PDB-9rlr: PARP15 catalytic domain in complex with OUL499

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rlr

タイトル

PARP15 catalytic domain in complex with OUL499

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Alaviuhkola, J. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Optimization of 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione PARP inhibitor scaffold for nanomolar potency and specificity towards human PARP10.
著者: Alaviuhkola, J. / Nizi, M.G. / Vagaggini, C. / Sarnari, C. / Lippok, B. / Maksimainen, M.M. / Bosetti, C. / Dhakar, S.S. / Manfroni, G. / Massari, S. / Dreassi, E. / Korn, P. / Tabarrini, O. / Lehtio, L.

履歴

登録	2025年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rlr.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rlr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rloC 9rlpC 9rlqC 9rlsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.23729/fd-254b174b-3e7f-3261-9ffc-1d4147113de1 データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

ヘテロ分子

46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.730, 68.940, 160.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 分子量: 22967.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-A1JHC / 6-[(3-chlorophenyl)methoxy]-2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione 分子量: 302.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16006 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.966 / R_merge(I) obs: 0.297 / R_rim(I) all: 0.325 / Net I/σ(I): 5.68
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.836 / Num. unique obs: 1190 / CC_1/2: 0.584 / R_rim(I) all: 0.92 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→44.008 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 12.216 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.774 / ESU R Free: 0.339 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2743	801	5.004 %
R_work	0.2312	15205	-
all	0.233	-	-
obs	-	16006	98.438 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.511 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.884 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.953 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.008 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3195	0	29	47	3271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.376	0.1	50612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.659	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.307	1.587	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.127	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.269	22.632	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.389	15	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.411	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.174	2.592	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.168	2.59	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.666	3.873	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.668	3.875	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.211	2.833	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.21	2.834	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.58	4.157	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.579	4.158	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.918	96.166	51215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.918	96.167	51215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.314	60	0.3	1130	X-RAY DIFFRACTION	99.8322
2.667-2.74	0.33	57	0.278	1088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.356	55	0.261	1051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.907	0.287	55	0.258	1034	X-RAY DIFFRACTION	99.9083
2.907-3.002	0.331	53	0.259	1002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.107	0.243	50	0.251	965	X-RAY DIFFRACTION	99.9016
3.107-3.225	0.309	49	0.237	935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.356	0.348	48	0.252	903	X-RAY DIFFRACTION	99.895
3.356-3.505	0.222	46	0.224	879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.676	0.345	38	0.286	722	X-RAY DIFFRACTION	88.1671
3.676-3.875	0.377	36	0.288	673	X-RAY DIFFRACTION	84.0047
3.875-4.11	0.283	40	0.211	761	X-RAY DIFFRACTION	99.5031
4.11-4.394	0.252	37	0.186	708	X-RAY DIFFRACTION	99.866
4.394-4.745	0.195	35	0.182	664	X-RAY DIFFRACTION	99.8571
4.745-5.198	0.248	33	0.169	627	X-RAY DIFFRACTION	100
5.198-5.81	0.219	30	0.183	570	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-6.708	0.188	26	0.18	500	X-RAY DIFFRACTION	100
6.708-8.212	0.145	23	0.176	432	X-RAY DIFFRACTION	99.7807
8.212-11.598	0.215	19	0.191	360	X-RAY DIFFRACTION	100
11.598-44.008	0.353	11	0.332	201	X-RAY DIFFRACTION	97.6959

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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