obs: 23168 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1125 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.592 / R_rim(I) all: 1.059 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Aimless	0.7.13	データスケーリング
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→46.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.906 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	1151	4.974 %
R_work	0.176	21988	-
all	0.177	-	-
obs	-	23139	99.673 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.032 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.799 Å²	0.399 Å²	-0 Å²
2-	-	0.799 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1053	0	10	191	1254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.243	1.831	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.768	1.788	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.788	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.706	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.017	10	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.422	10	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.347	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.54	3.043	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.538	3.043	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.871	5.421	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.868	5.42	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.001	3.707	534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.993	3.711	526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.683	6.425	782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.664	6.432	771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.854	33.382	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.81	30.96	1169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.304	78	0.291	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.693-1.739	0.271	80	0.273	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.79	0.234	94	0.235	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.8108
1.79-1.844	0.213	70	0.231	1485	X-RAY DIFFRACTION	99.9357
1.844-1.905	0.246	69	0.201	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.972	0.195	74	0.187	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.7947
1.972-2.046	0.228	60	0.173	1352	X-RAY DIFFRACTION	99.8586
2.046-2.129	0.177	82	0.168	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.5582
2.129-2.224	0.171	61	0.176	1249	X-RAY DIFFRACTION	99.7715
2.224-2.332	0.234	58	0.168	1181	X-RAY DIFFRACTION	99.4382
2.332-2.458	0.176	52	0.169	1141	X-RAY DIFFRACTION	99.7492
2.458-2.606	0.251	57	0.174	1080	X-RAY DIFFRACTION	99.8244
2.606-2.786	0.214	48	0.185	1022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-3.008	0.208	54	0.175	944	X-RAY DIFFRACTION	99.3035
3.008-3.294	0.239	55	0.181	874	X-RAY DIFFRACTION	98.935
3.294-3.68	0.148	46	0.172	798	X-RAY DIFFRACTION	99.2941
3.68-4.245	0.203	31	0.152	733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.245-5.189	0.186	35	0.135	609	X-RAY DIFFRACTION	98.6217
5.189-7.294	0.198	25	0.178	494	X-RAY DIFFRACTION	98.482
7.294-46.83	0.176	22	0.191	307	X-RAY DIFFRACTION	98.7988

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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