PDB-9rmm: Crystal structure of outer membrane SilC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rmm

タイトル

Crystal structure of outer membrane SilC

要素

(Probable outer membrane lipoprotein SilC) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SilC / sil / outer membrane / silver resistance / cus / CusC / silver

機能・相同性

RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Probable outer membrane lipoprotein SilC

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Lithgo, R.M. / Carr, S.B. / Quigley, A.M. / Scott, D.J.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterisation of the outer membrane protein SilC, involved in bacterial silver resistance.
著者: Lithgo, R.M. / Carr, S.B. / Quigley, A.M. / Scott, D.J.

履歴

登録	2025年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rmm.cif.gz	615.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rmm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rmm_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rmm_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	9rmm_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	9rmm_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/9rmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/9rmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable outer membrane lipoprotein SilC

B: Probable outer membrane lipoprotein SilC

C: Probable outer membrane lipoprotein SilC

D: Probable outer membrane lipoprotein SilC

E: Probable outer membrane lipoprotein SilC

F: Probable outer membrane lipoprotein SilC

308 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable outer membrane lipoprotein SilC

B: Probable outer membrane lipoprotein SilC

C: Probable outer membrane lipoprotein SilC

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Probable outer membrane lipoprotein SilC

E: Probable outer membrane lipoprotein SilC

F: Probable outer membrane lipoprotein SilC

登録者が定義した集合体
154 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.055, 326.789, 88.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Probable outer membrane lipoprotein SilC 分子量: 51295.531 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: silC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZHD2
#2: タンパク質	Probable outer membrane lipoprotein SilC 分子量: 51433.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: silC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZHD2
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M Sodium Citrate pH 5 0.1M Magnesium Chloride hexahydrate 11% PEG 4000 20% Glycerol (Cryo)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→44.29 Å / Num. obs: 70140 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.16 Å² / CC_1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 3.203→3.317 Å / Num. unique obs: 4668 / CC_1/2: 0.418

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→44.29 Å / SU ML: 0.4902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8623
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2837	3469	4.96 %
R_work	0.2367	66441	-
obs	0.2391	69910	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20525	0	0	0	20525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	20874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1843	28266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0598	3152
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0112	3758
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.5872	2875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.25	0.3922	179	0.3113	2566	X-RAY DIFFRACTION	95.18
3.25-3.29	0.3731	135	0.3114	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.29-3.34	0.3213	112	0.3032	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.34-3.39	0.3034	105	0.2888	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.39-3.45	0.3518	158	0.2921	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.45-3.51	0.3132	117	0.2782	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.51-3.57	0.3097	124	0.2824	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.57-3.64	0.3638	138	0.2894	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.64-3.72	0.3192	167	0.2425	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.72-3.8	0.305	147	0.2582	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.8-3.88	0.2939	129	0.239	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.89-3.98	0.3504	205	0.2319	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.98-4.09	0.2525	124	0.2166	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.09-4.21	0.2468	157	0.2168	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.21-4.35	0.285	137	0.2162	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.21
4.35-4.5	0.2168	170	0.1996	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.5-4.68	0.2486	154	0.2003	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.68-4.89	0.2298	125	0.2173	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.89-5.15	0.206	152	0.206	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.15-5.47	0.3299	98	0.2297	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.54
5.47-5.9	0.2817	158	0.2429	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.4
5.9-6.49	0.2958	137	0.2255	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.78
6.49-7.42	0.2459	87	0.2101	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.93
7.42-9.34	0.1943	152	0.1825	2631	X-RAY DIFFRACTION	98.58
8-44.29	0.2997	102	0.2146	2678	X-RAY DIFFRACTION	97.3

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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