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- PDB-9rcv: Structure of the Human Peptide-Loading Complex Arrested by HCMV US6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rcv
タイトルStructure of the Human Peptide-Loading Complex Arrested by HCMV US6
要素
  • (Antigen peptide transporter ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Tapasin
  • Unique short US6 glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen processing / adaptive immunity / cryo-EM / ER chaperones / MHC class I / transporter associated with antigen processing
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity ...MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP2 binding / TAP1 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of protein complex stability / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / TAP complex binding / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / molecular sequestering activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein folding chaperone / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / defense response / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / ADP binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transmembrane transport / centriolar satellite / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / unfolded protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein transport / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / regulation of gene expression / protein refolding / protein-containing complex assembly / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / nuclear speck / immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Viral unique short region 6 / Viral unique short region 6 / Tapasin / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. ...Viral unique short region 6 / Viral unique short region 6 / Tapasin / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / MHC class I antigen / Tapasin / Unique short US6 glycoprotein / Beta-2-microglobulin / Antigen peptide transporter 1 / Antigen peptide transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stolz, M. / Susac, L. / Trowitzsch, S. / Tampe, R.
資金援助European Union, ドイツ, 米国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)789121European Union
European Research Council (ERC)101141396European Union
German Research Foundation (DFG)TA157/12-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1507/P18 ドイツ
Other privateUR013222 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: US6 hijacks peptide-loading complex by trapping transporter-chaperone dynamics
著者: Stolz, M. / Susac, L. / Trowitzsch, S. / Tampe, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen peptide transporter 1
B: Tapasin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
E: Antigen peptide transporter 2
F: Tapasin
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Unique short US6 glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,49717
ポリマ－380,2239
非ポリマー2,2748
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Antigen peptide transporter ... , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 Antigen peptide transporter 1 / APT1 / ATP-binding cassette sub-family B member 2 / Peptide supply factor 1 / Peptide transporter ...APT1 / ATP-binding cassette sub-family B member 2 / Peptide supply factor 1 / Peptide transporter PSF1 / PSF-1 / Peptide transporter TAP1 / Peptide transporter involved in antigen processing 1 / Really interesting new gene 4 protein / RING4


分子量: 81080.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Raji / 組織: Burkitt lymphoma
参照: UniProt: Q03518, ABC-type antigen peptide transporter
#5: タンパク質 Antigen peptide transporter 2 / APT2 / ATP-binding cassette sub-family B member 3 / Peptide supply factor 2 / Peptide transporter ...APT2 / ATP-binding cassette sub-family B member 3 / Peptide supply factor 2 / Peptide transporter PSF2 / PSF-2 / Peptide transporter TAP2 / Peptide transporter involved in antigen processing 2 / Really interesting new gene 11 protein / RING11


分子量: 74697.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Raji / 組織: Burkitt lymphoma
参照: UniProt: Q03519, ABC-type antigen peptide transporter

-
タンパク質 , 4種, 7分子 BFCGDHI

#2: タンパク質 Tapasin / TPN / TPSN / NGS-17 / TAP-associated protein / TAP-binding protein


分子量: 47673.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Raji / 組織: Burkitt lymphoma / 参照: UniProt: O15533
#3: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 40480.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HLA-B*15:10 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Raji / 組織: Burkitt lymphoma / 参照: UniProt: A0A678ZHF8
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Raji / 組織: Burkitt lymphoma / 参照: UniProt: P61769
#6: タンパク質 Unique short US6 glycoprotein / Protein HXLF6 / gpUS6


分子量: 20671.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: US6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14334

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糖 , 2種, 4分子

#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 8分子

#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.570 MDaYES
21NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20 mM HEPES-NaOH pH 6.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 2.5 mM biotin, 0.05% (w/v) glycodiosgenin
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-sodium hydroxideC8H18N2O4S-NaOH1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.05 %glycodiosgeninC56H92O251
52.5 mMbiotinC10H16N2O3S1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force 5, Blot time 5 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 60241 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 25454

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 726723
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 269213
詳細: Composite map generated from 4 focus maps ranging 2.59 - 2.88 A
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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