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万見
- PDB-9rrs: AAV8 capsid in complex with Rep40 and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rrs
タイトルAAV8 capsid in complex with Rep40 and ADP
要素
  • Capsid protein
  • Protein Rep40
キーワードVIRUS / Adeno-associated virus / AAV / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral genome replication / DNA helicase activity / DNA helicase / DNA replication / nucleotide binding / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein Rep40 / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Rouse, S.L. / Bubeck, D. / Barritt, J.D. / Xu, V. / Wake, M.
資金援助2件
組織認可番号国
Other government
Other private
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Structural basis for Rep-mediated adeno-associated virus packaging.
著者: Victoria Xu / Aiysha McInnes / Matthew Wake / Marta Acebrón-García-de-Eulate / Joseph D Barritt / Doryen Bubeck / Sarah L Rouse /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are parvoviruses utilized as gene therapy vectors. However, the AAV packaging mechanism is unresolved at the molecular level, creating a bottleneck for vector ...Adeno-associated viruses (AAVs) are parvoviruses utilized as gene therapy vectors. However, the AAV packaging mechanism is unresolved at the molecular level, creating a bottleneck for vector manufacturing, safety, and efficacy. Here, cryo-EM structures of the Rep helicase packaging motor in complex with the packaging marker DNA (ITR) and the Rep-AAV8 capsid complex are presented. Rep-ITR complexes reveal dynamic oligomeric states on the DNA, elucidating the strand separation mechanism coupled to its ATPase cycle. We observe Rep preferentially bound to empty capsids, with a binding interface likely conserved across the virus family. This complex also unveils a cryptic capsid ATP-binding site which, alongside Rep binding, triggers structural rearrangements priming the capsid for packaging. Collectively, these findings advance the understanding of Rep-mediated packaging, with significant implications for parvovirus virology and viral vector design.
履歴
登録2025年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rep40
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4334
ポリマ－125,9822
非ポリマー4522
水3,909217
1
A: Protein Rep40
B: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,586,009240
ポリマ－7,558,918120
非ポリマー27,090120
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Protein Rep40
B: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 632 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)632,16720
ポリマ－629,91010
非ポリマー2,25810
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Protein Rep40
B: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 759 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)758,60124
ポリマ－755,89212
非ポリマー2,70912
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Protein Rep40


分子量: 44148.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Latch-WTAAV2Rep40-TrB-3xFLAG-TEV-6xHis
由来: (組換発現) adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: Rep40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89269, DNA helicase
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 81833.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JQF8
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1adeno-associated virus 8VIRUS#1-#20RECOMBINANT
2AAV2 Rep40COMPLEX#11RECOMBINANTSegments of capsid-bound Rep40 aligned with the capsid icosahedral symmetry
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス)202813
32adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)10804
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293
32Escherichia coli (大腸菌)562HEK293
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens9606
22Homo sapiens9606
ウイルス殻
IDEntity assembly-ID名称直径 (nm)三角数 (T数)
11Virus protein (VP)2101
22
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU3.8.1画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7ISOLDE1.8モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125371 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6v12

6v12


Accession code: 6v12 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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