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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rjs
タイトルStructure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to an analogue of its promoter
要素
  • DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG
  • DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT
  • DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1
  • PHIKZ068
  • PHIKZ071
  • PHIKZ074
  • PHIKZ123
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PhiKZ / nvRNAP / RNA / DNA / transcription
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase / PHIKZ056.1 / PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068
機能・相同性情報
生物種Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Chen, C. / de Martin Garrido, N. / Yakunina, M. / Aylett, C.H.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust206212/Z/17/A 英国
Royal Society206212/Z/17/A 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the Bacteriophage PhiKZ Non-virion RNA Polymerase Transcribing from its Promoter p119L.
著者: Natàlia de Martín Garrido / Chao-Sheng Chen / Kailash Ramlaul / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina /
要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people worldwide each year. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus; the virus forms a "nucleus", producing a proteinaceous barrier around the ΦKZ genome that excludes the host immune systems. It expresses its own non-canonical multi-subunit non-virion RNA polymerase (nvRNAP), which is imported into its "nucleus" to transcribe viral genes. The ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides representing homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth that is likely to have evolved from an ancestral homologue to σ-factor. We have resolved the structure of the ΦKZ nvRNAP initiating transcription from its cognate promoter, p119L, including previously disordered regions. Our results shed light on the similarities and differences between ΦKZ nvRNAP mechanisms of transcription and those of canonical eubacterial RNAPs and the related non-canonical nvRNAP of bacteriophage AR9.
履歴
登録2025年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1
B: PHIKZ068
C: PHIKZ071
D: PHIKZ074
E: PHIKZ123
X: DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG
Y: DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,9049
ポリマ－382,7737
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1


分子量: 57976.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phikzvirus phiKZ (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7DB47, UniProt: L7T138
#2: タンパク質 PHIKZ068


分子量: 59442.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Numbering correct in original mmCIF file / 由来: (組換発現) Phikzvirus phiKZ (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD94
#3: タンパク質 PHIKZ071


分子量: 78780.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phikzvirus phiKZ (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 PHIKZ074


分子量: 77513.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phikzvirus phiKZ (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD88
#5: タンパク質 PHIKZ123


分子量: 62959.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phikzvirus phiKZ (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD39

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#6: DNA鎖 DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG


分子量: 23218.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#7: DNA鎖 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT


分子量: 22881.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PhiKZ non-virion RNA polymerase bound to an analogue of promoter p119L
タイプ: COMPLEX
詳細: Mismatches introduced around the transcription start site to stably open the bubble
Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pET vectors
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mMTris-ClTris-Cl1
210 mMMgCl2MgCl21
35 mMDTTDTT1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: PhiKZ nvRNAP complexes were mixed at 0.1 mg/mL final concentration with the P119L promoter analogue at a 1:1 ratio. Reactions were incubated for 30 min at 25 C before use.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K
詳細: Settings: -4 blot force, 4 s waiting time and 0.5-1 s blotting time.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20670 / 詳細: Images collected as TIFF movies
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF ChimeraモデルフィッティングRigid body
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化Real space refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4178816
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 329400 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 104.82 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDChain-IDChain residue rangeSource nameタイプ詳細Accession codeInitial refinement model-ID
1B0-278AlphaFoldin silico model
2XOtherin silico modelIdealised B-DNA
3YOtherin silico modelIdealised B-DNA
47OGP

7ogp

PDBexperimental model7OGP3
57OGR

7ogr

PDBexperimental model7OGR4
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 101.01 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002921696
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.410229578
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0393256
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00333621
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.10783222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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