PDB-9rgi: X-ray structure of a polyoxidovanadate/human H-ferritin adduct ob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rgi

タイトル

X-ray structure of a polyoxidovanadate/human H-ferritin adduct obtained when the protein is treated 6 days with [VIVO(acac)2]

要素

Ferritin heavy chain

キーワード

METAL TRANSPORT / human ferritin / vanadium / polyoxometalate / pentadecavanadate

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.543 Å

データ登録者

Tito, G. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2025
タイトル: Spherical mixed-valence pentadecavanadate binding to human H-chain ferritin
著者: Lucignano, R. / Tito, G. / Ferraro, G. / Picone, D. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2025年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rgi.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rgi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rgi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rgi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9rgi_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	9rgi_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rghC 9rgjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
548 kDa, 24 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.280, 183.280, 183.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-201- CL
2	1	AAA-202- CL
3	1	AAA-205- MG
4	1	AAA-206- MG
5	1	AAA-324- HOH
6	1	AAA-458- HOH
7	1	AAA-532- HOH
8	1	AAA-543- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21124.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-A1JGJ / Polyoxidovanadate complex 分子量: 1340.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃₆V₁₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M bicine buffer pH 9.0, 2.0 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→91.808 Å / Num. obs: 37529 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 66.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 59.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1923 / CC_1/2: 0.359 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.543→91.808 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.822 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1979	1859	5.027 %
R_work	0.1762	35123	-
all	0.177	-	-
obs	-	36982	94.193 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.166 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.543→91.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	63	244	1731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.066	1.628	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.531	1.592	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.502	5	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.116	23.814	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.319	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.189	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.177	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.81	2.928	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.812	2.925	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.102	4.372	939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.101	4.37	938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.702	3.467	887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.485	3.329	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.505	5.075	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.552	4.846	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.915	38.295	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.528	36.92	1861

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.543-1.583	0.303	120	0.323	2342	X-RAY DIFFRACTION	86.0538
1.583-1.627	0.295	135	0.3	2559	X-RAY DIFFRACTION	97.7858
1.627-1.674	0.313	133	0.289	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.8136
1.674-1.725	0.282	101	0.281	2252	X-RAY DIFFRACTION	89.264
1.725-1.782	0.284	109	0.256	2340	X-RAY DIFFRACTION	96.0016
1.782-1.844	0.234	118	0.227	2338	X-RAY DIFFRACTION	99.1522
1.844-1.914	0.222	140	0.225	2038	X-RAY DIFFRACTION	91.3974
1.914-1.992	0.284	104	0.218	1837	X-RAY DIFFRACTION	84.7969
1.992-2.081	0.22	113	0.182	1911	X-RAY DIFFRACTION	91.4183
2.081-2.182	0.214	100	0.173	1983	X-RAY DIFFRACTION	98.1159
2.182-2.3	0.18	93	0.161	1763	X-RAY DIFFRACTION	92.2924
2.3-2.44	0.188	108	0.165	1776	X-RAY DIFFRACTION	97.6166
2.44-2.608	0.19	91	0.166	1688	X-RAY DIFFRACTION	98.0706
2.608-2.817	0.204	80	0.169	1486	X-RAY DIFFRACTION	91.9554
2.817-3.085	0.186	64	0.166	1483	X-RAY DIFFRACTION	98.7237
3.085-3.449	0.221	83	0.167	1292	X-RAY DIFFRACTION	96.0196
3.449-3.982	0.18	51	0.141	1077	X-RAY DIFFRACTION	87.7821
3.982-4.875	0.116	56	0.122	1039	X-RAY DIFFRACTION	99.3648
4.875-6.888	0.203	42	0.173	840	X-RAY DIFFRACTION	99.8867
6.888-91.808	0.224	18	0.205	535	X-RAY DIFFRACTION	99.1039

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関連情報:EMDBヘッダ

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