PDB-9ria: Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ria

タイトル

Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex

要素

NRC3
RxLR effector protein PITG_16705

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Effector / NLR / Plant Immunity / Resistosome

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to other organism / ADP binding / defense response to virus / host cell cytoplasm / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

Phytophthora infestans (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Seager, B.A. / Kamoun, S. / Madhuprakash, J.

資金援助

英国, European Union, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/V002937/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/Y002997/1	英国
European Research Council (ERC)	EP/Y032187/1	European Union

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A plant pathogen effector blocks stepwise assembly of a helper NLR resistosome
著者: Seager, B.A. / Harant, A. / Contreras, M.P. / Hou, L.Y. / Wu, C.H. / Kamoun, S. / Madhuprakash, J.

履歴

登録	2025年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年2月4日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / em_entity_assembly / entity / entity_name_com Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _entity.pdbx_description
改定 1.1	2026年2月4日	Data content type: EM metadata Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata Group: Database references / Experimental summary ...Database references / Experimental summary / Source and taxonomy / Structure summary Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / em_entity_assembly / entity Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _entity.pdbx_description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ria.cif.gz	615.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ria.ent.gz	496 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ria.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/9ria ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/9ria	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53991MC 53988C 53989C 53990C 9ri9C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NRC3

B: NRC3

C: NRC3

G: RxLR effector protein PITG_16705

ヘテロ分子

394 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	NRC3 / Helper nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) protein / SlNRC3 分子量: 104763.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: LOC101260638 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDL1
#2: タンパク質	RxLR effector protein PITG_16705 分子量: 78138.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytophthora infestans (真核生物) 遺伝子: PITG_16705 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: D0NVF3
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	NRC3-AVRcap1b complex	COMPLEX	#1-#2	0	MULTIPLE SOURCES
2	NRC3	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT
3	AVRcap1b	COMPLEX	#2	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	実験値
1	1	NO
2	1	NO
3	1	NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Solanum lycopersicum (トマト)	4081
3	2	Solanum lycopersicum (トマト)	4081
4	3	Phytophthora infestans (真核生物)	4787

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Nicotiana benthamiana (ナス科)	4100
3	2	Nicotiana benthamiana (ナス科)	4100
4	3	Nicotiana benthamiana (ナス科)	4100

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	Tris		1
2	150 mM	Salt	NaCl	1
3	5 mM	Salt	MgCl₂	1
4	5 %	Glycerol		1

試料

濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50.13 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7555
電子光学装置	エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.6.2	粒子像選択
2	EPU	3.4	画像取得
4	cryoSPARC	4.6.2	CTF補正
7	Coot	0.9.8.95	モデルフィッティング
8	UCSF ChimeraX	1.8	モデルフィッティング
10	cryoSPARC	4.6.2	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.6.2	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.6.2	分類
13	cryoSPARC	4.6.2	３次元再構成
14	PHENIX	1.21.2	モデル精密化
15	ISOLDE	1.8	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 3531889

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 267047 / 詳細: composite map / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: REAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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