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万見
- PDB-9rm2: BKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rm2
タイトルBKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB
要素
  • (319C07 antibody ...) x 2
  • Major capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / FAB ANTIBODY BKPyV VP1 virus capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Betapolyomavirus hominis (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Schmitt, S. / Hillenbrand, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Highly Potent Human Antibody Neutralizing All Serotypes of BK Polyomavirus
著者: Weber, M. / Hillenbrand, M.
履歴
登録2025年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
L: 319C07 antibody light chain, Fab fragment
P: Major capsid protein VP1
A: 319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
B: 319C07 antibody light chain, Fab fragment
C: Major capsid protein VP1
D: 319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
E: 319C07 antibody light chain, Fab fragment
F: Major capsid protein VP1
G: 319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
J: 319C07 antibody light chain, Fab fragment
K: Major capsid protein VP1
M: 319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
N: 319C07 antibody light chain, Fab fragment
O: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,45375
ポリマ－402,35715
非ポリマー6,09660
水38,8402156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area69340 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area134080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.349, 172.078, 113.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21A
12H
22D
13H
23G
14H
24M
15L
25B
16L
26E
17L
27J
18L
28N
19P
29C
110P
210F
111P
211K
112P
212O
113A
213D
114A
214G
115A
215M
116B
216E
117B
217J
118B
218N
119C
219F
120C
220K
121C
221O
122D
222G
123D
223M
124E
224J
125E
225N
126F
226K
127F
227O
128G
228M
129J
229N
130K
230O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLUGLUHA1 - 2201 - 220
21GLNGLNGLUGLUAD1 - 2201 - 220
12GLNGLNPROPROHA1 - 2211 - 221
22GLNGLNPROPRODG1 - 2211 - 221
13GLNGLNPROPROHA1 - 2211 - 221
23GLNGLNPROPROGJ1 - 2211 - 221
14GLNGLNPROPROHA1 - 2211 - 221
24GLNGLNPROPROMM1 - 2211 - 221
15GLUGLUASNASNLB1 - 2111 - 211
25GLUGLUASNASNBE1 - 2111 - 211
16GLUGLUARGARGLB1 - 2121 - 212
26GLUGLUARGARGEH1 - 2121 - 212
17GLUGLUASNASNLB1 - 2111 - 211
27GLUGLUASNASNJK1 - 2111 - 211
18GLUGLUASNASNLB1 - 2111 - 211
28GLUGLUASNASNNN1 - 2111 - 211
19LEULEUASNASNPC2 - 27327 - 298
29LEULEUASNASNCF2 - 27327 - 298
110LEULEUASNASNPC2 - 27327 - 298
210LEULEUASNASNFI2 - 27327 - 298
111LEULEUPROPROPC3 - 27428 - 299
211LEULEUPROPROKL3 - 27428 - 299
112LEULEUPROPROPC3 - 27428 - 299
212LEULEUPROPROOO3 - 27428 - 299
113GLNGLNSERSERAD1 - 2231 - 223
213GLNGLNSERSERDG1 - 2231 - 223
114GLNGLNLYSLYSAD1 - 2221 - 222
214GLNGLNLYSLYSGJ1 - 2221 - 222
115GLNGLNLYSLYSAD1 - 2221 - 222
215GLNGLNLYSLYSMM1 - 2221 - 222
116GLUGLUASNASNBE1 - 2111 - 211
216GLUGLUASNASNEH1 - 2111 - 211
117GLUGLUGLYGLYBE1 - 2131 - 213
217GLUGLUGLYGLYJK1 - 2131 - 213
118GLUGLUGLYGLYBE1 - 2131 - 213
218GLUGLUGLYGLYNN1 - 2131 - 213
119LEULEUASNASNCF2 - 27327 - 298
219LEULEUASNASNFI2 - 27327 - 298
120LEULEUASNASNCF3 - 27328 - 298
220LEULEUASNASNKL3 - 27328 - 298
121LEULEUASNASNCF3 - 27328 - 298
221LEULEUASNASNOO3 - 27328 - 298
122GLNGLNPROPRODG1 - 2211 - 221
222GLNGLNPROPROGJ1 - 2211 - 221
123GLNGLNPROPRODG1 - 2211 - 221
223GLNGLNPROPROMM1 - 2211 - 221
124GLUGLUASNASNEH1 - 2111 - 211
224GLUGLUASNASNJK1 - 2111 - 211
125GLUGLUASNASNEH1 - 2111 - 211
225GLUGLUASNASNNN1 - 2111 - 211
126LEULEUASNASNFI3 - 27328 - 298
226LEULEUASNASNKL3 - 27328 - 298
127LEULEUASNASNFI3 - 27328 - 298
227LEULEUASNASNOO3 - 27328 - 298
128GLNGLNLYSLYSGJ1 - 2221 - 222
228GLNGLNLYSLYSMM1 - 2221 - 222
129GLUGLUGLUGLUJK1 - 2141 - 214
229GLUGLUGLUGLUNN1 - 2141 - 214
130LEULEUTYRTYRKL3 - 27528 - 300
230LEULEUTYRTYROO3 - 27528 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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29
30

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 PCFKO

#3: タンパク質
Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1


分子量: 32965.383 Da / 分子数: 5 / Mutation: C105S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088

-
抗体 , 2種, 10分子 HADGMLBEJN

#1: 抗体
319C07 antibody heavy chain, Fab fragment


分子量: 24208.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
319C07 antibody light chain, Fab fragment


分子量: 23297.867 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 9種, 2216分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MIB buffer pH 4.75, 21% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.957→91.87 Å / Num. obs: 295460 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.957→1.991 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 295460 / Rsym value: 1.22 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 31データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→91.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.55 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21819 13696 5 %RANDOM
Rwork0.18738 ---
obs0.18892 261412 92.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å2-0 Å2-0.77 Å2
2---0.42 Å2-0 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→91.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27059 0 391 2156 29606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01327883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01725648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.64837908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.141.56959153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.56653569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.97122.5281238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.451154190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.32915132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.23650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0231627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8224.11214159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8224.11214158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9456.15317692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9446.15417693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9364.19613724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9364.19713725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1016.20720192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.97645.93228760
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90645.6828454
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H22350.02
12A22350.02
21H22200.01
22D22200.01
31H22010.03
32G22010.03
41H22490.02
42M22490.02
51L22720.03
52B22720.03
61L22310.02
62E22310.02
71L22780.02
72J22780.02
81L22820.02
82N22820.02
91P29090.03
92C29090.03
101P29040.02
102F29040.02
111P29890.03
112K29890.03
121P29910.03
122O29910.03
131A23040.02
132D23040.02
141A22670.03
142G22670.03
151A23180.03
152M23180.03
161B22140.03
162E22140.03
171B22940.02
172J22940.02
181B23110.02
182N23110.02
191C29350.03
192F29350.03
201C29300.03
202K29300.03
211C28990.03
212O28990.03
221D22730.03
222G22730.03
231D23260.03
232M23260.03
241E22120.03
242J22120.03
251E22340.02
252N22340.02
261F29330.02
262K29330.02
271F29180.03
272O29180.03
281G23240.03
282M23240.03
291J23270.02
292N23270.02
301K30060.02
302O30060.02
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.008 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 1092 -
Rwork-19498 -
obs--94.12 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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