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- PDB-9rk3: Soluble domain of kustd1480, a Rieske iron-sulfur cluster protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rk3
タイトルSoluble domain of kustd1480, a Rieske iron-sulfur cluster protein from Kuenenia stuttgartiensis
要素Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Rieske / anammox / anaerobic ammonium oxidation / ensemble refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoquinol-plastocyanin reductase / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kuenenia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hauser, D. / Barends, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Rieske Iron-Sulfur Cluster Proteins From an Anaerobic Ammonium Oxidizer Suggest Unusual Energetics in Their Parent Rieske/Cytochrome b Complexes.
著者: Hauser, D. / Sode, M. / Andreeva, E.A. / Parey, K. / Barends, T.R.M.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Dynamics in an unusual acyl carrier protein from a ladderane lipid-synthesizing organism
著者: Dietl, A. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2025年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
D: Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6714
ポリマ－26,3202
非ポリマー3522
水45025
1
A: Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3362
ポリマ－13,1601
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3362
ポリマ－13,1601
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.200, 76.150, 79.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
モデル数8

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要素

#1: タンパク質 Similar to Rieske 2Fe-2S iron sulfur protein (Cytochrome b6-F complex) / Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit


分子量: 13159.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Kuenenia sp. (バクテリア)
遺伝子: petC, KsCSTR_10330, KSMBR1_1275, kustd1480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1PYR8, plastoquinol-plastocyanin reductase
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 17% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 25291 / % possible obs: 0.998 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→39.51 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 476 4.98 %
Rwork0.2205 --
obs0.2232 9560 93.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 0 8 25 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.77
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.860.3111720.26062998X-RAY DIFFRACTION95
2.86-3.610.27981490.23593030X-RAY DIFFRACTION95
3.61-39.510.25981550.19873056X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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