PDB-9rlo: PARP15 catalytic domain in complex with OUL250

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rlo

タイトル

PARP15 catalytic domain in complex with OUL250

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Alaviuhkola, J. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Optimization of 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione PARP inhibitor scaffold for nanomolar potency and specificity towards human PARP10.
著者: Alaviuhkola, J. / Nizi, M.G. / Vagaggini, C. / Sarnari, C. / Lippok, B. / Maksimainen, M.M. / Bosetti, C. / Dhakar, S.S. / Manfroni, G. / Massari, S. / Dreassi, E. / Korn, P. / Tabarrini, O. / Lehtio, L.

履歴

登録	2025年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rlo.cif.gz	173 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rlo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rlpC 9rlqC 9rlrC 9rlsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.23729/fd-254b174b-3e7f-3261-9ffc-1d4147113de1 データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.400, 68.880, 160.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 分子量: 22967.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-A1JG9 / 4-[[1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydrophthalazin-6-yl]oxy]benzamide 分子量: 297.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40283 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 9.41
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.33 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Num. unique obs: 2922 / CC_1/2: 0.684 / R_rim(I) all: 0.719 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→43.732 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.129 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	2015	5.002 %
R_work	0.1817	38268	-
all	0.184	-	-
obs	-	40283	98.958 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.953 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.857 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3195	0	48	202	3445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.662	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.348	1.589	6962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.995	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.797	22.5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.809	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.38	15	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.683	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.8	2.822	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.797	2.821	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.285	4.216	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.285	4.218	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.558	3.295	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.557	3.297	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.425	4.779	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.423	4.782	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.776	33.607	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.745	33.456	3692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.31	147	0.295	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.4558
1.949-2.003	0.338	143	0.265	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.6876
2.003-2.061	0.232	142	0.242	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.6843
2.061-2.124	0.278	135	0.243	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.4811
2.124-2.194	0.283	132	0.213	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.6979
2.194-2.271	0.233	128	0.203	2444	X-RAY DIFFRACTION	99.0755
2.271-2.356	0.255	123	0.192	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.5552
2.356-2.453	0.228	119	0.189	2248	X-RAY DIFFRACTION	99.412
2.453-2.562	0.253	113	0.187	2157	X-RAY DIFFRACTION	98.9538
2.562-2.687	0.228	109	0.178	2063	X-RAY DIFFRACTION	97.9702
2.687-2.832	0.227	104	0.159	1988	X-RAY DIFFRACTION	99.4769
2.832-3.004	0.234	99	0.177	1882	X-RAY DIFFRACTION	99.348
3.004-3.211	0.237	93	0.178	1760	X-RAY DIFFRACTION	99.0909
3.211-3.468	0.208	88	0.176	1666	X-RAY DIFFRACTION	98.8726
3.468-3.799	0.2	80	0.156	1527	X-RAY DIFFRACTION	98.6495
3.799-4.247	0.172	71	0.143	1356	X-RAY DIFFRACTION	97.7397
4.247-4.904	0.152	64	0.134	1213	X-RAY DIFFRACTION	96.0873
4.904-6.004	0.173	55	0.171	1049	X-RAY DIFFRACTION	97.6991
6.004-8.486	0.211	45	0.156	841	X-RAY DIFFRACTION	98.4444
8.486-43.732	0.183	25	0.183	472	X-RAY DIFFRACTION	92.2078

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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