PDB-9rsu: NetF pore structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rsu

タイトル

NetF pore structure

要素

Leukocidin/Hemolysin toxin family

キーワード

TOXIN / pore forming toxin / hemolysin / clostridium perfringens / transmembrane pore / beta-barrel.

機能・相同性

Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / cytolysis in another organism / extracellular region / Leukocidin/Hemolysin toxin family

機能・相同性情報

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, C. / Iacovache, I. / Zuber, B.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Anthrax toxin receptor 2 is the Receptor for Clostridium perfringens NetF: Structural Insights into Toxin Binding and Pore Formation
著者: Wang, C. / Cattalani, F. / Iacovache, I. / Arunasalam, N. / Posthaus, H. / Zuber, B.

履歴

登録	2025年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rsu.cif.gz	783.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rsu.ent.gz	666.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/9rsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/9rsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	54226MC 54238C 54245C 9rt2C 9rt4C 54221 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Leukocidin/Hemolysin toxin family

B: Leukocidin/Hemolysin toxin family

C: Leukocidin/Hemolysin toxin family

D: Leukocidin/Hemolysin toxin family

E: Leukocidin/Hemolysin toxin family

F: Leukocidin/Hemolysin toxin family

G: Leukocidin/Hemolysin toxin family

H: Leukocidin/Hemolysin toxin family

263 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Leukocidin/Hemolysin toxin family / Necrotizing enteritis toxin NetF 分子量: 32874.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tagged NetF 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: netF, JFP838_pC0069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D3QGV4
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: NetF / タイプ: COMPLEX
詳細: 8mer NetF pore solubilized from liposomes in DDM:CHS
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 33 kDa/nm / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris buffer	Tris	1
2	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	1 mM	Dithiothreitol	DTT	1

試料

濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: solubilized and monodisperse in DDM:CHS

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	EPU		画像取得
7	PHENIX		モデルフィッティング
9	cryoSPARC		初期オイラー角割当
10	cryoSPARC		最終オイラー角割当
12	cryoSPARC		３次元再構成
13	PHENIX	1.21.2_5419	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₈ (8回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278866 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: OTHER / 詳細: Modelangelo was used to generate the initial model

原子モデル構築

詳細: modelangelo / Source name: Other / タイプ: other

精密化

最高解像度: 2.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	17664
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.427	23944
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.217	2352
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	2576
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	3056

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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