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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ro8
タイトルPantoea ananatis encodes an antibacterial and anti-eukaryotic human CD38 homologue T6SS ADP-ribosyl cyclase polymorphic toxin
要素ADP-ribosylcyclase toxin
キーワードTOXIN / secreted toxin / ADP-ribosylcyclase / CD38 / ADP-ribosylhydrolase / type VI secretion system / polymorphic toxin
機能・相同性PAAR motif / PAAR motif / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pantoea ananatis LMG 20103 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Martinkus, J. / Terradot, L. / Jurenas, D. / Cascales, E.
資金援助 ベルギー, フランス, 4件
組織認可番号
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)FNRS-MIS F4526.23 ベルギー
Walloon Excellence in Lifesciences & BIOtechnology (WELBIO)STG-X.251 ベルギー
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0017 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)DEQ20180339165 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2025
タイトル: Widespread deployment of the human CD38 ADP-ribosyl cyclase fold in antibacterial and anti-eukaryotic polymorphic toxins.
著者: Martinkus, J. / Terradot, L. / Jurenas, D. / Cascales, E.
履歴
登録2025年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylcyclase toxin
B: ADP-ribosylcyclase toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8472
ポリマ-32,8472
非ポリマー00
5,260292
1
A: ADP-ribosylcyclase toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4231
ポリマ-16,4231
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylcyclase toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4231
ポリマ-16,4231
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.230, 70.213, 96.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 252 through 254 or resid 256...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 252 through 254 or resid 256...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERILEILEAA252 - 25414 - 16
d_12LEULEULYSLYSAA256 - 25718 - 19
d_13ILEILEGLNGLNAA259 - 34421 - 106
d_14ASNASNVALVALAA350 - 355112 - 117
d_15LEULEUARGARGAA357 - 385119 - 147
d_21SERSERILEILEBB252 - 25414 - 16
d_22LEULEULYSLYSBB256 - 25718 - 19
d_23ILEILEPROPROBB259 - 31021 - 72
d_24GLNGLNVALVALBB318 - 35580 - 117
d_25LEULEUARGARGBB357 - 385119 - 147

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.441532539991, -0.78112838964, 0.441460592836), (-0.74614075239, 0.592917798299, 0.302857164491), (-0.49832017193, -0.195670445797, -0.844624225848)ベクター: -13. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.441532539991, -0.78112838964, 0.441460592836), (-0.74614075239, 0.592917798299, 0.302857164491), (-0.49832017193, -0.195670445797, -0.844624225848)
ベクター: -13.1664526344, -13.2511633349, 41.9224208653)

