PDB-9rqp: Human SMUG1 in complex with 5-fluorouracil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rqp

タイトル

Human SMUG1 in complex with 5-fluorouracil

要素

Single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE / SMUG1 / 5-fluorouracil / 5-fU

機能・相同性

機能・相同性情報

single-strand selective uracil DNA N-glycosylase activity / oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / base-excision repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Ludaescher, J.M. / Scaletti Hutchinson, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for uracil removal from DNA by human SMUG1.
著者: Ludascher, J.M. / Scaletti Hutchinson, E. / Vila-Julia, G. / Jemth, A.S. / Shahid, S. / Wiita, E. / Cabeza de Vaca, I. / Pach, S. / Gajdos, L. / Aggarwal, S. / Walse, E. / Mortusewicz, O. / ...

履歴

登録	2025年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2026年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rqp.cif.gz	112.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rqp.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/9rqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/9rqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ggsC 9gk0C 9gm2C 9rqsC 9sq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.558, 59.975, 91.293
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase 分子量: 27373.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMUG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q53HV7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物	ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL 分子量: 130.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃FN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL 分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Buffer System 3 pH 8.4, 80 % (v/v) P500MME_P20K, 0.12 M Alcohols Mix (Morpheus Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→50.126 Å / Num. obs: 21518 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.899→1.932 Å / Num. unique obs: 1090 / CC_1/2: 0.708

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
AutoProcess		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.899→50.126 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.545 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	1104	5.143 %
R_work	0.1905	20364	-
all	0.193	-	-
obs	-	21468	98.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.196 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.544 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→50.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1927	0	37	103	2067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.854	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.52	1.727	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.03	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.673	10	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.053	10	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.082	2.582	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.067	2.582	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.979	4.624	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.978	4.628	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.249	3.018	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.248	3.02	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.011	5.338	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.01	5.34	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.435	27.222	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.46	27.206	2218

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.899-1.949	0.402	79	0.382	1465	X-RAY DIFFRACTION	97.168
1.949-2.002	0.317	74	0.287	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.7391
2.002-2.06	0.311	71	0.271	1414	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
2.06-2.123	0.283	75	0.273	1383	X-RAY DIFFRACTION	99.863
2.123-2.193	0.207	72	0.212	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.269	0.3	71	0.246	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.7799
2.269-2.355	0.287	67	0.199	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.355-2.451	0.231	60	0.175	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.559	0.216	67	0.173	1180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.559-2.684	0.28	52	0.184	1096	X-RAY DIFFRACTION	98.9655
2.684-2.829	0.273	64	0.181	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3	0.208	64	0.162	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.206	0.229	54	0.16	945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.462	0.221	48	0.169	841	X-RAY DIFFRACTION	94.8773
3.462-3.79	0.217	50	0.157	755	X-RAY DIFFRACTION	92.5287
3.79-4.235	0.133	35	0.139	695	X-RAY DIFFRACTION	93.1122
4.235-4.884	0.2	36	0.148	673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.884-5.968	0.196	28	0.182	589	X-RAY DIFFRACTION	100
5.968-8.38	0.212	26	0.172	452	X-RAY DIFFRACTION	100
8.38-50.126	0.242	11	0.19	292	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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