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- PDB-9rp9: Crystal structure of mouse pVHL-ElonginB-ElonginC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rp9
タイトルCrystal structure of mouse pVHL-ElonginB-ElonginC complex
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / Complex / E3 ligase / VBC / Protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of catecholamine metabolic process / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Neddylation / target-directed miRNA degradation / elongin complex ...regulation of catecholamine metabolic process / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Neddylation / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / neuron differentiation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / response to hypoxia / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Elongin-B / Elongin-C / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Blat, A. / Biterova, E. / Cukier, C.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Other private ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse pVHL-ElonginB-ElonginC complex
著者: Blat, A. / Biterova, E. / Cukier, C.
履歴
登録2025年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,69612
ポリマ－41,8113
非ポリマー8859
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex (43.5 kDa) migartes on HPLC-SEC as ovalbumin (43 kDa)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.480, 59.780, 91.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / pVHL


分子量: 19019.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vhl, Vhlh / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TTE7
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11816.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Elob, Tceb2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62869
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Stromal membrane-associated protein SMAP1B homolog / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eloc, Tceb1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P83940

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非ポリマー , 5種, 135分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36855 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.10174 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM Hepes, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.04 Å / Num. obs: 22839 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1779 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.559 / Rrim(I) all: 0.791 / Χ2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDS0.6.7.1データ削減
Aimless0.7.13データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.768 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22172 1142 5 %RANDOM
Rwork0.18246 ---
obs0.18447 21696 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å2-1.78 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 36 126 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.8613871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5681.7626383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2895342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.925528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66110499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9453.421368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9363.421368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1646.1191704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1636.1191705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5873.961497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5863.9621498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6577.022166
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.82634.843109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.8134.843095
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 80 -
Rwork0.282 1529 -
obs--94.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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