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万見
- PDB-9rfd: Human ADP-ribosylhydrolase 3 (ARH3) in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rfd
タイトルHuman ADP-ribosylhydrolase 3 (ARH3) in complex with ADP
要素ADP-ribosylhydrolase ARH3
キーワードHYDROLASE / ADP-ribosylation / ADP-ribosylhydrolase / ARH3
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to superoxide / peptidyl-serine ADP-deribosylation / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...cellular response to superoxide / peptidyl-serine ADP-deribosylation / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / base-excision repair, gap-filling / nuclear body / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / :
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylhydrolase ARH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Paakkonen, J. / Lehtio, L.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland347026 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Structural Optimization of 2-Hydrazinopyrimidin-4-one Analogs Inhibiting Human ADP-Ribosylhydrolase ARH3.
著者: Parviainen, T.A.O. / Duong, M.T.H. / Paakkonen, J. / Burdova, K. / Kuttichova, B. / Hanzlikova, H. / Lehtio, L. / Heiskanen, J.P.
履歴
登録2025年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylhydrolase ARH3
B: ADP-ribosylhydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,58310
ポリマ－76,4042
非ポリマー1,1798
水9,674537
1
A: ADP-ribosylhydrolase ARH3
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Single chromatogram peak with retention volume matching the expected for protein monomer, mass spectrometry, Trace amounts of dimer, trimer and tetramer were observed with 5 micromolar sample
  • 38.9 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8696
ポリマ－38,2021
非ポリマー6685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylhydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7134
ポリマ－38,2021
非ポリマー5123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.79, 65.76, 69.92
Angle α, β, γ (deg.)116.402, 94.788, 103.731
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribosylhydrolase ARH3 / ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / ...ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3 / [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase-like protein 2 / [Protein ADP-ribosylserine] hydrolase


分子量: 38201.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / プラスミド: pNIC-CFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 545分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) DMSO, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→34.765 Å / Num. obs: 55923 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3577 / CC1/2: 0.816 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 0.608 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSJun 30, 2024データ削減
XSCALEJun 30, 2024データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9.8.93モデル構築
REFMAC5.8.0425精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→34.765 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.694 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1938 2000 3.576 %Random selection
Rwork0.1611 53923 --
all0.162 ---
obs0.162 55923 96.691 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.324 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.122 Å2-0.498 Å2-0.405 Å2
2---0.266 Å20.307 Å2
3---0.273 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 73 537 5722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.8267231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4871.74111224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5035687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.84532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.00852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58410856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.3110231
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.24350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22739
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.22739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2830.238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.331.7972730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.331.7972728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2033.2143405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2023.2143404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8952.0242591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8952.0242591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1323.6423814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1323.6423815
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.93423.3956497
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.80321.3126356
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.291270.23734500.23942450.9610.9784.26380.219
1.898-1.950.2391440.21138800.21242040.9680.97495.71840.192
1.95-2.0060.2551410.1937960.19240330.9590.97897.61960.17
2.006-2.0680.1981360.17936480.17939140.9760.9896.67860.162
2.068-2.1350.2161320.16535680.16738290.9740.98396.6310.151
2.135-2.210.2061280.15334630.15536600.9710.98698.11480.14
2.21-2.2930.1891230.14733110.14935320.9780.98797.22540.134
2.293-2.3860.1931210.14932510.15134590.9780.98797.48480.135
2.386-2.4920.1681150.14731080.14833040.9830.98797.54840.134
2.492-2.6130.1821090.14129490.14331110.980.98898.29640.13
2.613-2.7530.1711060.1428510.14130110.9820.98898.20660.131
2.753-2.9190.2980.14326530.14528020.9750.98798.17990.137
2.919-3.1190.178940.14625260.14826620.980.98798.42220.141
3.119-3.3670.168870.15623350.15624550.9850.98698.65580.153
3.367-3.6840.169810.16321900.16323020.9830.98698.65330.164
3.684-4.1140.179730.14419660.14520650.9810.98898.74090.149
4.114-4.7390.171640.14317280.14418080.9850.98999.1150.151
4.739-5.7770.242540.19214630.19315390.9740.98498.57050.198
5.777-8.060.192430.20811450.20812030.980.9898.75310.216
8.06-34.7650.217240.1866420.1876920.970.98196.24280.213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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