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylcyclase toxin


分子量: 16423.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pantoea ananatis LMG 20103 (バクテリア)
遺伝子: PANA_2924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D4GKQ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 6000 (20 % w/v), pH 5.0, 0.1 M Sodium acetate, 0.2 M Ammonium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→44.24 Å / Num. obs: 40681 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 21.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2765 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 1.099 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→39.66 Å / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6521
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 2000 4.93 %
Rwork0.1831 38577 -
obs0.1847 40577 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→39.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1990 0 0 292 2282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00982052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03962784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0026770
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.24170760175 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.28861360.24312610X-RAY DIFFRACTION96.38
1.63-1.680.27381400.21792695X-RAY DIFFRACTION99.96
1.68-1.730.25041410.21492741X-RAY DIFFRACTION99.93
1.73-1.780.27061410.23322717X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.850.26291430.22212754X-RAY DIFFRACTION99.97
1.85-1.920.21051420.18772731X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.010.2071410.17222731X-RAY DIFFRACTION99.97
2.01-2.110.21941420.17072743X-RAY DIFFRACTION99.97
2.11-2.250.25851430.18492754X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.420.18891430.17472747X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.660.20151430.1782777X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.050.22681450.18492790X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.840.20111460.17642823X-RAY DIFFRACTION100
3.84-39.660.19871540.17472964X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.71671406604-0.726837863148-0.7006269183553.6372789369-0.1910863073872.55546069831-0.0726585075888-0.2051662391140.03227476721360.3121375149330.0976430302918-0.0308808285901-0.02544404816040.02486350059190.01843776768490.1805098933660.02247446404040.008648091495750.187995095140.01347707272280.13753315167-1.20858808425-8.5954227590647.3424025792
27.606312529425.72205668693-3.080297972484.80503515612-3.480180656824.536535368560.100234648056-0.1488625800490.610771506160.950265546013-0.115900848630.152271053756-0.6995001321740.416470140389-0.001517842817610.32375398037-0.0320492671471-0.08789545723420.2058579105020.008497114910220.27917063200214.3756001488-2.2272572275349.2441566169
37.080484281827.224309306713.064383320867.840375318493.796163722914.49268534837-0.232313523730.299371250388-0.042812238488-0.1948519255810.326069249143-0.416403646961-0.2997340725710.404163080674-0.1407529589170.1658005373640.0063317497487-0.02729440191030.1965961863360.01516839004570.20923956317314.0855768881-7.0876929018340.6843023323
43.55506749747-1.77872842243-1.74898466186.090230189990.5084521454714.028453911760.1390695623750.2253704357640.378418884384-0.2172958632650.15903309951-0.204501324623-0.3238690885960.135670167544-0.2622230082240.128507895676-0.0149821292073-0.009615414394020.2126077395310.00101664135990.147824031119-0.0770189893029-5.4664916934733.7468574078
53.153861724850.457804958684-0.3295045324912.04122294851-1.453427825933.84388940294-0.1622757145110.5629012813040.0690924508648-0.397998782142-0.0250985805564-0.656539085884-0.01931614205690.7370773244640.0990072455960.206269880196-0.00529777453465-0.01560260857850.3392925649470.06703495911040.258681851615.47981530159-10.861204716929.8295327159
64.84373734791-4.1281063206-3.022465155297.508768415133.689481164343.758211942280.09348523169040.03799474560330.112723774595-0.0412943752221-0.02126667240480.176636280817-0.10955316697-0.263183761565-0.05408239304970.148053895640.00513773777474-0.0155691251780.1834769848910.02528825086050.135420629078-8.16023378984-6.466775785835.2124057163
78.49946540329-2.49188201893-6.585987935876.457386973535.404564786717.798461619250.1497496815940.316698777519-0.209565272755-0.237700529314-0.169398791170.017709901581-0.0685714269655-0.2064843168680.03845879992710.2062489164070.0271307569522-0.03070849973290.2444926158610.01863674522090.150529261171-6.12304560545-10.617884212827.6413566878
82.585426743410.2708069688070.07740581877934.3052554056-0.4125111242893.66322905190.06138175859370.0184550062019-0.63870522287-0.3256903619040.0420049211860.2399458152760.616710806611-0.358372622483-0.1261796226940.212744375563-0.0485289299375-0.06862228408260.1789958285960.01137211014780.243106601275-10.2730627362-17.2998916449.23032144209
96.71347009839-3.112292342770.1260707912493.9328344367-0.9858755411756.21084413273-0.297251024736-0.2013606613150.443536065139-0.164978666360.2652424168940.687661708323-0.560205358243-0.326096479020.04611844534850.2279154747040.0466559303779-0.0721101487220.231670987887-0.004705626043160.316483812818-17.41880690625.310072313929.03158094011
101.89732437686-0.0717516741134-0.07232160869145.10739524696-1.54867771853.26679604375-0.0553432048790.0969787136832-0.094056847063-0.5578223343550.05268439709350.2742102566730.0816142606685-0.1281031604530.008382760737050.206679080618-0.0292952620933-0.05283135340090.1806108288080.006071007067940.190721781394-11.3078062041-7.682896290152.06874969619
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 283 through 304 )BB283 - 30434 - 55
22chain 'B' and (resid 305 through 316 )BB305 - 31656 - 67
33chain 'B' and (resid 317 through 333 )BB317 - 33368 - 84
44chain 'B' and (resid 334 through 355 )BB334 - 35585 - 101
55chain 'B' and (resid 356 through 365 )BB356 - 365102 - 111
66chain 'B' and (resid 366 through 378 )BB366 - 378112 - 124
77chain 'B' and (resid 379 through 385 )BB379 - 385125 - 131
88chain 'A' and (resid 252 through 274 )AA252 - 2741 - 23
99chain 'A' and (resid 275 through 282 )AA275 - 28224 - 31
1010chain 'A' and (resid 283 through 304 )AA283 - 30432 - 53
1111chain 'A' and (resid 305 through 318 )AA305 - 31854 - 60
1212chain 'A' and (resid 319 through 333 )AA319 - 33361 - 75
1313chain 'A' and (resid 334 through 355 )AA334 - 35576 - 97
1414chain 'A' and (resid 356 through 365 )AA356 - 36598 - 107
1515chain 'A' and (resid 366 through 378 )AA366 - 378108 - 120
1616chain 'A' and (resid 379 through 385 )AA379 - 385121 - 127
1717chain 'B' and (resid 250 through 263 )BB250 - 2631 - 14
1818chain 'B' and (resid 264 through 274 )BB264 - 27415 - 25
1919chain 'B' and (resid 275 through 282 )BB275 - 28226 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る