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万見
- PDB-9rp0: Ensemble refined structure of CotB2 in complex with 2-fluoro-3,7,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rp0
タイトルEnsemble refined structure of CotB2 in complex with 2-fluoro-3,7,18-dolabellatriene
要素Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
キーワードHYDROLASE / TERPENE SYNTHASE / CYCLOOCTATIN / DITERPENCE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclooctat-9-en-7-ol synthase / isomerase activity / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONITRILE / 2-fluoro-3,7,18-dolabellatriene / : / PYROPHOSPHATE / Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Helmer, C.P.O. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-85-302.14-2018 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG 2473-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: The initial dynamics of product release in terpene synthases-The case of CotB2.
著者: Gupta, P.K. / Helmer, C.P.O. / Ringel, M. / Loll, B. / Bruck, T. / Major, D.T.
#1: ジャーナル: Nat Common / 年: 2018
タイトル: Towards a comprehensive understanding of the structural dynamics of a bacterial diterpene synthase during catalysis.
著者: Driller, R. / Janke, S. / Fuchs, M. / Warner, E. / Mhashal, A.R. / Major, D.T. / Christmann, M. / Brueck, T. / Loll, B.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
B: Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,98825
ポリマ－73,5412
非ポリマー2,44723
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.885, 98.722, 105.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
モデル数50

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclooctat-9-en-7-ol synthase


分子量: 36770.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
遺伝子: CotB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9K1X5, cyclooctat-9-en-7-ol synthase

-
非ポリマー , 9種, 240分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物 ChemComp-EXW / 2-fluoro-3,7,18-dolabellatriene


分子量: 290.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31F
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE


分子量: 41.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#8: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (v/v) polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES at pH 7.5 and 200 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.42 Å / Num. obs: 61262 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.114 / Num. unique obs: 3769 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→47.42 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 2097 3.43 %
Rwork0.1653 --
obs0.1663 61143 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4847 0 107 217 5171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.07
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.27341340.27833769X-RAY DIFFRACTION97
1.84-1.890.33471380.25333903X-RAY DIFFRACTION99
1.89-1.940.27851360.2323854X-RAY DIFFRACTION99
1.94-20.2951390.20833913X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.28621380.18673880X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.140.20631390.18273905X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.22351400.16183919X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.320.20331400.15543952X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.450.16791390.14983895X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.18791400.15093962X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.18321400.14863940X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.15891410.14563975X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.17411420.14363992X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.440.15761430.14254013X-RAY DIFFRACTION100
4.45-47.420.18491480.17734174X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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