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- PDB-9riu: Co-crystal of broadly neutralizing VHH in complex with short neur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9riu
タイトルCo-crystal of broadly neutralizing VHH in complex with short neurotoxin 1 (P01426) Naja pallida
要素
  • Short neurotoxin 1
  • Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
キーワードTOXIN / nanobody / VHH / antibody / snake toxin / snake venom / neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Short neurotoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Naja pallida (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Burlet, N.J. / Laustsen, A.H. / Morth, J.P.
資金援助European Union, 英国, デンマーク, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)850974European Union
Wellcome Trust221702/Z/20/Z 英国
Novo Nordisk FoundationNNF24OC0088714 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published / 年: 2025
タイトル: Nanobody-based recombinant antivenom for cobra, mamba, and rinkhals bites
著者: Ahmadhi, S. / Burlet, N.J. / Benard-Valle, M. / Guadarrama-Martinez, A. / Kerwin, S. / Menzies, S.K. / Cardoso, I.A. / Marriott, A. / Edge, R. / Crittenden, E. / Neri, E. / Nguyen, G.T.T. / ...著者: Ahmadhi, S. / Burlet, N.J. / Benard-Valle, M. / Guadarrama-Martinez, A. / Kerwin, S. / Menzies, S.K. / Cardoso, I.A. / Marriott, A. / Edge, R. / Crittenden, E. / Neri, E. / Nguyen, G.T.T. / O'Brien, C. / Wouters, Y. / Kalogeropoulos, K. / Thumtecho, S. / Ebersole, T.W. / Dahl, C.H. / Glegg-Sorensen, E.U. / Jansen, T. / Boddum, K. / Manousaki, E. / Rivera-de-Torre, E. / Morth, J.P. / Alagon, A. / Jenkins, T.P. / Mackessy, S.P. / Ainsworth, S. / Casewell, N. / Ljungars, A. / Laustsen, A.H.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
B: Short neurotoxin 1
C: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
D: Short neurotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,35120
ポリマ－41,4124
非ポリマー93916
水63135
1
A: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
B: Short neurotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,23411
ポリマ－20,7062
非ポリマー5289
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
D: Short neurotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1179
ポリマ－20,7062
非ポリマー4117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.150, 104.090, 79.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-203-

NI

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLNGLNTYRTYRAA1 - 1271 - 127
d_2ens_1GLNGLNTYRTYRCC1 - 1271 - 127
d_1ens_2LEULEUASNASNBB1 - 611 - 61
d_2ens_2LEULEUASNASNDD1 - 611 - 61

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.000103012567131, -0.999996011809, -0.00282236667785), (0.999992512252, -0.000113929542274, 0.0038681338568), (-0.00386843998089, -0.00282194707828, 0.999988535828)52.1367866457, -0.157350529292, -19.791661517
2given(0.0123824017265, -0.999919316165, -0.00283501091477), (0.999920177204, 0.0123751872772, 0.00254832491773), (-0.0025130355181, -0.00286633899913, 0.99999273435)51.9867943054, -0.296526867547, -19.7305510052

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要素

#1: 抗体 Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)


分子量: 13900.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Short neurotoxin 1 / Neurotoxin alpha / Toxin alpha


分子量: 6805.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: short neurotoxin 1 / 由来: (天然) Naja pallida (コブラ) / 参照: UniProt: P01426
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, 30% v/v MPD. 25% (v/v) glycerol as crypreservative

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.72931 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.29 Å / Num. obs: 28844 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.15 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 19.86
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Num. unique obs: 4687 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→23.29 Å / SU ML: 0.5963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 47.2762
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 760 4.99 %
Rwork0.3238 14465 -
obs0.3258 15225 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 16 35 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8913932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0599430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6132406
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.59658569777
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.825749911019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.49551500.44062841X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.960.38781500.41062868X-RAY DIFFRACTION99.8
2.96-3.390.41571510.39252861X-RAY DIFFRACTION99.93
3.39-4.270.35871520.31592898X-RAY DIFFRACTION99.97
4.27-23.290.32431570.27712997X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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