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万見
- PDB-9rsd: Ternary complex of a charged molecular glue degrader ZZ1-SO2H, BR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rsd
タイトルTernary complex of a charged molecular glue degrader ZZ1-SO2H, BRD4(BD1) neosubstrate, and the CTLH E3 ligase receptor module YPEL5-WDR26
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Protein yippee-like 5
  • WD repeat-containing protein 26
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / CTLH / GID / YPEL5 / Molecular Glue Degrader / Targeted Protein Degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


GID complex / mitotic spindle pole / histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity ...GID complex / mitotic spindle pole / histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Regulation of pyruvate metabolism / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / tertiary granule lumen / chromosome / regulation of inflammatory response / midbody / histone binding / Potential therapeutics for SARS / ficolin-1-rich granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / Neutrophil degranulation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yippee domain / Yippee family / Yippee domain profile. / : / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Yippee/Mis18/Cereblon ...Yippee domain / Yippee family / Yippee domain profile. / : / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain-containing protein 4 / Protein yippee-like 5 / WD repeat-containing protein 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Chrustowicz, J. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
European Research Council (ERC)UPSmeetMet, 101098161European Union
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Glue Prodrug Discovery Enabled by Targeted Degron Display
著者: Zhuang, Z. / Woong Sub, B. / Chrustowicz, J. / Kozicka, Z. / Hinshaw, S.M. / Li, V.L. / Donovan, K.A. / Sepic, S. / You, I. / Slabicki, M. / Fischer, E.S. / Ebert, B.L. / Schulman, B.A. / Gray, N.S.
履歴
登録2025年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年4月8日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
7: WD repeat-containing protein 26
W: WD repeat-containing protein 26
Y: Protein yippee-like 5
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,0038
ポリマ－170,1674
非ポリマー8364
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 7WYB

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 26 / CUL4- and DDB1-associated WDR protein 2 / Myocardial ischemic preconditioning up-regulated protein 2


分子量: 70539.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR26, CDW2, MIP2, PRO0852 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H7D7
#2: タンパク質 Protein yippee-like 5


分子量: 13860.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YPEL5, CGI-127 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62699
#3: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15226.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first bromodomain (BD1) of BRD4. The GGSGS sequence is a linker between BD1 and the upstream TEV cleavage site.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885

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非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-A1IL9 / 2-chloranyl-4-[[4-[(9S)-4,5,13-trimethyl-9-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]-2-oxidanylidene-ethyl]-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-7-yl]phenyl]carbamoyl]benzenesulfinic acid


分子量: 640.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30ClN5O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ZZ1-SO2H-induced complex between YPEL5-CTLH E3 ligase and the first bromodomain (BD1) of BRD4
タイプ: COMPLEX
詳細: The YPEL5-CTLH complex consists of TWA1, RANBP9, RMND5A, MAEA, WDR26, and YPEL5.
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample mixed with 0.1% beta-OG right before plunging
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 65.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 893388
3次元再構成解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20764 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18QBN

8qbn

18QBN1PDBexperimental model
23MXF

3mxf

13MXF2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 3.38 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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