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- PDB-9rdc: Crystal structure of Phytophthora infestans effector AVRcap1b in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rdc
タイトルCrystal structure of Phytophthora infestans effector AVRcap1b in complex with the ENTH domain of Nicotiana benthamiana NbTOL9a protein
要素
  • RxLR effector protein PITG_16705
  • Target of myb protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Plant pathology / vesicle trafficking / ESCRT / plant immunity
機能・相同性: / Effector PexRD54, WY-domain / host cell cytoplasm / extracellular region / RxLR effector protein PITG_16705
機能・相同性情報
生物種Phytophthora infestans (真核生物)
Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Contreras, M.P. / Madhuprakash, J. / Lawson, D.M. / Kamoun, S.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002937/1 英国
European Research Council (ERC)743165European Union
引用ジャーナル: To be published
タイトル: An effector from the potato late blight pathogen bridges the TOL9a vesicle trafficking protein to an activated helper NLR to suppress immunity
著者: Madhuprakash, J. / Yuen, E.L.H. / Toghani, A. / Harvey, M. / Pai, H. / Bentham, A. / De la Concepcion, J.C. / Banfield, M.J. / Lawson, D.M. / Stevenson, C.E.M. / Derevnina, L. / Bozkurt, T.O. ...著者: Madhuprakash, J. / Yuen, E.L.H. / Toghani, A. / Harvey, M. / Pai, H. / Bentham, A. / De la Concepcion, J.C. / Banfield, M.J. / Lawson, D.M. / Stevenson, C.E.M. / Derevnina, L. / Bozkurt, T.O. / Kamoun, S. / Contreras, M.P.
履歴
登録2025年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RxLR effector protein PITG_16705
B: RxLR effector protein PITG_16705
C: Target of myb protein 1
D: Target of myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,9124
ポリマ－174,9124
非ポリマー00
水00
1
A: RxLR effector protein PITG_16705
C: Target of myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4562
ポリマ－87,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area38980 Å2
2
B: RxLR effector protein PITG_16705
D: Target of myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4562
ポリマ－87,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area39240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.874, 136.912, 195.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RxLR effector protein PITG_16705


分子量: 70519.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminally truncated to remove signal peptide and RXLR-DEER motif. The starting GLY-PRO is left over from a 3C protease cleavage site. The third residue, ALA, corresponds to number 62 of ...詳細: N-terminally truncated to remove signal peptide and RXLR-DEER motif. The starting GLY-PRO is left over from a 3C protease cleavage site. The third residue, ALA, corresponds to number 62 of the full wild-type sequence.
由来: (組換発現) Phytophthora infestans (真核生物)
遺伝子: PITG_16705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 strain / 参照: UniProt: D0NVF3
#2: タンパク質 Target of myb protein 1


分子量: 16936.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The starting GLY-PRO is left over from a 3C protease cleavage site. The third residue, MET, corresponds to number 1 of the full wild-type sequence. There is currently no Uniprot accession for this sequence.
由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 遺伝子: A4A49_18419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 strain
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→79.57 Å / Num. obs: 18772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 242580
反射 シェル解像度: 4.1→4.49 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.126 / Num. measured all: 59716 / Num. unique obs: 4401 / CC1/2: 0.518 / Rpim(I) all: 0.595 / Rrim(I) all: 2.208 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→79.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 213.92 / SU ML: 1.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.974 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28596 938 5 %RANDOM
Rwork0.24815 ---
obs0.25005 17765 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 274.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4 Å2-0 Å20 Å2
2---2.54 Å20 Å2
3---6.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4.1→79.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11839 0 0 0 11839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01212111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01611678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.83416392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6441.78126945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.278564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12102202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.64720.3365876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other13.64720.3375876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it22.49936.577338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other22.49836.5697339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.70721.1366235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other12.70621.1366236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other21.96338.6399055
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined36.25362.1189279
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other36.249362.1189280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.1→4.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 69 -
Rwork0.419 1262 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5595-0.42480.63311.2574-0.94121.06920.0401-0.3339-0.09520.1999-0.0220.01440.0496-0.0367-0.01810.59380.13370.05130.61890.17610.050716.5451-41.5971-59.1756
22.0448-0.7251-0.0251.39990.30990.6724-0.1984-0.49390.5870.01850.14750.1081-0.188-0.12450.05091.05970.3313-0.32940.7884-0.25850.3326-6.773516.6485-67.5329
36.4553-1.32-0.22544.5331-0.69993.19430.09860.2455-0.3204-0.46160.0033-0.0917-0.27490.7989-0.10190.4211-0.2010.030.2955-0.05040.02831.6263-6.6737-107.4932
46.94462.95961.00781.67430.01581.9323-0.59350.98410.0448-0.1880.4224-0.6281-0.33610.00590.17110.88410.23470.04231.3072-0.11161.215441.4689-15.3058-86.7535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 999
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 999
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 999
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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