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- PDB-9rit: Co-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rit
タイトルCo-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex with cardiotoxin (P01468) Naja pallida
要素
  • Cytotoxin 1
  • Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
キーワードTOXIN / nanobody / VHH / antibody / snake toxin / snake venom / neutralizing / cytotoxin / biparatopic
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cytotoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Naja pallida (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Burlet, N.J. / Laustsen, A.H. / Morth, J.P.
資金援助European Union, 英国, デンマーク, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)850974European Union
Wellcome Trust221702/Z/20/Z 英国
Novo Nordisk FoundationNNF24OC0088714 デンマーク
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Nanobody-based recombinant antivenom for cobra, mamba and rinkhals bites.
著者: Ahmadi, S. / Burlet, N.J. / Benard-Valle, M. / Guadarrama-Martinez, A. / Kerwin, S. / Cardoso, I.A. / Marriott, A.E. / Edge, R.J. / Crittenden, E. / Neri-Castro, E. / Fernandez-Quintero, M.L. ...著者: Ahmadi, S. / Burlet, N.J. / Benard-Valle, M. / Guadarrama-Martinez, A. / Kerwin, S. / Cardoso, I.A. / Marriott, A.E. / Edge, R.J. / Crittenden, E. / Neri-Castro, E. / Fernandez-Quintero, M.L. / Nguyen, G.T.T. / O'Brien, C. / Wouters, Y. / Kalogeropoulos, K. / Thumtecho, S. / Ebersole, T.W. / Dahl, C.H. / Glegg-Sorensen, E.U. / Jansen, T. / Boddum, K. / Manousaki, E. / Rivera-de-Torre, E. / Ward, A.B. / Morth, J.P. / Alagon, A. / Mackessy, S.P. / Ainsworth, S. / Menzies, S.K. / Casewell, N.R. / Jenkins, T.P. / Ljungars, A. / Laustsen, A.H.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年12月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
B: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
C: Cytotoxin 1
D: Cytotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,69510
ポリマ－41,3414
非ポリマー3546
水4,864270
1
A: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
C: Cytotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7894
ポリマ－20,6702
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Cytotoxin 1
ヘテロ分子

B: Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9076
ポリマ－20,6702
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.943, 54.905, 143.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-232-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 6 or resid 8 through 44 or resid 46 through 118))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 6 or resid 8 through 44 or resid 46 through 118))
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 12 or resid 14 through 60))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 12 or resid 14 through 60))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNGLNGLUGLUAA1 - 61 - 6
d_12ens_1GLYGLYGLUGLUAA8 - 448 - 44
d_13ens_1GLUGLUSERSERAA46 - 11846 - 118
d_21ens_1GLNGLNGLUGLUBB1 - 61 - 6
d_22ens_1GLYGLYGLUGLUBB8 - 448 - 44
d_23ens_1GLUGLUSERSERBB46 - 11846 - 118
d_11ens_2LEULEULYSLYSCC1 - 121 - 12
d_12ens_2CYSCYSASNASNCC14 - 6014 - 60
d_21ens_2LEULEULYSLYSDD1 - 121 - 12
d_22ens_2CYSCYSASNASNDD14 - 6014 - 60

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999983194091, 0.00333076201669, 0.00474526720404), (-0.00311096570675, 0.998955088239, -0.0455966399449), (-0.00489218037494, 0.0455811112884, 0.998948661776)21.0054196831, -27.721962682, -0.0593838494185
2given(0.999985901169, -0.00181443161809, -0.00499052104615), (0.00170720904824, 0.99976940281, -0.0214062290654), (0.00502821038486, 0.0213974073999, 0.999758404844)-21.1812876688, -27.0392375538, -0.0383283169662

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要素

#1: 抗体 Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)


分子量: 13832.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH)
由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Cytotoxin 1 / CTX-1 / Cardiotoxin gamma


分子量: 6838.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cytotoxin 1 / 由来: (天然) Naja pallida (コブラ) / 参照: UniProt: P01468
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, 30% w/v PEG 4000. 25% (v/v) glycerol as cryoprotection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.26 Å / Num. obs: 42821 / % possible obs: 95.87 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 16.63 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 6553 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.39 / Rrim(I) all: 0.98 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→51.26 Å / SU ML: 0.2116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 2138 4.99 %
Rwork0.222 40683 -
obs0.2238 42821 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 24 270 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12823867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0604404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3484395
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.727805390131
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.544190076484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.33561270.31982439X-RAY DIFFRACTION87.7
1.64-1.680.36051380.30762605X-RAY DIFFRACTION93.3
1.68-1.720.35671410.28732693X-RAY DIFFRACTION96.86
1.72-1.770.31531430.27372711X-RAY DIFFRACTION96.88
1.77-1.830.30991400.26962665X-RAY DIFFRACTION95.31
1.83-1.90.30371420.25152702X-RAY DIFFRACTION96.97
1.9-1.970.29921440.24042726X-RAY DIFFRACTION97.85
1.97-2.060.28311430.22882722X-RAY DIFFRACTION97.25
2.06-2.170.27411440.22562722X-RAY DIFFRACTION96.76
2.17-2.310.28631330.21252519X-RAY DIFFRACTION88.93
2.31-2.480.26921450.22662756X-RAY DIFFRACTION97.58
2.48-2.730.23481480.22562816X-RAY DIFFRACTION98.77
2.73-3.130.22981470.21762827X-RAY DIFFRACTION98.71
3.13-3.940.22221490.19552850X-RAY DIFFRACTION98.59
3.94-51.260.21681540.18542930X-RAY DIFFRACTION95.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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